原文链接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式说明) 1 The SAM Format Specification sam是一种序列比对后的输出格式,以tab作为分隔符,包括头部信息和比对信息.其中头部信息必须在比对信息之前.头部信息的开头是@,但是比对行不是.每一个比对行有11个重要的比对信息元素,如果比对位置和校准信息等. 1.1 An example FCC0YG3ACXX:2:1…

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V…

参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法(plob) 这个学习急不来,而且比对非常重要,先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`Sequence Alignment/Map Format Specification` SAMtools解决的问题 非常多序列(read),…

本质上就是二进制压缩的SAM文件,大部分生物信息学流程都需要这个格式,为了节省存储空间以及方便索引. # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fileter bam filter <- FilterRules(list(MinWidth = function(x) width(x$seq) > 35)) res <- scanBam…

YUV格式详细解释 YUV开放分类: 网络.计算机.手机.色彩学.影像学  概述  YUV(亦称YCrCb)是被欧洲电视系统所采用的一种颜色编码方法(属于PAL),是PAL和SECAM模拟彩色电视制式采用的颜色空间.其中的Y,U,V几个字母不是英文单词的组合词,Y代表亮度,uv代表色差,u和v是构成彩色的两个分量.在现代彩色电视系统中,通常采用三管彩色摄影机或彩色CCD摄影机进行取像,然后把取得的彩色图像信号经分色.分别放大校正后得到RGB,再经过矩阵变换电路得到亮度信号Y和两个色差信号R-Y(…

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比对结果是一个pair-end比对的末端 4     没有找到位点 8     这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16   在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32   这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64   序列是 mate 1 128 序列是 m…

H.264 视频 RTP 负载格式 1. 网络抽象层单元类型 (NALU) NALU 头由一个字节组成, 它的语法如下: +---------------+      |0|1|2|3|4|5|6|7|      +-+-+-+-+-+-+-+-+      |F|NRI|  Type   |      +---------------+ F: 1 个比特.  forbidden_zero_bit. 在 H.264 规范中规定了这一位必须为 0. NRI: 2 个比特.  nal_ref_idc…

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比对结果是一个pair-end比对的末端 4     没有找到位点 8     这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16   在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32   这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64   序列是 mate 1 128 序列是 m…

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一．MySQL Binlog格式介绍 mysql binlog日志有三种格式,分别为Statement,MiXED,以及ROW! 查看binlog的格式的脚本: 二.binlog 的不同模式有什么区别呢? 1.Statement:每一条会修改数据的sql都会记录在binlog中. 优点:不需要记录每一行的变化,减少了binlog日志量,节约了IO,提高性能.(相比row能节约多少性能与日志量,这个取决于应用的SQL情况,正常同一条记录修改或者插入row格式所产生的日志量还小于Statement产…