RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017,最后生成结果文件,例如.out,.masked,.tbl等 软件特性:软件运行很慢,而且很占内存(x100).所以运行RepeatMasker时,要注意服务器的内存使用,内存超出会有can't fork错误. 建议:尽量将大文件切割成几M的小文件,合理搭配内存.做好时间预算.…

开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具,开源世界不是怎么方便怎么来吗? 这个注册真的麻烦,这里上传了一个可以使用的版本. RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz 想转成fasta可以用如下命令: awk -f awk.sh RMRBSeqs.embl > raw.fasta cat raw.fasta | cut -f1-9 -d' '| sed -e 's/ID //g' | sed -e 's/repeatmasker\;//g'|…

1.简介 RepeatMasker是一款基于Library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).提供有在线服务.RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法,包括nhmmer.cross_match.ABBlast/WUBlast.RMBlast .Decypher(可以安装多个比对引擎,但每次只能使用其中一个). Repbase是由美国遗传信息研究所(GIRI)创建并维护,收录了转座子和其他重复序列及其注释…

RM是library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).使用数据库Dfam和Repbase. The Dfam database is a collection of Repetitive DNA element sequence alignments, hidden Markov models (HMMs) and matches lists for complete Eukaryote genomes. Repbase是…

以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到: For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download pa…

目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.conda安装 conda安装虽然简单,但还是有很多坑,而且很多都是隐形的坑. # conda install -c bioconda repeatmasker conda install -c bioconda repeatmodeler repeatmodeler依赖于repeatmasker,因此…

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…

Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc…

http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, and to automatically synthesize these data into feature-rich gene annotations, including alternative splicing and UTRs, as well as attributes such as…

1.perl包加入环境 export PERL5LIB=/export/personal1/wanglh/.software/perl/lib:$PERL5LIB…