GWAS后续分析：LocusZoom图的绘制

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GWAS后续分析：LocusZoom图的绘制

LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一,其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息:比如周围有没有高度连锁的位点,高度连锁的位点是否也显著. 下面是locuszoom的示例图: 下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制 1.进入Locuszoom的主页 http://locuszoom.org/ 2.进入Locuszoom的主页后,点击single plot 3.按如下图操作第一步:上传关联分析结果的文件,plink格式的话是assoc.logistic…

GWAS后续分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

一.什么是多基因风险评分传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性,再用Bonferroni校正,通过给定的阈值,筛选出显著的SNP位点. 这样会存在两个问题,第一.Bonferroni校正非常严格,很多对表型也有贡献的位点会因为达不到阈值而被过滤掉.第二.单个位点对表型的解释度是很低的,尤其是对于高血压这种多基因控制的表型,用一个个单独的位点解释高血压患病风险,就显得很单薄. 因此,开发一个能让我们直观的感受,患某种疾病的风险多高的工具,显然是非常有必要的. 为了更好理解多基…

使用axes函数在matlab绘图中实现图中图的绘制

使用axes函数在matlab绘图中实现图中图的绘制有时为了对细节进行详细说明,需要在一个较大坐标轴上绘制一个小图来对局部进行放大以阐述结果. 这可以通过调用axes函数实现. 下面通过绘制 y=1/(t-3) 的曲线举例说明该函数的使用方法. 程序如下: clc;clear;close all; …

ASP.NET实现折线图的绘制

用到.Net中绘图类,实现折线图的绘制,生成图片,在页面的显示,代码如下: /// <summary> /// 获取数据 /// strChartName:图名称: /// yName:纵坐标名称: /// xName:横坐标名称: /// iyMaxValue:纵坐标最大值: /// dyAveValue:纵坐标单位值=(纵坐标最大值/标量30) /// ----100 30 :3 /// ----200 30 :1.5: /// xdbColumnName:横坐标绑定显示数据表值的列名:…

PHP图的绘制1

最近在学习php图的绘制,写的代码放上来,供自己以后学习查看: <?php //*函数说明: //这个函数返回的是 // resource imagecreate ( int $x_size , int $y_size ); //imagecreate() 返回一个图像标识符,代表了一幅大小为 x_size 和 y_size 的空白图像. // int imagecolorallocate ( resource $image , int $red , int $green , int $blue…

Methods for follow-up research of exome analysis：外显子后续分析研究思路总结

外显子后续分析研究思路一般有以下几种(Methods for follow-up research of exome analysis): 1.对突变频率.突变类型.突变方式进行统计分析 Mutations statistical analysis 具体见下图: 参考文献:Di, Jiabo, et al. "Whole exome sequencing reveals intertumor heterogeneity and distinct genetic origins of sporad…