Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…

技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子,还有各种原子之间的成键关系与成键类型等.这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了,这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用.功能也非常强大的一款软件. VMD的安装 首先访问VMD官方网站,找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载.这里我们本地是Ubuntu20.04的系统,所以下载了一个Linux通用的版本: 下载到本地之后,找到一个合适的文件夹进行解压: dechin@ubunt…

技术背景 在分子动力学模拟的过程中,考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的.而牛顿第二定律告诉我们,粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系,但是在模拟的过程中,有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的,比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量.这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后(如Velocity-Verlet算法等),再施加一次约束算法,重新调整更新的坐标,使得规定的键长不会产生较大幅度的变更. 初始化坐标参数 为了实现LINCS这一算法,我们先初始化一组随机的坐标用于测试,比…

技术背景 在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,…

系统环境 Win11 22H2 企业版 开启虚拟化.window subsystem for liunx等虚拟机相关的功能 应用商店中安装WSL2 安装步骤 打开Ubuntu,输入sudo apt full-upgrade,并输入设置好的密码 安装cmake编译器sudo apt install cmake 安装c和c++编译器sudo apt install gcc&g++ 下载gromacs源码sudo wget ftp://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2…

2023年的计算语言学协会年会(ACL 2023)共包含26个领域,代表着当前前计算语言学和自然语言处理研究的不同方面.每个领域都有一组相关联的关键字来描述其潜在的子领域, 这些子领域并非排他性的,它们只描述了最受关注的子领域,并希望能够对该领域包含的相关类型的工作提供一些更好的想法. 1.计算机领域顶会(A类) 会议简称 主要领域 会议全称 官网 截稿时间 会议时间 CVPR2023 计算机视觉 The IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pa…

LFD,非官方的Windows二进制文件的Python扩展包 LFD,非官方版本.32和64位.Windows.二进制文件.科学开源.Python扩展包 克里斯托夫·戈尔克(by Christoph Gohlke),LFD(荧光动力学实验室),加利福尼亚大学,Irvine, 网址:http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ ------------------------------ A APSW,另一个Python Sqlite封装. Aspell-p…

部分内容来自http://jerkwin.github.io/9999/08/01/Martini%E7%B2%97%E7%B2%92%E5%8C%96%E5%8A%9B%E5%9C%BA%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%89%8B%E5%86%8C/ 参考了Martini官网的一些内容http://cgmartini.nl/ Martini力场是一种适用于生物分子体系分子动力学模拟的粗粒化(CG, coarse-grain)力场, 该力场采用系统化的方式进行参数化,结合了"自上而下&…

模拟问题点 使用kubernetes时错误提示 yang@master:~$ kubectl get nodes Unable to connect to the server: x509: certificate has expired or is not yet valid: current time 2022-10-25T09:04:19+08:00 is after 2022-09-25T08:17:20Z 解决办法: 一.查看证书过期时间 yang@master:~$ sudo kub…

科学家有了钱以后,真是挺吓人的——D.E.Shaw的牛逼人生 黑科技,还是要提D.E.Shaw Research这个奇异的存在. 要讲这个黑科技,我们可能要扯远一点,先讲讲D.E. Shaw这个人是怎么学术赚钱通吃,成为彻底的人赢的 D.E.Shaw是个学霸,是PhD们的偶像:斯坦福大学计算机专业的博士, 30岁不到就进入哥伦比亚大学做教授,专门研究超大规模并行计算.这已经是优秀的学术人生了. 但是Shaw觉得无聊.哥伦比亚大学地处纽约,遍地暴发的对冲基金男各种花天酒地,游嬉于各种model之间…