1.下载相关软件,网址:http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic,它有源代码和二进制两种文件(建议都下载,然后合并成一个文件,因为里面的文件之间有互补性) 2.解压:unzip trimmomatic.zip 添加至环境变量中 vi ~.bashrc 3.trimmomatic有两种运行模式:paired end 和 single end (具体的区别本人目前还不太清楚??) 4.paired end模式运行的命令(举例):…

1.进入phred官网,给作者写信,获得所需的软件,大约需要两三天的时间即可收到回信. 2.根据作者的指示下载,解压相应软件. 3.以笔者本人的安装为例unbuntu系统(phred自带的installtion太麻烦了) 4.新建文件夹: mkdir phred 5:将下载的压缩文件移到新建的文件夹中: mv phred-dist-071222.c-acd.tar.gz 6.解压文件 tar -zxvf phred-dist-071220.c-acd.tar.gz 7.编译一下: make 8:…

Apache日志不记录图片文件设置方法 <FilesMatch "\.(ico|gif|jpg|swf)">SetEnv IMAG 1</FilesMatch>CustomLog logs/access_log combined env=!IMAG Apache日志,如果记录所有访问请求,文件会很大:如果使用日志分析软件,分析结果不一定准确.而且如果不安装cronolog工具来截断日志,会在一个整文件中,这样访问量一高,日志文件所占空间是可观的. 通过在http…

本文介绍一个自己做的码流分析软件:VideoEye.为什么要起这个名字呢?感觉这个软件的主要功能就是对"视频"进行"分析".而分析是要用眼睛来看的,因此取了"视频"和"分析"这两个词的英文,名之曰:VideoEye.这个软件是在自己毕业设计软件的基础上改的.能够对本地文件或者互联网视频流进行实时的码流分析.因为这个软件是自己一边学习视音频技术一边制作的,所以涵盖了比較全面的功能.在编写这个软件的过程中,自己也学会了非常多的视音…

一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,…

结合实验室复杂电磁环境特性与模拟研究需求,实现对复杂多变的电磁环境录制.分析.重构和模拟,记录回放系统应具备如下几项能力: 1.电磁环境信号记录能力:能够实现对9KHz-18GHz频带范围内射频信号的采集记录: 2.信号监测分析能力:能够实现频谱全景监测扫描,生成频谱图.瀑布图,能够对采集的信号进行实时统计分析.整理.提取信号特征,生成统计列表等: 3.信号提取与重构能力:能够对采集存储的信号进行部分提取.幅度频率参数改变.以及序列化等自定义编辑与重组: 4.信号存储能力:能够对采集的信号及重构…

问题说明:公司内网环境中部署的jenkins代码发版平台突然不能访问了,查看tomcat的catalina.out日志发现报错如下: [root@redmine logs]# tail -f /srv/apache-tomcat-7.0.67/logs/catalina.out ...... Exception in thread "http-bio-8080-exec-5" java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space Exception in…

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT…

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S…

为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste…