GTF/GFF

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GTF/GFF文件的差异及其相互转换

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name…

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GFF format

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu…

StringTie用法详解

StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA…

RNA-seq分析htseq-count的使用

HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data.自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以拿来可用的可执行文件 htseq-count(计数) 和 htse…

tophat的用法

概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件. tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上. 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点. 用法:tophat [options]* <index_base> <reads1_1[,…,readsN_1]> [reads1_2,…readsN_2] <index_base>:参考基因组的index文件的具体目录,…

32、Differential Gene Expression using RNA-Seq (Workflow)

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…