生物医学大数据-蛋白质基因组学:质谱注释 蛋白质组与其他组学的关系便是互为印证:蛋白质基因组学原本用于基因组注释,后面扩展到蛋白质与转录组或可变剪接之间关系,同时,蛋白质组依赖于基因组注释作为验证.许多研究未标明蛋白质基因组学,而是归属于对应的组学. 蛋白质基因组学现存问题: 基因组注释方法:1.Denovo.2.与转录组相应证.3.与基因组数据库同源比对. 基因组注释问题: 对于特定结构: 起始位点定位信号难以确定 确定promoter调控结合位点,错误率高 终止位点不被注释 可变剪接预测和确…

概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作者采用串联质谱数据匹配DNA翻译得到氨基酸序列的方法,在仅有810 kb 大小的细菌基因组上直接鉴定开放阅读框(open reading frame,ORF),验证并补充.修订了约10%的ORF.后来这种质谱数据结合DNA 和RNA 数据的分析方法被应用到注释病毒基因组.原核生物基因组以及真核生物基因组. 本…

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi…

癌症蛋白质基因组学主要研究driver性质的突变,该突变有可能是转化为癌基因的突变.抑癌基因突变.药物位点突变和蛋白突变,可以使用mutation assessor 预测突变 突变导致疾病,修饰仅影响生物学功能 将序列库.图谱库.公共突变数据库和RNAseq组合起来构成组合数据库找突变.比如: dbSNP:数据库收录的基因组变异数据 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/ n SwissVar:基于UniProt的突变和疾病数据库 http://swi…

生物信息学方法的目的有二:1.常规找鉴定已知蛋白2.鉴定新蛋白 控制数据库大小可以通过增多酶切使得大数据库灵敏性增高数据量变小: 分步搜索是对于经典方法使用后找不到的新蛋白进行补充挖掘,预测蛋白与高可靠蛋白混合,高可靠蛋白变少,新蛋白检出率低: NCBI使用的便是此方法. nr是蛋白种类最多的数据库,但新蛋白新可变剪接是参考数据库中没有的: 整合数据库是据相似度纳入数据库,比如先纳入最可信的数据库,然后纳入的数据库要在纳入之后打分,如果分值降低则不纳入: 六相位翻译软件: 六相位翻译使得数据库大…

文献名:Integration and analysis of CPTAC proteomics data in the context of cancer genomics in the cBioPortal 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Pamela Wu1,2,3, Zachary J Heins4, James T Muller3, Lizabeth Katsnelson3, Ino de Br…

2015年的综述文章,marker一下,供以后比较试用.蛋白质基因组学研究中的质谱仪与生物信息学方法. 针对蛋白质基因组学的分析研究,总结了质谱仪和蛋白质基因组学流程分析软件的选择,重点评述了常用的生物信息学计算工具,如PepLine .Proteogenomic Mapping Tool InsPecT,iPiG.PGP.Peppy.Bacterial Proteogenomic Pipeline.SearchGUI.ProteoAnnotator.Genosuite 等. 蛋白质基因组很早就…

生命组学: 比较真核生物有关呼吸链的gene是比较核外编码基因,因为与呼吸有关的功能在线粒体上,线粒体位于核外.想要查看两种基因是否具有相互作用,可以对不同物种的编码ATP6 和ATP8的直系同源基因构建共进化树:可以绘制热图观察其区块化现象:可以计算相关系数:可以绘制箱图,进行类别之间相互比较,可看出显著性差异.以上操作都可以得到一组值或者图,为判定是否具有相互作用,可使用已知数据做同样操作,得到一个标准值.两相比较得到复合物之间相互作用. DIP(蛋白质相互作用数据库)和PCN这些已有数据库…

文献名:Alterations of brain quantitative proteomics profiling revealed the molecular mechanisms of diosgenin against cerebral ischemia reperfusion effects(大脑的定量蛋白质组学揭示了薯蓣皂苷元对脑缺血再灌注效应的分子机制) 期刊名:J. Proteome Res 发表时间:(2020年3月) IF:3.78 (2018) 单位: 西安交通大学 中科院…

题目:Deep Protein Methylation Profiling by Combined Chemical and Immunoaffinity Approaches Reveals Novel PRMT1 Targets (结合层析法和免疫沉淀法的蛋白甲基化的深度检测技术发现了PRMT1新的靶标蛋白) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics (MCP) 发表日期:2019.11.1 IF: 4.828 DOI:10.1074/mcp.RA119.001…