目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分…

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个…

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl…

WebService访问oracle数据库本地调试-一步一个坑 上篇文章提到我们额数据库挂了,重装了数据库,然后呢我需要在本地调试WebService,看看那些数据结构缺失,迁移到新数据库中去.踩坑之路正式开始,当然这不是WebService这个项目埋下的坑,应该是每个使用oracle开发WebService要踩的坑,我踩过了,希望你看到后可以轻松过去. 我的连接字符串是这样的 <add name="oracle" connectionString="Data Sour…

android本地数据库,微信数据库WCDB for Android 使用实例 Home · Tencent/wcdb Wikihttps://github.com/Tencent/wcdb/wiki WCDB是一个高效.完整.易用的移动数据库框架,基于SQLCipher,支持iOS, macOS和Android.编译依赖项不是必要的,你完全可以使用预先编译好的库.build.gradle 引入:dependencies { implementation 'com.tencent.wcdb:wc…

今天在学习<高级JS编程>,看到离线存储,cookie和session都十分的熟悉,但是书中还提到了indexedDB和webSQL(已废弃),indexedDB可以像mysql一样建表,这就很有趣了,可以把后台获取来的数据统一放到indexedDB里面,那么即使断开连接,也能实现离线预览的功能啊,对于indexedDB的内容,这位博主的博客写的十分的详细,强烈推荐:https://www.cnblogs.com/dolphinX/p/3415761.html 好了,言归正传,开始我们的离线预…

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至…

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for…

在我们开发很多项目中,数据访问都是必不可少的,有的需要访问Oracle.SQLServer.Mysql这些常规的数据库,也有可能访问SQLite.Access,或者一些我们可能不常用的PostgreSQL.IBM DB2.或者国产达梦数据库等等,这些数据库的共同特点是关系型数据库,基本上开发的模型都差不多,不过如果我们基于ADO.NET的基础上进行开发的话,那么各种数据库都有自己不同的数据库操作对象,微软企业库Enterprise Library是基于这些不同数据库的操作做的抽象模型,适合多数据…

在很多应用系统里面,虽然一般采用一种数据库运行,但是由于各种情况的需要,可能业务系统会部署在不同类型的数据库上,如果开发的系统能够很方便支持多种数据库的切换,那可以为我们减少很多烦恼,同时提高系统的适应性和强壮型.还有一种情况,由于业务数据库的不断膨胀或者方便数据库的切割隔离,有时候也会把不同的业务数据库进行分拆,如权限提供数据库,客户关系管理数据库,工作流程数据库,企业营运数据库等等,因此在一个系统里面,同时使用2个或者以上的数据库的情况也是有的.针对这两种情况,本文介绍在我的Winform开…

初识FMDB iOS中原声的SQLite API在进行数据存储的时候,需要使用C语言中的函数,操作比较麻烦,于是就出现了一系列将SQLite封装的库.本文讲解的FMDB就是其中的一个. FMDB PK Sqlite 优点: 1.对多线程的并发操作进行了处理,所以是线程安全的 2.以OC的方式封装了SQLite的C语言API,使用起来更加方便 3.FMDB是轻量级框架 使用灵活 缺点: 因为它是OC的语言封装的,只能在ios开发的时候使用,所以在实现跨平台操作的时候存在局限性. FMDB框架中重要…

saiku数据库的表和用户默认创建是在启动项目的时候,通过初始化 saiku-beans.xml 中的 h2database 这个 bean 执行org.saiku.service.Database类的init方法来初始化数据表和默认用户的. 具体修改如下: 1/修改web.xml 中 数据连接配置信息 将数据库链接修改为本地mysql配置信息: <context-param> <param-name>db.url</param-name> <param-valu…

 1.将服务器上的Oracle数据库导入到本地 在CMD模式下执行以下命令:   exp username1/password@服务器端数据库 file=本地硬盘:/文件名.dmp   例如: exp admin/123123@DB file=e:db.dmp 2.建立本地数据库(默认已经安装Oracle客户端并且建立了本地数据库) 3.创建一个新用户,并赋予DBA权限  //创建一个用户名为test,口令(密码)为123456,默认表空间为users,并且该用户使用users表空间不受限制  …

如题:把远程的数据库对应表里的数据转移到本地数据数据库的对应表里 比如把192.168.188.160的DB的A表的数据转移到本地的DB的A表里 第一步:连接远程服务器前准备 exec sp_addlinkedsrvlogin 'LWServer ', 'false ',null, 'sa', 'kinginfo' --获取连接远程服务器的权限 exec sp_addlinkedserver 'LWServer', ' ', 'SQLOLEDB ', '192.168.188.160' --注册…

第一篇技术博客,写下来和大家分享今天所学,其次自己也巩固一下. 整个下午的时间用来钻研如何用cordova调用移动端本地SQLite数据库.首先我并不是用eclipse来编程的,而是用cordova建立project后直接用notepad编辑www下的index文件. 一.cordova的下载安装和建立project的方法 该部分不是文章重点,抽空另开一篇文章详细介绍.官网上有相关教程:http://cordova.apache.org/docs/en/5.0.0/guide_cli_index…

android使用Sqlite做本地存储非常常见(打个比方就像是浏览器要做本地存储使用LocalStorage,貌似不是很恰当,大概就是这个意思). SQLite 是一个软件库,实现了自给自足的.无服务器的.零配置的.事务性的 SQL 数据库引擎.SQLite 是在世界上最广泛部署的 SQL 数据库引擎.SQLite 源代码不受版权限制. 如果不是很熟悉Sqlite,建议花点时间看看鸟巢sqlite基础教程. 下面我们就开始学习一下在Xamarin android中如何使用Sqlite呢?首先我…

外网访问内网MySQL数据库 内网主机上安装了MySQL数据库,只能在局域网内访问,怎样从公网也能访问本地MySQL数据库? 本文将介绍使用holer实现的具体步骤. 1. 准备工作 1.1 安装并启动MySQL数据库 默认安装的MySQL数据库端口是3306. 2. 实现步骤 2.1 下载并解压holer软件包 Holer软件包:holer-xxx.tar.gz Holer支持各种OS系统平台,请选择跟本地OS类型匹配的holer软件包. 2.2 获取holer access key信息 在h…

怎样将本地web数据库项目 部署到腾讯云服务器上? 1.本地计算机的工作: 1.1用eclipse或者myeclipse做好一个web项目,可以只做一个数据库的增删改查,本地部署到Tomcat服务器,看是否能够正常运行项目. 1.2将web项目导出成war文件. 2.腾讯云服务器的配置: 云服务器基础配置详见本人上一篇博客,地址: http://www.cnblogs.com/diyunfei/p/6826557.html 2.1 sqlserver数据库基础配置 配置好上述基础配置之后,在云服…

这里笔者使用的使用SqlServer2012,本机和远程环境均为Win7. 1.选中需要部署的数据库,右击>任务>分离.选中删除连接. 2.现在在左侧的表中就看不见刚才那个数据了. 3.在本地找到分离出来的数据库的位置,该位置就是读者建立数据库的时候指定的位置.比如笔者的位置的为“D:\databaseContainer\moveCheck” 4.在这个有两个数据库文件,其中以_log.ldf为日志,一般不需要.把需要的数据库,拷贝一份到远程的服务器中.为了文件的方便管理,可以参考其它的数据库…

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS…

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并…

忘记本地MySQL数据库密码,解决方案,分以下10个步骤: 参考链接:                  https://blog.csdn.net/weidong_y/article/details/80493743:                  https://blog.csdn.net/anzhen0429/article/details/78296814: 数据库版本:5.7.21 平台:win7 1.打开cmd窗口,进入 MySQL的安装目录. 2.停止MySQL的服务.已经停止…

Winform访问本地SQLServer数据库文件 1.项目中添加config配置,如下: <configuration> <connectionStrings> <add name="ConnStr" connectionString="Data Source=.;AttachDbFilename=|DataDirectory|test1.mdf;User ID=user1;Password=123456;Connect Timeout=30&…

一个网站如何能在客户的浏览器存储更多的数据呢? 在Html4的时代在浏览器端存储点网站个性化的数据,尤其是用户浏览器的痕迹,用户的相关数据等一般只能存储在Cookie中,但是大多是浏览器对于Cookie的限制也就逼迫网站存储数据尽量精简,想存储复杂的.关系型的用户数据就根本不可能了.但是进入Html5时代,这一切都不叫事... 一.本地存储由来的背景 众所周知Html4时代Cookie的大小.格式.存储数据格式等限制,网站应用如果想在浏览器端存储用户的部分信息,那么只能借助于Cookie.但是C…

Lowdb是轻量化的基于Node的JSON文件数据库.对于构建不依赖服务器的小型项目,使用LowDB存储和管理数据是非常不错的选择. 一:lowdb 使用及安装 在项目中的根目录安装 lowdb 命令如下: npm install --save-dev lowdb lowdb是基于lodash构建的,因此我们可以使用任何 lodash 强大的函数.并且我们可以串联使用.下面我们的目录结构比如是如下: |--- lowdb | |--- node_modules | |--- app.js | |…

exp本地导出与imp本地导入 exp命令: 1 exp username/psw@TEST file=d:test.dmp full=y 2 exp username/psw@TEST file=d:test.dmp owner=(ly) 3 exp username/psw@TEST file= d:test.dmp tables=(grid1,grid2) 1其中一是将Test(与某一数据库对应的oracle服务名)数据库进行整体导出 2将属于用户ly的所有表导出 3将表grid1,与gr…

原文转自:plsql连接本地oracle数据库,而远程主机却无法连接,出现无监听程序的解决方法 最近在使用plsql连接本地oracle数据库的时候,在同一网络环境中,出现了可以连接本地oracle,但是远程主机却无法连接,显示出无监听程序的问题,一直没法解决,后来才发现是本地oracle配置出了问题. 解决办法如下:先找到oracle安装目录下的两个文件,一个是listener.ora和tnsnames.ora,需要添加和修改其中的部分参数,见下图所示: 第一步:一般情况建立的数据库实例为or…

Liferay自带的数据库非常迷你,一般就是玩玩的. 在真实的开发过程中,我们往往需要把它与我们本地的数据库相连. 有3中方法,我在这里就只介绍我自己最喜欢的方法啦.连的是mysql 1.在Liferay portal的根目录下创建portal-ext.properties文件,其中内容为 jdbc.default.driverClassName=com.mysql.jdbc.Driver jdbc.default.url=jdbc:mysql://localhost/lportal?useUn…

数据源表示数据库所在设备的ip地址或名称,基本上有以下几种写方法 data source = (local) data source = "127.0.0.1" data source = . data source = "服务器设备的ip" data source = "服务器设备的名称" 如果要连接的是本地的数据库(可以简单理解为向数据库发起连接请求的程序和数据库在同一台设备上面),上面的方法都是适用的,但如果请求连接的不是本地的数据库那么就…

已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i…