How TermFinder calculates P-values Readme: MGI GO Term Finder The GoTermFinder attempts to determine whether an observed level of annotation for a group of genes is significant within the context of annotation for all genes within the genome.  Suppos…

The Basics of Probability Probability measures the amount of uncertainty of an event: a fact whose occurence is uncertain. Sample space refers to the set of all possible events, denoted as . Some properties: Sum rule: Union bound: Conditional probabi…

以下是几种常见的离散型概率分布和连续型概率分布类型: 伯努利分布(Bernoulli Distribution):常称为0-1分布,即它的随机变量只取值0或者1. 伯努利试验是单次随机试验,只有"成功"(1)或"失败"(0)这两种结果.假如某次伯努利实验成功的概率为p,失败的概率为q=1-p,那么实验成功或失败的概率可以写成:. 伯努利分布的期望: 伯努利分布的方差: 二项分布(Binomial Distribution):用以描述n次独立的伯努利实验中有x次成功的…

Basis(基础): SSE(Sum of Squared Error, 平方误差和) SAE(Sum of Absolute Error, 绝对误差和) SRE(Sum of Relative Error, 相对误差和) MSE(Mean Squared Error, 均方误差) RMSE(Root Mean Squared Error, 均方根误差) RRSE(Root Relative Squared Error, 相对平方根误差) MAE(Mean Absolute Error, 平均绝…

http://www.matlabsky.com/thread-43937-1-1.html   <量化投资:以MATLAB为工具>连载(3)基础篇-N分钟学会MATLAB(下)     <量化投资:以MATLAB为工具>简介          <量化投资:以MATLAB为工具>是由电子工业出版社(PHEI)下属旗舰级子公司——北京博文视点资讯有限公司出版的<量化投资与对冲基金丛书>之一,丛书主编为丁鹏博士,<量化投资:以MATLAB为工具>由李…

Stat2.2x Probability(概率)课程由加州大学伯克利分校(University of California, Berkeley)于2014年在edX平台讲授. PDF笔记下载(Academia.edu) ADDITIONAL PRACTICE FOR THE FINAL PROBLEM 1 A box contains 8 dark chocolates, 8 milk chocolates, and 8 white chocolates. (It’s amazing how t…

Stat2.2x Probability(概率)课程由加州大学伯克利分校(University of California, Berkeley)于2014年在edX平台讲授. PDF笔记下载(Academia.edu) PRACTICE PROBLEMS FOR THE MIDTERM PROBLEM 1 In a group of 5 high school students, 2 are in 9th grade, 2 are in 10th grade, and 1 is in 12th…

Stat2.2x Probability(概率)课程由加州大学伯克利分校(University of California, Berkeley)于2014年在edX平台讲授. PDF笔记下载(Academia.edu) Summary Independent $$P(A\cap B)=P(A)\cdot P(B)$$ Binomial Distribution $$C_{n}^{k}\cdot p^k\cdot(1-p)^{n-k}$$ R function: dbinom(k, n, p) U…

Stat2.3x Inference(统计推断)课程由加州大学伯克利分校(University of California, Berkeley)于2014年在edX平台讲授. PDF笔记下载(Academia.edu) Summary Test of Hypotheses $$\text{Null}: H_0$$ $$\text{Alternative}: H_A$$ Assuming the null is true, the chance of getting data like the d…

二项分布 | Binomial distribution 泊松分布 | Poisson Distribution 正态分布 | Normal Distribution | Gaussian distribution 负二项分布  | Negative binomial distribution 指数分布 | Exponential Distribution Βeta分布 | beta distribution Βeta二项分布 | Beta-binomial distribution 几何分布…

http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据…

论文: MTLD, vocd-D, and HD-D: A validation study of sophisticated approaches to lexical diversity assessment  地址: https://link.springer.com/content/pdf/10.3758%2FBRM.42.2.381.pdf LD Lexical diversity TTR type–token ratio 缺点是文本长度变化敏感 vocd-D :也是文本长度的函数 C…

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录…

原文:http://blog.csdn.net/heyongluoyao8/article/details/47840255 常见的机器学习&数据挖掘知识点 转载请说明出处 Basis(基础): SSE(Sum of Squared Error, 平方误差和) SAE(Sum of Absolute Error, 绝对误差和) SRE(Sum of Relative Error, 相对误差和) MSE(Mean Squared Error, 均方误差) RMSE(Root Mean Square…

R软件一个显著的优点是它提供了丰富的随机数发生器,比SAS.Matlab方面很多,比Excel更不知方便到哪里去了.这无疑为统计学.工程学以及寿险精算学提供了很大的方便,比如我们要产生200个服从正态分布的随机数,在R里面用只需要键入“rnorm(200)”即可得到.操作如下: >rnorm(200) [1] -0.12071839  0.05257376 -0.23671186 -0.71413741  2.17362525 -0.25102710[7] -1.41124223  1.7881…

R语言特征 对大小写敏感 通常,数字,字母,. 和 _都是允许的(在一些国家还包括重音字母).不过,一个命名必须以 . 或者字母开头,并且如果以 . 开头,第二个字符不允许是数字. 基本命令要么是表达式(expressions)要么就是 赋值(assignments). 命令可以被 (;)隔开,或者另起一行. 基本命令可以通过大括弧({和}) 放在一起构成一个复合表达式(compound expression). 一行中,从井号(#)开始到句子收尾之间的语句就是是注释. R是动态类型.强类型的语…

1. What is KOBAS 3.0? KOBAS (KEGG Orthology Based Annotation System) is a web server for gene/protein functional annotation (Annotation module) and functional set enrichment (Enrichment module). Given a set of genes or protein, it can determine wheth…

sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘(博主亲自录视频) https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 医药统计项目QQ:231469242 fisher's exact test算法来自超几何分布 python代码 https://docs.scipy.o…

常用的数据挖掘&机器学习知识(点) Basis(基础): MSE(MeanSquare Error 均方误差),LMS(Least MeanSquare 最小均方),LSM(Least Square Methods 最小二乘法),MLE(Maximum LikelihoodEstimation最大似然估计),QP(QuadraticProgramming 二次规划), CP(ConditionalProbability条件概率),JP(Joint Probability 联合概率),MP(Mar…

随机数的使用是很多算法的关键步骤,例如蒙特卡洛法.遗传算法中的轮盘赌法的过程,因此对于任意一种语言,掌握其各类型随机数生成的方法至关重要,Python与R在随机数底层生成上都依靠梅森旋转(twister)来生成高质量的随机数,但在语法上存在着很多异同点. Python numpy中的random模块 from numpy import random ?random Type: module String form: <module 'numpy.random' from 'D:\\anacond…

目录 1. random模块 1.1 设置随机种子 1.2 random模块中的方法 1.3 使用:生成整形随机数 1.3 使用:生成序列随机数 1.4 使用:生成随机实值分布 2. numpy.random 2.1 Utility functions:实用方法 2.2 Compatibility functions:兼容方法 Reference   今天在一个公众号上看到了一篇有关Python基础的文章,其中提到了Numpy模块中有关生成随机数的使用:这才联想到,自己对这一块也不熟悉,每次想要…

矩陣 矩阵是numpy.matrix类类型的对象,该类继承自numpy.ndarray,任何针对多维数组的操作,对矩阵同样有效,但是作为子类矩阵又结合其自身的特点,做了必要的扩充,比如:乘法计算.求逆等. 矩阵对象的创建可以通过以下三种方式: numpy.matrix(任何可被解释为矩阵的二维容器,copy=是否复制数据(缺省值为True,即复制数据)) 如果copy的值为True(缺省),所得到的矩阵对象与参数中的源容器共享同一份数据,否则,各自拥有独立的数据拷贝. numpy.mat(任何可…

目录 常见的概率分布模型 一.离散概率分布函数 二.连续概率分布函数 三.联合分布函数 四.多项分布(Multinomial Distribution) 4.1 多项分布简介 4.2 多项分布公式解析 五.伯努利分布(Bernoulli Distribution) 5.1 伯努利分布简介 5.2 伯努利分布的期望值和方差 六.正态(高斯)分布(Normal(Gaussian) Distribution) 6.1 正态分布的概率密度函数图像 6.2 正态分布简介 6.3 中心极限定理与正态分布 七…

卡方检验(chi-square test)是英国统计学家Pearson提出的一种主要用于分析分类变量数据的假设检验方法,该方法主要目的是推断两个或多个总体率或构成比之间有无差别. 卡方分布界值表的依据是卡方分布,其分布是连续型分布,而计数资料中的实际频数为分类资料,是不连续的.因此,计算出来的卡方值查界值表所得的概率P偏小,特别是对自由度为1的四格表资料的影响更大. 为此,美国统计学家F.Yates(1934年)提出了计算卡方的连续性校正法(correction for continuity)…

title: [概率论]5-1:分布介绍(Special Distribution Introduction) categories: - Mathematic - Probability keywords: - Distribution toc: true date: 2018-03-27 20:35:20 Abstract: 本文介绍本章关于分布的内容提要 Keywords: Distribution 开篇废话 这篇就是个介绍,会非常短,但是还是有点点信息在里面的比如,给了一个分布的家族分类…

齐夫定律(英语:Zipf's law,IPA英语发音:/ˈzɪf/)是由哈佛大学的语言学家乔治·金斯利·齐夫(George Kingsley Zipf)于1949年发表的实验定律. 它可以表述为: 在自然语言的语料库里,一个单词出现的频率与它在频率表里的排名成反比. 所以,频率最高的单词出现的频率大约是出现频率第二位的单词的2倍, 而出现频率第二位的单词则是出现频率第四位的单词的2倍. 这个定律被作为任何与幂定律概率分布有关的事物的参考. 目录 1 例子 2 遵循该定律的现象 3 参见 4 延伸…

今天下载了CloudSim 4.0的代码,运行其中自带的示例程序,结果有一部分运行错误: 原因是找不到org.apache.commons.math3.distribution.UniformRealDistribution类, 解决办法:需要添加引用commons-math3-3.6.1.jar(下载地址:commons-math3-3.6.1.jar). 步骤:eclipse项目名称右键->Properties->Java Build Path->Labraries->Add…

Introduction In statistics, the Wishart distribution is generalization to multiple dimensions of the chi-squared distribution (卡方分布), or, in the case of non-integer degrees of freedom, of the gamma distribution. It is a family of probability distribu…

Replication 自动创建来一个 Job:Replication monitoring refresher for distribution,这个Agent执行一个sp: dbo.sp_replmonitorrefreshjob ,在该SP中存在一个Loop,如下 create procedure sys.sp_replmonitorrefreshjob ( -- 0 - run continuously, non 0 - run for specified iterations , --…

Distribution Writer 调用Statement Delivery 存储过程,将Publication的改变同步到Subscriber中.查看Publication Properties->Ariticle Properties->Statement Delivery 属性,Distribution Writer调用Insert,Update 或 Delete 存储过程,实现数据的同步. Distribution Writer不是每一个Command单独提交,而是根据Commit…