系统:ubuntu 15.04全程在root权限下安装 首先安装软件samtools ,必须是samtools-0.1.19 版本tar jxf samtools-0.1.19.tar.bz2cd samtools-0.1.19makeexport SAMDIR=$PWDsudo mv samtools /usr/local/bin/··················································································…

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big…

本文转自  http://yangl.net/2015/11/12/abyss_install/ ABySS: ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. The single-processor version is useful for assembling genomes up to 100 Mbases in size. The parallel…

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge ) ht…

好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理.我不生产文档,我只是文档的搬运工么么哒- Bowtie2适合将长度50-1000bp的reads比对到长的参考序列上.Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index (bas…

前段时间我把朋友帮忙装的ubuntu15.10给玩坏了=.=虽然后来自己在另一台电脑上成功装了ubuntu16.04和win7双系统,但是...这台电脑也要装个别的系统才比较..不空.所以决定装个centOS7玩一下(微笑). 电脑配置如下: 然后开始准备安装centOS: (以下只列出参考文章的顺序,偷个懒) 1.首先下载centOS7,地址如下https://www.centos.org/download/,我选择的是DVDISO. 2.插入U盘,打开软碟通(ultraISO) 打开文件-写…

http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, and to automatically synthesize these data into feature-rich gene annotations, including alternative splicing and UTRs, as well as attributes such as…

1     依赖软件:bowtie,bowtie2,samtools,boost c++ library 2     建立索引文件:      bowtie包括bowtie,bowtie-build,bowtie-inspect      bowtie2包括bowtie2,bowtie2-build,bowtie2-inspect,默认会找bowtie2      bowtie-build运行结果会得到一些.ebwt的文件      bowtie2-build建index,运行结果得到一些.bt…

Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie在比对比较短的reads(less than 1024 base) 与 较大的参考(基因组) 时效果更好,也更快. 许多其他的软件经常会调用Bowtie ,如常见的 TopHat , Cufflinks 等 Read:      GACTGGGCGATCTCGAC…

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his…