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gene-based关联分析研究是SNP-based关联分析研究的一个补充. 目前有很多工具支持gene-based关联分析研究,比如GCTA,VEGAS2等. 下面主要介绍一下怎么用VEGAS2做gene-based的关联分析研究. 先说VEGAS2的优点,输入特别简单,不需要准备太多输入文件. 缺点,我后面再提. VEGAS2提供了两种方式跑gene based的关联分析. 一种是在线的,一种是离线的. 下面分别介绍这两种. 1.基于在线跑VEGAS2的方式 在线网址:https://veg…

附注:不要问我为什么写这么快,是16年写的. 一.分析目的 I用户在某电商平台买了A,那么平台接下来应该给用户推荐什么,即用户在买了商品A之后接下来买什么的倾向性最大: II应该把哪些商品在一起做捆绑销售. 二.理论介绍 数据挖掘中的经典算法之一:关联分析.关联分析内部理论又分为apriori , eclat , FP-Growth.这里采用apriori.关于他们的优缺点,适应条件什么的,只能等我看完理论再写了. 三.R包介绍 介绍将要用到的两个软件包:arules和arulesViz. ar…

适合阅读人群:有一定的数学基础. 这几篇文章是16年写的,之前发布在个人公众号上,公众号现已弃用.回过头来再看这几篇文章,发现写的过于稚嫩,思考也不全面,这说明我又进步了,但还是作为学习笔记记在这里了,方便以后自己经常查阅. 支持向量机(SVM)理论总结系列.线性可分(附带R程序案例:用体重和心脏重量来预测一只猫的性别) R系列:关联分析:某电商平台的数据:做捆绑销售和商品关联推荐 R系列:分词.去停用词.画词云(词云形状可自定义) end!…

1. 关联分析是什么? Apriori和FP-growth算法是一种关联算法,属于无监督算法的一种,它们可以自动从数据中挖掘出潜在的关联关系.例如经典的啤酒与尿布的故事.下面我们用一个例子来切入本文对关联关系以及关联分析的讨论. 0x1:一个购物篮交易的例子 许多商业企业在日复一日的运营中积聚了大量的交易数据.例如,超市的收银台每天都收集大量的顾客购物数据. 例如,下表给出了一个这种数据集的例子,我们通常称其为购物篮交易(market basket transaction).表中每一行对应一个交…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

[数据挖掘]关联分析之Apriori 1.Apriori算法 如果一个事务中有X,则该事务中则很有可能有Y,写成关联规则 {X}→{Y} 将这种找出项目之间联系的方法叫做关联分析.关联分析中最有名的问题是购物蓝问题,在超市购物时,有一个奇特的现象——顾客在买完尿布之后通常会买啤酒,即{尿布}→{啤酒}.原来,妻子嘱咐丈夫回家的时候记得给孩子买尿布,丈夫买完尿布后通常会买自己喜欢的啤酒. 考虑到规则的合理性,引入了两个度量:支持度(support).置信度(confidence),定义如下 支持度…

UDP主要丢包原因及具体问题分析 一.主要丢包原因   1.接收端处理时间过长导致丢包:调用recv方法接收端收到数据后,处理数据花了一些时间,处理完后再次调用recv方法,在这二次调用间隔里,发过来的包可能丢失.对于这种情况可以修改接收端,将包接收后存入一个缓冲区,然后迅速返回继续recv.   2.发送的包巨大丢包:虽然send方法会帮你做大包切割成小包发送的事情,但包太大也不行.例如超过50K的一个udp包,不切割直接通过send方法发送也会导致这个包丢失.这种情况需要切割成小包再逐个se…

前言 想必大家都听过数据挖掘领域那个经典的故事 - "啤酒与尿布" 的故事. 那么,具体是怎么从海量销售信息中挖掘出啤酒和尿布之间的关系呢? 这就是关联分析所要完成的任务了. 本文将讲解关联分析领域中最为经典的Apriori算法,并给出具体的代码实现. 关联分析领域的一些概念 1. 频繁项集: 数据集中经常出现在一起的物品的集合.例如 "啤酒和尿布" 2. 关联规则: 指两个物品集之间可能存在很强的关系.例如 "{啤酒} -> {尿布}"…

全基因组关联分析流程: 一.准备plink文件 1.准备PED文件 PED文件有六列,六列内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype PED文件是空格(空格或制表符)分隔的文件. PED文件长这个样: 2.准备MAP文件 MAP文件有四列,四列内容如下: chromosome (1-22, X, Y or 0 if unplaced) r…