使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:…

Ontology(本体论)用于描述事物的本质(Gruber,1995).这个词在人工智能.计算机语言以及数据库理论中扮演者越来越重要的作用.在实现上,本体论是概念化的详细说明,一个ontology往往就是一个正式的词汇表,其核心作用就在于定义某一领域或领域内的专业词汇以及他们之间的关系.在这一系列概念的支持下,知识的搜索.积累和共享的效率将大大提高,真正意义上的知识重用和共享也成为可能.就此意义而言,XML就是本体理论的一项典型应用,XML文档就是一个标签化的词汇表.XML.Ontology是S…

转自:https://www.cnblogs.com/yes-V-can/p/8151275.html 目录 1 关于Ontology 1.1 Ontology的定义 1.2 Ontology的建模元语 1.3 Ontology和语义网络 1.4 Ontology的描述语言 1.5 已有的Ontology及其分类 1.6 构造Ontology的规则 2 Ontology的研究和应用 2.1 Ontology的理论研究 2.2 Ontology在信息系统中的应用 2.3 Ontology和语义We…

本体网络(Ontology) 新一代分布式信任链网 在开始了解项目之前,让我们先看一段“第一财经”频道关于“本体网络”的介绍: 项目介绍 1摘要 类型  提供不同分布式应用场景的开放基础模块,构建跨链.跨系统.跨行业.跨应用和跨终端的分布式信任基础设施. 定位  基于区块链/分布式账本的信任体系,结合多维实体认证.多源信息交换协议.分布式数据协同.分布式流程.分布式社群.分布式存证等业务领域基础模块,在技术.法制和组织方法上建立各个领域的协作“信任”. 背景  区信任机制多元而分散化   数据信…

原文地址:http://blog.csdn.net/moonsheep_liu/article/details/22329873 本体作为一种能在语义和知识层次上描述领域概念的建模工具,其目标是捕获相关领域的知识,确 定该领域内共同认可的词汇,通过概念之间的关系来描述概念的语义,提供对该领域知识的共同理解.语义Web(the Semantic Web)是在本体理论基础之上对现有Web所进行的扩展[15],其目标是使Web上的信息具有计算机可以理解的语义,在本体的支持下实现信息系统间语义 上的互操…

Overview The following page documents the relations used in the filtered GO ontology. For information on how relations are represented in OBO format, see the OBO File Format Guide.   Understanding relations in GO The ontologies of GO are structured a…

gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循.Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目.    Gene Ontology中最基本的概念是term.GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast gro…

Gene Ontology (GO) 注释  Posted on 2017-06-11 |  In 生信 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分:…

目录 PO/TO CO 后记 我们最常用最熟悉的功能数据库之一:GO(gene onotology),基因本体论.其实是一套标准词汇术语,目的是从不同角度来描述某个基因的特点和功能,三大本体如生物学进程(BP).分子功能(MF)和细胞组分(CC). 看文献的时候,偶然看到了TO(trait onotology)和CO(crop onotology)这些概念,网上一查,原来好几年前就提出来了,专门针对植物的,基于表型性状的一种分类方法,也建立起了相应的数据库. PO/TO Plant and Tr…

Awesome系列的Java资源整理.awesome-java 就是akullpp发起维护的Java资源列表,内容包括:构建工具.数据库.框架.模板.安全.代码分析.日志.第三方库.书籍.Java 站点等等. 经典的工具与库 (Ancients) In existence since the beginning of time and which will continue being used long after the hype has waned. Apache Ant - Build…