二代reads最短都有50bp,所以大家常用的比对工具都是不支持50bp以下的reads的比对的. 但是,在实际中,我们确实又有比对super short reads的需求. So,我找到了如下方法来比对super short reads: 1.msa.sh,bbmap里的,好用,但是太慢. 2.bbduk.sh,bbmap里的,不支持输出sam文件,只能输出map和unmap的reads. 3.bbmap.sh,好用,超快,但是不支持mismatch,可惜. 4.seal.sh,没试过. 5.…