背景: mitoMaker是一款线粒体/叶绿体组装的pipeline软件,可以从原始的下机数据开始,自动化的组装基因组,注释基因结构,最终生成genebank, fasta 等文件. 整个pipeline 可以分成6个主要步骤: 1)基于不同大小的kmer 值进行denovo 组装 2)查找对应的结构基因,并检测第一步组装的结果是否环化: 3) 从所有的组装结果中,挑选一个最佳的组装结果: 4)将最佳的组装结果作为参照,调用Mira 和 MITObim, 延长组装结果,并进行gap close…