最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_…

续篇—— 利用开源软件strongSwan实现支持IKEv2的企业级IPsec VPN,并结合FreeRadius实现AAA协议(上篇) 上篇文章写了如何构建一个支持IKEv2的VPN,本篇记录的是如何利用freeradius,以及结合Daloradius进行VPN的 Web 管理.先让freeradius做个自述吧. 一.Radius 介绍 远端用户拨入验证服务(RADIUS, Remote Authentication Dial In User Service)是一个AAA协议,意思就是同时…

田海立@CSDN 翻译自Google Play and Feature-Based Filtering GooglePlay会过滤出那些对用户可见的应用程序,因此用户只能看到和下载那些与他们的设备兼容的应用程序.过滤应用程序其中的一种方法就是通过Feature兼容性. Google Play为判断应用程序与给定的用户设备是否兼容,比较: 应用程序需要的Feature– 应用程序在它自己的manifest中通过<uses-feature>申明所需要的Feature: 在设备上有效的硬/软件Fea…

如何统计某个应用的网络流量(包括网络流入量和网络流出量)问题,可以转换成如何基于端口号进行网络流量统计的问题.大部分网络应用程序都是传输层及以上的协议,因此基于端口号(tcp, udp)统计网络流量基本能覆盖到此类需求. 利用iptables实现基于端口的流量统计是一种比较简单可行的方案.它可以对流经每一条规则的包数量和流量进行计数.例如要对常规的Web服务器进行流量统计,可以设置如下规则: 1 2 root@debian:~# iptables -A INPUT -p tcp --dport…

利用开源软件 Hugin 实现照片的景深合成 本文主要参考了下面的文章:http://macrocam.blogspot.jp/2013/09/using-hugin-for-focus-stacking.html 根据我自己的理解做了少量的增删.首先感谢原作者. Hugin 是一个很出名的全景照片拼接软件.但其实除了全景拼接功能外, hugin 还提供了一系列的命令行工具,可以用来操纵和融合多张图像,实现高动态图像(HDR).景深合成(Focus Stacking)等各种高级功能.本文就来介绍…

一.Openfiler简介 Openfiler是一个操作系统,其提供基于文件的网络附加存储和基于块的存储区域网络功能. Openfiler支持的网络协议包括:NFS,SMB/CIFS,HTTP/WebDAV,FTP和iSCSI. Openfiler支持的网络目录包括:NIS,LDAP(支持SMB/CIFS密码加密),Active Directory(本地和混合模式),基于Windows NT的域控制器和Hesiod.认证协议包括Kerberos 5. Openfiler支持基于卷的分区技术:如本…

利用freemarker生成基于word模板的word文档 freemarker简介 FreeMarker是一个用Java语言编写的模板引擎,它基于模板来生成文本输出.FreeMarker与Web容器无关,即在Web运行时,它并不知道Servlet或HTTP.它不仅可以用作表现层的实现技术,而且还可以用于生成XML,JSP或Java 等. freemarker下载地址: http://freemarker.incubator.apache.org/freemarkerdownload.html…

上一篇文章记录了我利用cocoapods创建基于SVN的私有库的全部过程,今天我再记录一下基于git创建的过程. 整体先说明一下创建一个私有的podspec包括如下那么几个步骤: 创建并设置一个私有的Spec Repo. 创建Pod的所需要的项目工程文件,并且有可访问的项目版本控制地址. 创建Pod所对应的podspec文件. 本地测试配置好的podspec文件是否可用. 向私有的Spec Repo中提交podspec. 在个人项目中的Podfile中增加刚刚制作的好的Pod并使用. 更新维护p…

利用 yEd 软件做元数据管理 yEd Diagram editor 是我常用的 flow chart 制图工具, 另外我也用它画 ER 和 use case 图. 总结一下我喜欢 yEd 的原因:1. 出色的对齐功能2. 可随意拖动Node, 永远不用担心相连的 Edge 会自动断开连接3. 每个 Node 都自带一个Label, 加说明文字非常方便4. 每个 Edge 都自带一个Label, 加说明文字非常方便 今天总结的是一个非常有价值的使用场景, 在数据仓库和大数据平台中, 数据表的关系…

上一篇文章记录了我利用cocoapods创建基于SVN的私有库的全部过程,今天我再记录一下基于git创建的过程. 整体先说明一下创建一个私有的podspec包括如下那么几个步骤: 创建并设置一个私有的Spec Repo. 创建Pod的所需要的项目工程文件,并且有可访问的项目版本控制地址. 创建Pod所对应的podspec文件. 本地测试配置好的podspec文件是否可用. 向私有的Spec Repo中提交podspec. 在个人项目中的Podfile中增加刚刚制作的好的Pod并使用. 更新维护p…