DNA binding motif比对算法 2012-08-31 ~ ADMIN 之前介绍了序列比对的一些算法.本节主要讲述motif(有人翻译成结构模式,但本文一律使用基模)的比对算法. 那么什么是基模么?基模是对DNA结合位点的一种描述.它有几种描述方式,一种是共同序列(consensus sequences)一种是位点倾向距阵(Position Specific Frequency Matrices(PSFM))而对于PSFM,有两种表示方式,一种叫PCM,一种叫PFM,前者是Positi…

Chapter2 WHICH DNA PATTERNS PLAY THE ROLE OF MOLECULAR CLOCKS 寻找模序 一. 转录因子会结合基因上游的特定序列,调控基因的转录表达,但是在不同个体中,这个序列会有一些差别.本章讲述用贪婪.随机算法来寻找这个序列:寻找模序. 二.一些概念: 1. Score.Profile 的含义如图 根据profile matrix 可以计算出某个kmer在某一profile下的概率 三. 提出问题:Motif Finding Problem: Gi…

CBC2019-day1 25 August 2019 on 学术前沿huyujia 8月24日上午,CBC2019正式开幕.主持人首先对大会情况以及与会嘉宾做了简要介绍:紧接着,校领导.大会主席以及CCF专委工委委员致辞:与会来宾合照之后,会议正式开始.特邀报告来自中科院上海马普计算生物学研究所的研究员兼首席科学家李亦学教授带来了题为“肝癌的生物信息学以及多组学研究”的精彩报告.生命科学和医学进入了大数据驱动的颠覆性变革时代,生物医学大数据的来源与类型更是丰富多样.在这样的数据驱动下,教授向我…

A novel massively parallel supercomputer of hundreds of teraOPS-scale includes node architectures based upon System-On-a-Chip technology, i.e., each processing node comprises a single Application Specific Integrated Circuit (ASIC). Within each ASIC n…

一个工具的逻辑得足够完善.意义足够重大,才有资格发在NG上. A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data - PrediXcan To impute the gene expressions of BACE2, BACE1, and APP, we considered 2 tissue models (each with >300 samples): (1) the…

DNA motif 搜索算法总结 2011-09-15 ~ ADMIN 翻译自:A survey of DNA motif finding algorithms, Modan K Das et. al., BMC Bioinformatics 2007, 8(suppl 7):S21 dio:10.1186/1471-2105-8-s7-s21 DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合,比如转录因子,从而可以在…

首先是昨天在北京大学oj网上看到一个简单的算法题目,虽然简单,但是如何完成一段高效.简洁.让人容易看懂的代码对于我这个基础不好,刚刚进入计算机行业的小白来说还是有意义的.而且在写代码的过程中,会发现自己平时学习中不会发现的问题,所以想写下这个博客,主要是便于自己对算法的理解. 来,上题. DNA Sorting Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 91599   Accepted: 36781 Descript…

Repeated DNA Sequences All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all…

DNA比对算法:BWT BWT算法,实质上是前缀树的一种实现.那么什么是前缀树呢? 一.前缀树 对于问题p in S?如果S=rpq,那么p为S前缀rp的一个后缀. 于是,为了判断p in S 是否成立,我们找到S的所有前缀,然后逐一判断p是不是它们的后缀.为了加快效率,我们将所有的前缀建成一颗树,这棵树便是前缀树.下面,我们举例说明前缀树的建立过程和如何使用前缀树进行模式匹配. 前缀树的建立 假设S='acaacg',p='aac',那么我们首先找到S的所有前缀,如下 a ac aca aca…

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对. 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm. 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对 转载请保留出处! 贴上python代码: # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Nov 25 18:20:01 2017 @autho…