本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 随着測序技术的不断提高.二代測序数据成指数增长. NCBI提供了SRA数据库存储这些数据. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据,NCBI提供了下载的命令行工具:sra-toolkit. 包含下面命令: 官方文档: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi…

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460 前文 http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何採用 sra-toolkit 下载 sra 文件,可是假设你想下载整个项目的全部样本.应该如何批量下载呢.以下參考biostar站点的部分回帖.做简介. R语言 SRAdb 包 參考 https://www.biostars.org/p…

转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml  我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/sra SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Ill…

简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ). 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的. SRA数据库数据来自高通量测序平台(Roche 454 GSSystem®,Illumina GenomeAnalyzer®,Applied Biosystems SOLiDSystem®,HelicosHeliscope…

sratoolkit.2.6.2-centos_linux64/bin/prefetch  下载SRA文件 fastq-dump    --split-3    SRR2923014.sra    转成fq文件…

下了一些sra数据库中的公共数据,因为pretech和aspera不稳定,稍微大点的文件经常传断,部分文件我只能通过本地下载再上传. 那么问题来了,sra没有md5校验,我怎么知道我数据的完整性,尤其是通过本地下载的那些数据? 网上查了下是说,sra是自带md5校验的(The SRA archive format ("vdb") contains an md5 checksum as well as a few other consistency checks (I think). T…

如何下载Github单个文件(Windows平台) 前提 安装Chrome 浏览器 Chrome浏览器 安装迅雷软件 安装Chrome 迅雷插件 可能商店里迅雷插件有好几种,这里使用这一种 一般使用者的电脑里都会必备这2个软件的吧,安装完成后继续: 下载单个文件 首先确认你开启了迅雷插件 此时你在任意页面,右键鼠标会出现使用迅雷下载 找到你要下载的文件 在文件名上右键鼠标,使用迅雷下载 最后等待迅雷下载完成即可.…

IOS(object-c) 下载查看 PDF 其实还是蛮容易操作的.在下载前,首先要把 IOS 可以保存文件的目录给过一遍: IOS 文件保存目录 IOS 可以自定义写入的文件目录,是很有限的,只能是这3个目录: 1. NSDocumentDirectory 下载文件到该目录,则该文档可以用 iTunes 直接查看.对于安全性不高,便于浏览的文件,pdf ,可以考虑下载到该目录.. 2. NSLibraryDirectory 下载文件到该目录,则该文档不可用 iTunes 直接查看.只能在 AP…

用DOS批处理实现FTP自动上传.下载.清理文件 最近好像特别的忙,好久没来写点东西了,今天写了一个利用批处理程序完成FTP自动上传.下载.清理文件的程序.赶紧 记录下来,以备日后之用.功能介绍:自动登录远程主机,并到指定目录下下载文件,下载完成后,检查下载到本地的文件并删除主机上的文件.程序名称及功能:getfile.bat:主程序,检查配置目录及调用ftp脚本.getfile.ftp:ftp运行脚本.movefile.bat:删除远程主机上的文件.以下是批处理的具体内容. 1.getfile…

默认的文件下载都在 ~/Downloads 文件夹里面. 按 ctrl+alt+t 打开命令. 1.解压下载好的文件包,如: tar -xvf Sublime\ Text\ 2.0.2.tar.bz2 2.将解压出来的文件移到 /usr/local/lib/ 目录里面: mv Sublime\ Text\ 2 /usr/local/lib/ 3.再给它建立一个快捷方式(类似与windows中的快捷方式,实际是一个链接),这样,在Terminal的任意地方都可以随心所欲的打开sublime tex…