目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…
Atitit.异常的设计原理与 策略处理 java 最佳实践 p93 1 异常方面的使用准则,答案是:: 2 1.1 普通项目优先使用异常取代返回值,如果开发类库方面的项目,最好异常机制与返回值都提供,由调用者决定使用哪种方式.. 2 1.2 优先把异常抛出到上层处理..异常本身就是为了方便把异常情况抛出到上层处理.. 2 1.3 对于 HYPERLINK \l _Toc6222 方法调用结果异常情况返回策略,最终会有四种策略状况, 2 1.4 返回null  还是异常?? 2 2 异常的由来与…
Falcon软件的组装流程 为了错误校正,将原始子reads进行overlap 预组装和错误校正 错误校正后reads的overlap检测 overlap的过滤 从overlap构建图 从图构建contigs 几个解释: sub-reads是啥?为什么要进行错误校正?校正的原理是什么?length_cutoff和length_cutoff_pre分别是什么意思,为什么要设置这两个参数? sub-reads就是机器出来的reads经过处理后的子reads,方便软件处理: 因为第三代测序是单分子测序…
SNMP(Simple Network Management Protocol,简单网络管理协议)首先是由IETF的研究小组为了解决Internet上的路由器管理问题而提出的.SNMP的设计原则是简单 性和扩展性.简单性是通过信息类型限制.请求响应或协议而取得.扩展性是通过将管理信息模型与协议.被管理对象的详细规定(MIB)分离而实现的. 网络管理体系结构 SNMP的网络管理模型包括以下关键元素:管理站.代理者.管理信息库.网络管理协议.管理站一般是一个分立的设备,也可以利用共享系统实现.管理站…
Hibernate缓存原理: 对于Hibernate这类ORM而言,缓存显的尤为重要,它是持久层性能提升的关键.简单来讲Hibernate就是对JDBC进行封装,以实现内部状态的管理,OR关系的映射等,但随之带来的就是数据访问效率的降低,和性能的下降,而缓存就是弥补这一缺点的重要方法. 缓存就是数据库数据在内存中的临时容器,包括数据库数据在内存中的临时拷贝,它位于数据库与数据库访问层中间.ORM在查询数据时首先会根据自身的缓存管理策略,在缓存中查找相关数据,如发现所需的数据,则直接将此数据作为结…
Hibernate缓存原理: 对于Hibernate这类ORM而言,缓存显的尤为重要,它是持久层性能提升的关键.简单来讲Hibernate就是对JDBC进行封装,以实现内部状态的管理,OR关系的映射等,但随之带来的就是数据访问效率的降低,和性能的下降,而缓存就是弥补这一缺点的重要方法. 缓存就是数据库数据在内存中的临时容器,包括数据库数据在内存中的临时拷贝,它位于数据库与数据库访问层中间.ORM在查询数据时首先会根据自身的缓存管理策略,在缓存中查找相关数据,如发现所需的数据,则直接将此数据作为结…
github地址: https://github.com/cheesezh/python_design_patterns 题目 设计一个控制台程序, 模拟商场收银软件,根据客户购买商品的单价和数量,计算总价. 基础版本 price = float(input("输入商品单价:")) number = int(input("输入商品数量:")) total = (price * number) print("当前总价: %.2f" % total)…
背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi…
转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序,并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序,为林木基因组学研究和遗传改良工作提供了研究资源,从而利于生态环境的持续优化. PacBio数据的加入,有效地对基因组初装版本进行了补洞,并在进一步Scaffolding提供高连续性序列,基因组覆盖率达到98.9%(435Mb/…
1.软件自启动原理 软件自启动的原理要从Windows的注册表聊起,在Windows操作系统下,主要有2个文件夹和8个注册表键项控制程序的自启动,这部分的详细介绍可以参看博客http://www.cnblogs.com/fukajg/archive/2012/08/10/2631250.html.本程序通过“Run”键值实现,Run键值是自启动程序最常见的地方.它的位置在[HKEY_CURRENT_USER\Softvvare\Microsoft\Windows\CurrentVersion\R…