表达矩阵 要做两两样本的相关性散点图,并计算标明相关系数. 编写函数要点: 直接在aes中传参是不行的 线性回归表达式 函数 方法1:用!!ensym myplot <- function(indata, inx, iny){ nms <- names(indata) x <- nms[inx] y <- nms[iny] regression <- paste0(x, " ~ ", y) dat.lm <- lm(as.formula(regres…

前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue.如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于KEGG热图绘制,大部分是做到KO层级,因为基因/蛋白和KO的绝大部分都是一对一的对应关系.如果一定要做Pathway的丰度热图呢?一般的方法是将该通路中的基因/蛋白的丰度进行累加来表示该pathway的丰度. 好了,现在我们来计算并绘制热图吧. 数据处理 得到pathway富集分析结果文件一般是这样…

Cell Ranger是一个"傻瓜"软件,你只需提供原始的fastq文件,它就会返回feature-barcode表达矩阵.为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件,有四个子命令,我只用过cellranger count,另外三个cellranger mkfastq.cellranger aggr.cellra…

每每以为攀得众山小,可.每每又切实来到起点,大牛们,缓缓脚步来俺笔记葩分享一下吧,please~ --------------------------- R语言·文本挖掘︱Rwordseg/rJava两包的安装 笔者:文本挖掘中这两个包可谓是"老顽固",做文本挖掘必须要过的关卡,今天倒腾了一天,桌面下了一堆东西,终于弄出来了.故此,赶紧记录下来,以后可用: 关于这两个包的安装问题,有很多很多教程,很多方法,我就不一一介绍,如果我介绍的方法你安装不了,那你就得去下面的参考链接找找其他的方…

目录 1. 矩阵相关性计算方法 base::cor/cor.test psych::corr.test Hmisc::rcorr 其他工具 2. 相关性矩阵转化为两两相关 3. 可视化 corrplot gplots::heatmap.2 pheatmap 1. 矩阵相关性计算方法 base::cor/cor.test R基础函数cor或cor.test都可计算相关性系数,但cor可直接计算矩阵的相关性,而cor.test不可. 两者计算非矩阵时,cor仅得到相关系数,而cor.test还能得到…

方差分析与两样本T检验. 1.首先可以看到方差分析(ANOVA)包含两样本T检验,把两样本T检验作为自己的特例.因为ANOVA可以比较多个总体的均值,当然包含两个总体作为特例.实际上,T的平方就是F统计量(m个自由度的T分布之平方恰为自由度为(1,m)的F 分布.因此,这时候二者检验效果完全相同.T 检验和 ANOVA 检验对于所要求的条件也相同: 1)各个组的样本数据内部要相互独立,2)各组皆要正态分布3)各总体的方差相等.上述这3个条件完全相同. 2.如果说要指出差别,则区别仅在下列一点上:…

矩阵是元素布置成二维矩形布局的R对象. 它们包含相同原子类型的元素.尽管我们可以创建只包含字符或只逻辑值的矩阵,但是它们没有多大用处.我们使用的是在数学计算中含有数字元素矩阵. 使用 matrix()函数创建一个矩阵. 语法 R语言中创建矩阵的基本语法是: matrix(data, nrow, ncol, byrow, dimnames) 以下是所使用的参数的说明: data - 是这成为矩阵的数据元素输入向量. nrow - 是要创建的行数. ncol - 要被创建的列的数目. byrow -…

矩阵是元素布置成二维矩形布局的R对象. 它们包含相同原子类型的元素. R创建矩阵的语法: matrix(data, nrow, ncol, byrow, dimnames) 参数说明: data - 成为矩阵的数据元素输入向量. nrow - 是要创建的行数. ncol -  要被创建的列数. byrow - 是一个合乎逻辑.若为True,则输入向量元素按行安排. dimnames - 是分配给行和列名称. Example > # Elements are arranged sequential…

其中最左边的桌子循环上移(即匀速上移到一定位置后回到原点继续匀速上移),中间的桌子不断旋转(即绕自身中间轴旋转),最右边的桌子循环缩小(即不断缩小到一定大小后回归原来大小继续缩小). 桌子的模型尺寸如下: 操作方法和实验步骤 绘制桌子 根据题目要求,主要实现的是桌子的移动.旋转和缩放,因此首先需要绘制出桌子的形状. 由于题目要求的桌子主要由五个立法体组成,分别是一个桌面和四个桌脚,而立方体又是由6个面组成的,因此通过绘制模式GL_QUAD绘制所有的面即可:如图: 一个立方体的大小和位置有中心点位…

先来要实现的效果图: 下方图1是官网的案例:http://www.echartsjs.com/gallery/editor.html?c=scatter-map 下图2是展示气泡类型为pin的效果: 绘制散点图(气泡)是echarts的一种serise: 所以要实现在geojson绘制的地图上展示散点图就不能在serise里设置geojson的地图在serise的type为map里: 如果将注册的地图放在这里啦,那么在serise里设置的scatter无法正常的显示,所以要将注册的geojson…