进行Blast比对,用参数-m 6 可以以列表的方式输出结果,结果中从左到右每一列的意义分别是: [00] Query id [01] Subject id [02] % identity [03] alignment length [04] mismatches [05] gap openings [06] q. start [07] q. end [08] s. start [09] s. end [10] e-value [11] bit score…

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa…

转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31)   用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p.-i.-d.-o.-e等几个. -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随…

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas…

search tools:blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn 1.blastn: 核酸序列vs核酸库 $blastn -query file-in  -db database  -out file_out  -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5  -num_threads 4  -outfmt format "7 qacc sacc evalue…

Learn how to use console.table to render arrays and objects in a tabular format for easy scanning over the values. We'll create some mock data and then render it to the log in various ways to explore console.table's API. function Character(name, powe…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_5ecfd9d90100ksui.html http://www.docin.com/p-704735699.html 与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数. 1.例子:    blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out…

RTP Tools (Version 1.20) https://wiki.wireshark.org/RTP_statistics Here is a small example: Install JMF (JMstudio is included) Download rtptools Open the RTP capture file with Wireshark Select the proper UDP and force its decoding as RTP: Menu Analyz…

★.1host:DNS信息 参数: 一般情况下,host查找的是A,AAAA,和MX的记录 案例: DNS服务器查询  host -t ns 域名 A记录和MX记录查询  host 域名(host -t a 域名 + host -t mx 域名) PS:A (Address) 记录是用来指定主机名(或域名)对应的IP地址记录.用户可以将该域名下的网站服务器指向到自己的web server上.同时也可以设置您域名的子域名.通俗来说A记录就是服务器的IP,域名绑定A记录就是告诉DNS,当你输入域名的…

E. Comments time limit per test 2 seconds memory limit per test 256 megabytes input standard input output standard output A rare article in the Internet is posted without a possibility to comment it. On a Polycarp's website each article has comments…

命令简介: 该命令可以安全关闭或者重新启动系统.你没有看错,shutdown命令不仅可以关闭系统.也可以重启Linux系统.   命令语法: /sbin/shutdown [-t sec] [-arkhncfFHP] time [warning-message] 命令参数: 参数 长参数 描叙 -a Use /etc/shutdown.allow. -c 中断关机:当执行"shutdown -h 12:00"指令时,只要按+键就可以中断关机的指令 -f 重新启动时不进行磁盘检测(fsc…

Background C++ is one of the main development languages used by many of Google's open-source projects. As every C++ programmer knows, the language has many powerful features, but this power brings with it complexity, which in turn can make code more…

原文地址:使用dig查询dns解析 作者:chenwenming 一般来说linux下查询域名解析有两种选择,nslookup或者dig,而在使用上我觉得dig更加方便顺手. 如果是在debian下的话,只要装上dnsutils这个包就可以使用dig命令了. 最基本的使用方式就是 dig www.oolec.com 即查询域名的A记录,查询的dns服务器将采用系统配置的服务器,即/etc/resovle.conf 中的. 如果要查询其他类型的记录,比如MX,CNAME,NS,PTR等,只需将类型…

http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents expected learning outcomes getting started exercise 1: checking Illumina data with the FASTX-Toolkit exercise 2: checking 454 data with the FASTX-Too…

MTRX1702 - C ProgrammingAssignment 1This assignment requires you to design and build a program to compute and display tables oftrigonometric values.This assignment should take an average student 15 hours to complete.Submission deadline: 11:59pm on Su…

相关学习资料 http://baike.baidu.com/link?url=77B3BYIuVsB3MpK1nOQXI-JbS-AP5MvREzSnnedU7F9_G8l_Kvbkt_O2gKqFw7vm http://www.rfc-editor.org/rfc/rfc1035.txt http://www.rfc-editor.org/rfc/rfc3596.txt http://www.rfc-editor.org/rfc/rfc2782.txt http://www.rfc-edito…

set nuset autoindentset cindent"set tabstop=2"set shiftwidth=2set cursorlineset hlsearch"set fdm=syntax" *********************************************************************************************" comments.vim " **********…

在centos6.X和redhat enterprise 中安装chrome,我找了很久都不行,今天终于找到了可以用下脚本那安装: #! /bin/bash # Google Chrome Installer/Uninstaller or # (C) Richard K. Lloyd <rklloyd@gmail.com> # See http://chrome.richardlloyd.org.uk/ for further details. # This script is in the…

官方参考文档:https://cwiki.apache.org/confluence/display/Hive/LanguageManual 一.命令行和客户端 1. 命令窗口 1)进入命令窗口 hive 2)在hive cli命令窗口查看hdfs文件系统: dfs -ls / 3)在hive cli命令窗口如何查看本地文件系统 !ls / 2. hive交互方式 1) hive -e "select * from test.student;" $HIVE_HOME/bin/hive…

Describe Describe Database Describe Table/View/Column Display Column Statistics Describe Partition Describe Database Version information Icon As of Hive 0.7. DESCRIBE DATABASE [EXTENDED] db_name; DESCRIBE SCHEMA [EXTENDED] db_name;     -- (Note: Hive…

一.DIG linux下查询域名解析有两种选择,nslookup或者dig.Dig(Domain Information Groper)是一个在类Unix命令行模式下查询DNS包括NS记录,A记录,MX记录等相关信息的工具. <span style="font-size:18px;">root@kali:~# dig -h Usage: dig [@global-server] [domain] [q-type] [q-class] {q-opt} {global-d-op…

http://www.cnblogs.com/LittleHann/p/3828927.html 相关学习资料 http://baike.baidu.com/link?url=77B3BYIuVsB3MpK1nOQXI-JbS-AP5MvREzSnnedU7F9_G8l_Kvbkt_O2gKqFw7vm http://www.rfc-editor.org/rfc/rfc1035.txt http://www.rfc-editor.org/rfc/rfc3596.txt http://www.rf…

v0.2 - Last updated November 8, 2013 源自 Google's C++ coding style rev. 3.274 目录 由 DocToc生成     头文件        #define用法        前向声明        内联函数        -inl.h文件        函数参数顺序        include的命名和顺序    作用域        命名空间            未命名空间            命名空间       …

格式优美的perl代码不但让人赏心悦目,并且能够方便阅读. perltidy的是sourceforge的一个小项目,在我们写完乱七八糟的代码后,他能像变魔术一样把代码整理得漂美丽亮,快来体验一下吧!!! perltidy 主页: http://perltidy.sourceforge.net/perltidy.html 安装方法: 进入解压后的文件夹,然后运行一下命令 perl Makefile.PL make make test make install 用法: 配置一下vim,使得我们在写代…

一.Properties类介绍 java.util.Properties继承自java.util.Hashtable,从jdk1.1版本开始,Properties的实现基本上就没有什么大的变动.从http://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/的jdk7的官方api文档中我们可以看到对Properties类的介绍.Properties class是一个持久化的属性保存对象,可以将属性内容写出到stream中或者从stream中读取属性内容,在底层的Hashtab…

Eclipse常用快捷键 打开Eclipse快捷键的快捷键 Ctrl+Shift+L 快捷键 描述 原英文描述 Ctrl+Shift+P 定位到光标所在处的括号的另一半括号的位置 Go to Matching Bracket Alt+Shift+O 当光标移动到某个变量或方法处时,整个页面的这个变量或方法都会高亮显示,此键就是高亮显示开关 Toggle Mark Occurrences Alt+Shift+U 关闭高亮显示 Remove Occurrence Annotations Ctrl+/…

第一次总结性博客 16071070 陈泽寅 2019.3.23 一.第一单元所学总结 首先先来总结一下第一单元我所学到的知识以及所感所悟.第一个单元,是我第一次接触JAVA语言,并且再使用了几次之后,就被这门语言的独有的魅力以及简便的用法所深深吸引.下面我从三个方面来简单阐述一下我对于JAVA相比较于c语言的优势. (1)从架构上来说,java的设计思路是不同于c的,它是一门面向对象的语言,我们的思维从熟悉的过程式编程语言转移到了对象思维上来.这样的思维的好处是,我们可以将一个大的问题分成很多个…

Unit1 SAP systems(SAP系统) 1.1 Explain the Key Capabilities of SAP NetWeaver(解释SAP NetWeaver的关键能力) Repository里显示的都是SAP系统里的东西 SAP Netweaver Capabilities User productivity(用户生产力) Business Intelligence Business Process Composition(即业务组合,用户使用composite appl…