参考: SSR标记 分子标记开发与筛选之SSR SSR 分子标记开发策略及评价 SSR分子标记在牡丹亲缘关系研究中的应用与研究进展 SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术,也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列.由于每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列. 生物的基因组中,特别是高等生物的基因组中含有大量的重…

目录 1. 简介 2. BLUP类模型 3. Bayesian类模型 4. 机器学习 5. GWAS辅助的GS 6. 杂交育种 7. 多性状 8. 长期选择 9. 预测准确性评估 10. GS到植物育种 11. 未来展望 2020年10月张志武老师联合多家单位的大佬撰写的植物GS育种的最新进展,目前还只是预印版(改到第二版).这篇综述涉及到GS在植物领域应用的最新进展,长达48页.不同于其他的综述描写空洞宽泛,这一篇特别对模型方法进行了介绍,正好解决了我的需求.缺点就是可能重点说明了他们自己开发…

SNP问题大集锦 [2017-01-19]       最近小编对基因检测很感兴趣,也跟风去测了一下,这一测不要紧,吓得小编几天没睡着觉,这不,检测报告上称小编的减肥能力弱,虽然小编一家都是胖子,唯有小编一个瘦子,原本以为是基因发生了突变,然并卵,是未到时候...... 难过之后小编恢复了理智,凭什么你说小编减肥能力弱,小编表示不服,仔细读了报告后发现,原来是这些SNP位点搞的鬼,又是SNP! 话说小编最近收到许多关于SNP的问题,现整理如下: 1.什么是SNP? 单核苷酸多态性(single…

目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低(Nature Biotechnology) 2017年8月:GWAS解析大豆重要性状网络(Genome Biology) 2018年8月:中国国审大豆品种中黄13的基因组完成(Science China Life Science…

tructure是与PCA.进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP.indel.SSR.相比于PCA,进化树,群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 conda install -c bioconda admixture admixture **** ADMIXTURE Version 1.3.0 **** **** Copyright 2008-2015 **** **** David Alexander, Suyash…

日前,中国科学院神经科学研究所.中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心.香港科技大学生命科学部和分子神经科学国家重点实验室.中国科技大学自动化研究所在 Cell 上联合发表了一篇概述论文<China Brain Project: Basic Neuroscience, Brain Diseases, and Brain-Inspired Computing>,介绍了「中国脑计划」在基础神经科学.脑疾病和脑启发计算上的研究进展.机器之心对这篇论文进行了完整的编译,读者也可通过以下链接查看原论文.…

符号表应用 在计算机发展的早期,符号表帮助程序员从使用机器语言的数字地址进化到在汇编语言中使用符号名称:在现代应用程序中,符号名称的含义能够通行于跨域全球的计算机网络.快速查找算法曾经并继续在计算机领域中扮演着重要角色.符号表的现代应用包括科学数据的组织,例如在基因组数据中寻找分子标记或模式从而绘制全基因组图谱:网络信息的组织,从搜索在线贸易到数字图书馆:以及物联网基础架构的实现,例如包在网络节点中的路由.共享文件系统和流媒体等.高效的查找算法确保了这些以及无数其他重要的应用程序成为可能.在本节…

背景:16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究,但是它有一些明显的限制,比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝,而且,由于16S rRNA基因的进化速率较慢,在物种间保守,会存在多个物种的基因完全相同的情况,而且由于基因水平转移的发生,即使亲缘关系较远的物种,也可能出现基因序列完全相同的情况,更进一步讲,我们分析时通常只采用16S rRNA基因的某些区域,这导致物种间扩增出来的片段完全相同的概率大大增加:而一些蛋白编码基因,特别是一些参与重要的信号通路的基因,比如参与氮…

定义:融合基因是指两个或者多个基因联合起来,一起转录形成一个转录本: 检测的意义:融合基因可以作为某些疾病的特异分子标记,比如 bcr/abl融合基因存在于95%以上的慢性粒细胞白血病患者中: AML1/ETO融合基因主要见于急性粒细胞白血病部分分化型患者中: CBFβ/MYH11融合基因是M4Eo型白血病的分子标志: PML/RARα融合基因是急性早幼粒细胞白血病(APL)的分子标志: 检测方法: 只有少数的融合基因是因为染色体易位等原因,在DNA水平上联合在一起,而大多数的融合基因在DNA水…

文章题目:A Field Guide for Cancer Diagnostics using cell-free DNA: from Principles to Practice and Clinical Applications 时间:2017年11月 摘要:癌症患者的基因分子层面的信息给新药开发和治疗方法带来了一场新的革命.目前组织样本检测是基因分子检测的金标准,但其存在两点不足:1.取样方式为风险性入侵式取样,有许多癌种和患者无法满足该要求.  2.由于异质性的原因,取得的组织样本可能不…