Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer.主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优. Demos: 关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutoria…

先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax flag_input_relax: -nstruct -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -…

没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串连起来. 1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接 并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂,操作如下: ..打开PyMOL: ..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_R…

一般运行ROSETTA,屏幕上的Log很多,而且很复杂,让我们看着眼晕,现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西.  Integer Level 0 Fatal 100 Error 200 Warning 300 Info 400 Debug 500 Trace 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出: 0 代表只输出致命型错误,程序异常终止 100 代表输出一般错误信息,程序终止 200 代表会输出警告信息,程序继续运行 300 代表输出一般信息,包…

Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不动的表示出来,比如主链即侧链上的所有原子,N O S等,全原子表示的优势在于计算准确,但是耗时较长: Centroid Representation即质心标识,除了主链骨架用原子(主链氨基N,CA,羧基C,羧基O,氨基H)表示外,其余侧链,均用质心(CB或者CEN)来表示,即忽略具体的侧链构成,用相…

时间不充分,简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先,非标准残基都需要转换成.params文件,使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain=F --clobber 转换,此命令会产生TPP_0001.pdb和TPP.params两个文件: 2. 其次,如果配体需要进行构象搜索,可以使用obabel,这个免费且简单,见博客http://w…

对score.sc的便利操作: $ sort -n -k2 example_score_file.sc 此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序,可用-r倒序排列),并输出文件. $ sort -n -k2 example_score_file | awk '{print $2 "\t" $3}' 此命令以score文件第二列进行排序后,输出第二列及第三列(awk '{print $2 "\t" $3}'),第二列通…

合并xml输出文件: pybot --outputdir d:\test --log log1.html --report report1.html --output output1.xml -T demo.txtpybot --outputdir d:\test --log log2.html --report report2.html --output output2.xml -T Jenkins_demo.txtrebot --outputdir d:\test --output all.…

1. 重新刷新页面 同页面切换状态: $state.go('tab.index', {inviteId:inviteId}); self.location.reload();…

1. 在用||做条件判断时,如果情况较多,我们可以考虑是否能够用Array.includes()方法代替 var conditionArray = [ test1, test2, test3 ]; if ( conditionArray.includes(value) ) { // do something.. } 2. 默认参数和参数的解构 function say({ name } = {}) { console.log(name || 'unknown'); }…

BizTalk开发小技巧 随笔分类 - Biztalk Biztalk 使用BizTalk实现RosettaNet B2B So Easy 摘要: 使用BizTalk实现RosettaNet B2B So Easy最近完成了一个vmi-hub的B2B项目,使用Rosettanet 2.0的标准与一家品牌商,OEM,供应商实现B2B.一共交换4个报文,4B2,3B2,4B2 POD,4C1,说白了就是收发存这些数据:项目环境BizTalk2009...阅读全文 posted @ 2015-10-2…

故事开端(前因) 嗯,内网其实是校园网络,服务器呢,不是阿里云.腾讯云之类的云服务器,而是自己正在码字的笔记本电脑:有公网IP吗?没有!校园IP分配的IP固定不?不固定,动态分配的,额~~~. 我想想,要不这样吧,使用内网穿透吧? 内网穿透?我找找,nat123,花生壳可以试试,花生壳现在需要实名制,而自己没有必要去实名制啦,自己测试用,用nat123吧,我看看,本地测试,可以,测试成功,那就它了,修改端口,修改ip,阿勒,无法保存了,哦,保存需要消耗的N币不足了,哎,充值吧,都到这份上了,叮叮…

$(SRCROOT)/PrefixHeader.pch自动适配pch地址 __weak __block typeof(self) weakself = self; __weak typeof(self)weakSelf = self; #define DN_DEBUG_LOG(fmt, ...) {NSLog((@"%s [Line %d] " fmt), __PRETTY_FUNCTION__, __LINE__, ##__VA_ARGS__); } NSDictionary *if…

原文网址链接为:http://www.jstips.co/ .截取了一部分本人认为比较实用的技巧分享给大家.其中一小部分技巧为JS面向对象的写法,不宜一一列出.关于JS面向对象的写法可参考本人前几篇随笔: JS面向对象(1) -- 简介,入门,系统常用类,自定义类,constructor,typeof,instanceof,对象在内存中的表现形式 JS面向对象(2) -- this的使用,对象之间的赋值,for...in语句,delete使用,成员方法,json对象的使用,prototype的使…

上次写了一篇博客 http://www.cnblogs.com/kmsfan/p/Kooboo_CMS_suibi.html 作为这个系列的开篇,简单的介绍了一下Kooboo CMS的一些基本情况和界面.这一次我打算再写一篇关于kooboo CMS的文章,不过我还是不打算讲代码,我还是要讲一下使用方法,我只是觉得,如果一个人连这个东西都不会用,何谈二次开发呢?好吧,废话不多说,还是开始吧. 这一次我会讲50%以上的用法,涉及了整个Kooboo CMS,另外50%以后再说,其实我是没学到,哈哈哈哈…

Excel与Word套打功能使用技巧 婚礼邀请友人参加,就需要写请柬.而且写请柬不但要求字写得端正,还不能有错别字,再加上邀请的朋友多,写请柬就是一个劳累活.这时我们利用Word的套打功能,就会让写请柬的事情变得轻松加愉快了.下面,就让Word帮我们写请柬吧. Step1:先用直尺测量一下原始请柬大小为36cm×25cm.打开Photoshop(其他的软件也行,只要能扫描成图片即可),用最低的分辨率将请柬上要填写内容的那半部分扫描成qj.jpg文档,然后在Photoshop中将qj.jpg文档扩…

    上一篇随笔介绍了如何正确判断对象类型.避免变量污染,特殊值(null.undefined.NaN)的使用,以及其他Javascript中常用关键字与方法的优化,这篇随笔将着重介绍Javascript语言中的条件与循环优化.     如有问题,请不吝指出,非常感谢:如果喜欢,右下角点个推荐吧~ 1.if.switch.查表 1.1 if-else分治策略 // 方法一,假设value的值平均分布 // 方法一的平均查询次数是 (n+1)/2,即复杂度是O(N) // 方法二采用了二分查找,…

摘要: 原创出处:www.bysocket.com 泥瓦匠BYSocket 希望转载,保留摘要,谢谢! 在你成为领导者以前,成功只同自己的成长有关.当你成为领导者以后,成功都同别人的成长有关. 1.聊聊并发插入&代码 场景:业务中有些ERP第三方调用该接口,导致多组同样的数据包会调用同一个插入接口.一般都是XXXParamList,一个批量插入的接口. 首先聊聊批量插入的代码,一般都会这样搞,伪代码 for(XXXParam xxx : XXXParamList)validationXXXPar…

第二次随笔--从现有技能获取的经验应用于JAVA中 你有什么技能比大多人(超过90%以上)更好? 这个想了半天,有一个是我乒乓球还是比较擅长的,在学校里可能比百分之90的人要强,在外面肯定是不如了.再有一个就是我游戏里某一个英雄是排在国服前百分之10的.其他的学习,或者其他技能都比较中规中矩,并没有十分突出的表现. 针对这个技能的获取你有什么成功的经验? 针对这两个技能我个人认为一个因素是要有高强度的大量练习吧,就拿乒乓球来说,小时候一练就是一下午,不间断的反复练习一定会奠定一个良好的基础,有了…

点击标题下「飞测」可快速关注 坚持的是分享,搬运的是知识,图的是大家的进步,没有收费的培训,没有虚度的吹水,喜欢就关注.转发(免费帮助更多伙伴)等来交流,想了解的知识请留言,给你带来更多价值,是我们期待的方向,有更多兴趣的欢迎切磋,我们微信订阅号,联系方式如下: 背景说明 坚持分享,坚持总结,技术需要时间的积累和练习,对jmeter实践的点滴的记录,这里分享交流jmeter的第11次小技巧,仅供参考和讨论,有想法的欢迎留言.谈论,手机上图片如果不清晰,请点击[阅读原文]查看. 1问题:一个导入文…

最近在工作中,对jmeter实践的点滴的记录,这里分享交流,不一定正确,仅供参考和讨论,有想法的欢迎留言.谈论,手机上图片如果不清晰,请点击[阅读原文]查看. 技巧1:中文url编码问题 问题:我们抓包下来,发现参数值是中文的乱码了,如果我们改成中文,会导致在页面数据是乱码的,如图 分析: 1.查看数据,发现所谓的乱码其实是url编码,我们放在fiddler的的小工具里解码下,就ok了 2.但是我们不可能每次输入,将中文手动转码,放到参数里面,我们必须实现jmeter自动转码 解决方案: 1.j…

最近在工作中,对jmeter实践的点滴的记录这里分享,不一定正确,仅供参考和讨论,有想法的欢迎留言.谈论. 1技巧1:从csv中获取带引号的数据详情 背景:我们从csv中获取数据,在jmeter中使用这些数据,其中csv的数据如图,有的数据包含引号和逗号 问题:我们获取的数据,被自动加了引号 解决办法: 1.设置jmeter的[CSV Data Set Config],将[Allow quoted Data?]设置程true即可 2.运行jmeter脚本,查看已经成功获取到想要的数据: 总结:遇…

程序员提高工作效率的15个技巧[Facebook] 作者: habadog 日期: 2015 年 02 月 13 日发表评论 (0)查看评论 程序员提高工作效率的15个技巧[Facebook] 1,Days always fill up. Only plan for 4-5 hours of real work per day.其实每天只有4-5个小时能专心编码,充分利用这些时间. 2,Work more when you’re in the zone. Relax when you’re no…

提示16. 当前如何模拟.NET 4.0的ObjectSet<T> 背景: 当前要成为一名EF的高级用户,你确实需要熟悉EntitySet.例如,你需要理解EntitySet以便使用 AttachTo(-) 或创建EntityKey. 在大部分情况下,针对每个对象/clr类型只有一个可能的EntitySet.Tip 13正是利用这种想法来简化附加(Attach)对象并且你也可以对Add使用类似的技巧. 然而为了在.NET 4.0中解决这个问题,我们添加了一个叫做 ObjectSet<T&…

在前后端分离的开发模式下,前后端往往需要接口文档来进行交互.我的上一篇随笔中已经写到用传统的文档写接口时,由于需求经常变动,接口文档也会随之变动.一开始,某接口信息已经写入文档,但后期因为需求变动,发现这个接口是多余的,便将其删除保存,我工作中经常会遇到这种情况,后面产品经理多次修改需求后,觉得这个需求是有必要的,又叫我们重新录入,这真的会降低很多的工作效率.后来就像上一篇随笔分享的一样,使用了eoLinker来对接口进行管理,整个工作效率就提起来了,在此分享一下可以怎么将eolinker的接口…

http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/49052057 海量数据挖掘Mining Massive Datasets(MMDs) -Jure Leskovec courses学习笔记之社交网络之社区检测:基本技巧-生成模型及其参数的梯度上升方法求解 Communities in Social Networks:  Intuitively, "communities" are sets of individuals in a netw…

[前言] 保存Markdown的编辑技巧,写博客随笔,可以用下. [正文] 1.空格  //半角空格(英文)  //全角空格(中文)…

大家好,我是麒麟子, 开源棋牌<幼麟棋牌-四川麻将>(泄漏版叫 <达达麻将>)作者,成都幼麟科技创始人. 自09年进入游戏行业以来,不知不觉已经度过了十个春秋. 曾经我也血气方刚,曾经我也青春年少. 岁月如梭,光阴似箭,如今已是而立之年. 退去了青涩懵懂,换来了满身的意气风发. 希望在下一个十年,能够用自己所学的经验,浪迹这个充满爱恨情仇的游戏江湖. <麒麟子Cocos Creator实用技巧>并非正式文体,仅为麒麟子的随笔记录,主要记录一些麒麟子在使用Cocos Cr…

前言 在使用 JavaScript 的时候,有时我们会处理大量条件语句,这里有5个技巧帮助我们编写更简洁的条件语句. 一.对多个条件使用 Array.includes 例子: function condition(fruit) { if (fruit == 'apple' || fruit == 'banana') { console.log(fruit); } } 上面的例子看起来不错,但如果有更多水果需要判断呢,比如桃子.草莓.橙子等等,我们要用更多的 || 来扩展这个表述吗? 我们可以使用…

点击处理: 消除a标签点击后的边框,颜色(background:#fff) 1:a:focus{outline:none;} button去除边框 1:border:none 2:border:0px(不建议) 3:button::after { content: none; } 伪类清楚浮动: .float:after { content: " "; display: table; } .float:after { clear: both; } placeholder样式修改 inp…