工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff…

GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以’>’开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje…

s ,r, c1, c2   第r行的c1列到 c2列的值为s…

GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以'>'开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje…

Tika常见格式文件抽取内容并做预处理 作者 白宁超 2016年3月30日18:57:08 摘要:本文主要针对自然语言处理(NLP)过程中,重要基础部分抽取文本内容的预处理.首先我们要意识到预处理的重要性.在大数据的背景下,越来越多的非结构化半结构化文本.如何从海量文本中抽取我们需要的有价值的知识显得尤为重要.另外文本格式常常不一,诸如:pdf,word,excl,xml,ppt,txt等常见文件类型你或许经过一番周折还是有办法处理的.倘若遇到database,html,邮件,RTF,图像,语音…

新建文件夹: mkdir test 新建txt touch test.txt 新建无后缀格式文件 touch test 如果要删除文件夹 rm -r -f test…

由数据库导出的数据是格式化数据,如下所示,每两个<REC>之间的数据是一个记录的所有字段数据,如<TITLE>.<ABSTRACT>.<SUBJECT_CODE>.但是每条记录中可能某些字段信息为空, 在导出的文本文件中,就会缺失这个字段,如记录3,缺失<ABSTRACT>这个字段,记录4,缺失<SUBJECT_CODE>这个字段. <REC>(记录1) <TITLE>=Regulation of the pr…

文件输出的多样性,准确性和稳定性对于我们常用的报表软件来说很重要.报表的输入是指从报表的模板文件(XML格式的)创建WorkBook对象,输出则指将报表保存为各种格式文件,比如Pdf.Excel.Word这种常见的文件格式,比如FineReport还支持cpt.Svg.Csv.Image(包含png. jpg.gif. bmp.wbmp)等多种文件格式. 因为常常会碰到报表的开发工作,这里总结了几种格式文件导出的API. 1.导出成内置数据集模板 导出成内置数据集模板,就是将原模板的数据源根据参…

2013xlsm格式文件处理 2013格式的xlsm文件在低版本打开为空白的处理 1.关闭2013的宏2.打开文件,另存(去打开密码)3.2007打开另存(格式已变为2007)4.仅破解VBA密码5.修改VBA代码及VBA密码保护6.另存,设置打开密码…

package com.isoftstone.eply.servlet; import java.io.BufferedReader; import java.io.BufferedWriter; import java.io.File; import java.io.FileOutputStream; import java.io.FileWriter; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.io…