生物信息学-序列拼接方法 物理学方法 Fractal Dimension of Exon and Intron Sequences --------------CGCGGCGTGTGTTATA -------------- 数学方法:Relative Complexity in Exon, Intron and Flanks 序列复杂度依据不同组合出现的次数,windows变大之后发现coding比non-coding复杂度变多. COINCIDENT INDEX OF EXON AND INT…

Campwood Software SourceMonitor Version 3.5 The freeware program SourceMonitor lets you see inside your software source code to find out how much code you have and to identify the relative complexity of your modules. For example, you can use SourceMo…

This article come from HEREARS-L1: Learning Tuesday 10:30–12:30; Oral Session; Room: Leonard de Vinci 10:30  ARS-L1.1—GROUP STRUCTURED DIRTY DICTIONARY LEARNING FOR CLASSIFICATION Yuanming Suo, Minh Dao, Trac Tran, Johns Hopkins University, USA; Hojj…

Computer Graphics Research Software Helping you avoid re-inventing the wheel since 2009! Last updated December 5, 2012.Try searching this page for keywords like 'segmentation' or 'PLY'.If you would like to contribute links, please e-mail them to rms@…

CVPR2017 paper list Machine Learning 1 Spotlight 1-1A Exclusivity-Consistency Regularized Multi-View Subspace Clustering Xiaojie Guo, Xiaobo Wang, Zhen Lei, Changqing Zhang, Stan Z. Li Borrowing Treasures From the Wealthy: Deep Transfer Learning Thro…

此主要讨论图像处理与分析.虽然计算机视觉部分的有些内容比如特 征提取等也可以归结到图像分析中来,但鉴于它们与计算机视觉的紧密联系,以 及它们的出处,没有把它们纳入到图像处理与分析中来.同样,这里面也有一些 也可以划归到计算机视觉中去.这都不重要,只要知道有这么个方法,能为自己 所用,或者从中得到灵感,这就够了. 注意:Registration可翻译为“配准”或“匹配”,一般是图像配准,特征匹配(特征点匹配). 15. Image Registration图像配准最早的应用在医学图像上,在图像融合…

[转]Fragstats软件使用及其景观生态学意义     原文地址:http://blog.163.com/shuailai@126/blog/static/132380408201041525137936/ 现在景观格局研究普遍采用Fragstats 3.3软件计算格局指数,我在写文章的过程中也使用了这一软件,期间也遇到不少问题,幸得高人指点和自己不断摸索(当时网上鲜有使用方法),终于把数据算出来了,现在把使用过程中遇到的一些问题与方法写出来,希望对后来者有些帮助,在写这个的过程中,参考了一…

(Evaluate):检查reads,可使用比对软件:使用SOAPaligner重新排列:采用massively parallel next-generation sequencing technology,效果很好(因为覆盖率高,精度高) 重新做有何意义:此时不需要过高的测序深度,因为用原来的read向之前assembly的基因组上比对,此时的测序深度也可以自己设定,20X以上就很好. massively parallel next-generation sequencing technolo…

Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进化速度上的差异(因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现)). Sequencing 需要以下两种策略叠加: 1.Pooled genome sequence strategies :测同一物种的不同个体,不同个体叠加. 2.representative genome assembly approac…

介绍 基于表面的形态学分析(VSM)的方法被越来越多的研究者使用.本文主要介绍基于SPM12和CAT12工具包进行ROI-based VSM的处理步骤. 方法 本文数据处理使用的工具是MATLAB,SPM12和CAT12.要进行VSM的分析,需要在数据预处理阶段的Segment的选项中将Writing options->Surface and thinckness estimation选项改为Yes(图1).这里会构建大脑的surface结构,同时会计算皮层厚度.其他的surface指标需要在C…