Directional RNA-seq data -which parameters to choose? REF: https://chipster.csc.fi/manual/library-type-summary.html Directional RNA-seq methods are gaining popularity. Several protocols and products are available for the library preparation step, and…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

catalog . Linux TOP指令 . VIRT -- Virtual Image (KB) . RES -- Resident size (KB) . SHR -- Shared Memory size (KB) . SWAP -- Swapped size (KB) . DATA -- Data+Stack size (KB) . 进程内存统计情况内核态表示 . Glibc.Glibc运行时库内存池管理对进程内存使用统计情况的影响 1. Linux TOP指令 top 命令是最流行的…

基于定向滤波和数据融合的边缘引导图像插值算法 http://ieeexplore.ieee.org/document/1658087/ 摘要: 保留边缘结构对于从低分辨率对应物重建高分辨率图像的图像插值算法是一个挑战.我们提出了一种新的边缘引导非线性插值技术,通过定向滤波和数据融合.对于要内插的像素,在两个正交方向上定义两个观测组,并且每个集合产生像素值的估计.通过线性最小均方误差估计(LMMSE)技术将这些模型化为缺失像素的不同噪声测量值的这些方向估计值使用两个观测组的统计量融合成更鲁棒的估计…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

Review: SQL to JSON data modeling First, let’s review, the main way to represent relations in a relational database is via a key/foreign key relationship between tables. When looking at modeling in JSON, there are two main ways to represent relations…

RNA测序的质量控制 发表评论 3,112 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 ENCODE项目向我们揭示,人类基因组中超过70%能得到转录,只不过不会发生在同一个细胞里.为了研究如此多样的转录本,研究人员开发了许多技术,其中RNA测序(RNA-seq)是最全面也最有效的. 许多人相信,未来基因组数据将会对患者的治疗产生重要的影响.不过也有不少专家质疑基因组分析的准确性和可靠性.为此,美国FDA牵头了RNA测序质量控制(SEQC)项目,评估了多个试验室RNA-seq数据…

http://www.windowsazure.com/en-us/develop/net/fundamentals/cloud-storage/ Managing and analyzing data in the cloud is just as important as it is anywhere else. To let you do this, Windows Azure provides a range of technologies for working with relati…

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…