推荐R语言界的国内大佬于淼写的代谢组学workflow,包含了大部分代谢组学(以及暴露组)的数据分析方法. Meta-Workflow 主要内容包括: Sample collection Pretreatment Principles of metabolomics data analysis Software selection Batch correction Annotation Omics analysis Exposome 顺便附上大佬的博客: https://yufree.cn/ 科…

题目:Integrated Metabolomics and Lipidomics Analyses Reveal Metabolic Reprogramming in Human Glioma with IDH1 Mutation 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:December 31, 2018 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00663 作者单位: 中科院大连化物所 中国科学院大学 郑州大学附属第一医院 分享人:黄旭蕾 采用…

入门课程 伯明翰大学: Metabolomics: Understanding Metabolism in the 21st Century 数据处理 阿拉巴马大学伯明翰分校5年(2013-2018)workshop: Metabolomics Workshop…

个人将数据挖掘的流程简单表示为“ 数据 → 特征 → 模型 ”.   首先,明确问题的性质和任务(分类.回归.聚类.推荐.排序.关联分析.异常检测等): 其次,理解数据(含义.类型.值的范围),并通过描述性统计分析(describing data)和可视化分析(visualizing data)等工作对数据进行探索性分析(exploratory data analysis, EDA): 然后,明确与预测结果显著相关的特征/变量(以kaggle-Titanic为例),进行数据预处理(特征选择.特征…

期刊名:J. Proteome Res 发表时间:(2019年8月) IF:3.78 单位: 上海第九人民医院药学系,上海交通大学药学院 上海交通大学药物与生物化学系   物种:人源A549细胞系 技术:代谢组学及转录组学 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 持续的顺铂(cisplatin,DDP)给药会诱发耐药性而影响药效,然后机制仍未明了.通过整合代谢组和转录组数据,以药敏A549细胞株和耐药A549/DDP细胞株作为材料去挖掘潜在的代谢机制及耐药相关的关键靶标.广泛分析的…

你的工作与生活离不开电脑,电脑是一个工具,也是一个环境.环境是不是绿水青山,是不是得心应手,这是很重要的事情.小程平时使用macbook来学习跟娱乐,最近重装了系统,很多环境与工具都需要重新组建. 那么重装系统后,或者对于一个全新的macos系统,需要配置什么样的软件环境或者设置后,才能做到得心应手,指哪打哪呢? 小程从实用的角度出发,介绍如何组建一个高效顺心的开发与娱乐环境. (1)输入法 小程觉得,打字是基本的需求,读者应该选择一个适合自己的输入法.可以打开Safari(mac系统自带的浏览…

一.数据仓库构建思想 构造数据仓库有两种方式:一是自上而下,一是自下而上. Bill Inmon先生推崇“自上而下”的方式,即一个企业建立唯一的数据中心,就像一个数据的仓库,其中数据是经过整合.经过清洗.去掉脏数据的.标准的,能够提供统一的视图.要建立这样的数据仓库,并不从它需要支持哪些应用入手,而是要从整个企业的环境入手,分析其中的概念,应该有什么样的数据,达成概念完成整:(会考虑到很全面的设计) Ralph Kimball先生推崇“自下而上”的方式,他认为建设数据仓库应该按照实际的应用需求,…

转录组分析综述 转录组 文献解读 Trinity cufflinks 转录组研究综述文章解读 今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章,文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis .由于文章较长和枯燥,小编认为重要的信息,已经加粗加红,可以直接看重要信息.不要问我为啥这么好,请叫我雷锋. 摘要 现在RNA-seq数据使用广泛,但是没有一套流程可以解决所有的问题.我们重点关注RNA-…

2008 SCI 影响因子(Impact Factor) Excel download 期刊名缩写 影响因子 ISSN号 CA-CANCER J CLIN 74.575 0007-9235 NEW ENGL J MED 50.017 0028-4793 ANNU REV IMMUNOL 41.059 0732-0582 NAT REV MOL CELL BIO 35.423 1471-0072 PHYSIOL REV 35.000 0031-9333 REV MOD PHYS 33.985 00…

一.定义 基本概念 Action: An execution/computation task (Map-Reduce job, Pig job, a shell command). It can also be referred as task or 'action node'. >>>>Action 也叫 Action Node 用于执行或者运算的任务(如MapRudecr,shell 命令等) Workflow: A collection of actions arrange…

代谢是生命体内化学反应的总称,其所包含的代谢物变化规律可直接反映生命体的健康状态.非靶向代谢组学(untargeted metabolomics)可以在系统水平测量生命体内生理或病理状态下所有代谢物的含量变化,为研究其生物学机理提供依据.液相色谱-质谱联用(LC-MS)技术是代谢组学研究的主要工具之一.为了能够将采集的质谱数据信息转变为有效的生物学信息,首先就必须对代谢峰进行代谢物的结构鉴定.然而,到目前为止,在基于 LC-MS 的非靶向代谢组学中,大规模的代谢物结构鉴定仍然是一项非常具有挑战性…