pasa的安装

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介绍: http://pasapipeline.github.io/ 参考别人的安装教程:http://sihua.us/pasa.htm 软件下载: https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/releases 第一步:安装pasa tar -zxvf PASApipeline-2.0.2.tar.gz cd PASApipeline-2.0.2 make pasa在bin目录下,你可以复制到/usr/local/bin下面第二步:创建mysql…

基于PASA进行基因预测

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences to automatically model gene structures, and to maintain gene structure annotation cons…

augustus, gene prediction, trainning

做基因组注释先用augustus训练,然后再用maker做基因注释 augustus提供一些训练好的,如果有和你的物种非常接近的,直接用提供的,没有的话再自己训练. 网址: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/ 老版本下载: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/old/ 最后选择下载2.7的新版本3.2的实在是装不上太麻烦了!!!!! 下载好后,解压,cd src, sudo ma…

docker——容器安装tomcat

写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 2.apache-tomcat-8.0.36.tar.gz 下载centos镜像:(下载centos这个过程极其漫长) # 启动docker服务 service docker start # 检索centos镜像 docker search centos #…

网络原因导致 npm 软件包 node-sass / gulp-sass 安装失败的处理办法

如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更网络环境的前提下安装 gulp-sass / node-sass . 问题描述执行 npm install 安装软件包 gulp-sass $ npm install gulp-sass 这个过程中会先安装 node-sass ,因为 gulp-sass 依赖于 node-sass .中间出现的错…

Sublime Text3安装JsHint

介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Sublime的包管理器安装SublimeLinter. 安装成功后如下: Package Control Messages ======================== SublimeLinter ------------- ____ _ _ _ _ _ _ / ___| _ _| |__ | (…

Fabio 安装和简单使用

Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的微服务. Fabio 由 eBay Classifieds Group 开发,用于处理 marktplaats.nl 和 kijiji.it 的流量.Marktplaats 所有的流量都经过 Fabio ,每秒有 250000 个请求,分发于数个 Fabio 实例,并且没有出现任何延迟. 简单流程图…