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实战--利用HierarchicalClustering 进行基因表达聚类分析

利用建立分级树对酵母基因表达数据进行聚类分析 一.原理 根据基因表达数据,得出距离矩阵 ↓ 最初,每个点都是一个集合 每次选取距离最小的两个集合,将他们合并,然后更新这个新集合与其它点的距离 新集合与别的集合距离的计算方法 ①两个集合之间的最短距离 ②两个集合所有点之间求距离求平均   → 把这个新集合加入距离矩阵中,原来的两个小集合就被替换掉 如此循环,直到剩下一个集合,那就建立了一棵树 在树的某一处横断,就可以得到6类 230个酵母基因表达数据 http://bioinformaticsal…

实战--利用SVM对基因表达标本是否癌变的预测

利用支持向量机对基因表达标本是否癌变的预测 As we mentioned earlier, gene expression analysis has a wide variety of applications, including cancer studies. In 1999, Uri Alon analyzed gene expression data for 2,000 genes from 40 colon tumor tissues and compared them with d…

Weblogic CVE-2020-2551漏洞复现&CS实战利用

Weblogic CVE-2020-2551漏洞复现 Weblogic IIOP 反序列化 漏洞原理 https://www.anquanke.com/post/id/199227#h3-7 https://www.cnblogs.com/tr1ple/p/12483235.html 漏洞复现 csdn-Weblogic CVE-2020-2551复现 靶机:windows7系统 IP地址:192.168.43.20 攻击机:windows10系统 IP地址:192.168.43.38 工具 e…

Druid未授权访问实战利用

Druid未授权访问实战利用 ​ 最近身边的同学都开始挖src了,而且身边接触到的挖src的网友也是越来越多.作者也是在前几天开始了挖src之路.惊喜又遗憾的是第一次挖src就挖到了一家互联网公司的RCE,可惜因为权重太小补天不收,最后也是交到了cnvd. 随便找一个后台 ​ 发现存在逻辑运算类的验证码,看来是爆破首先无望了. 不管三七二十一,先扫下web目录再说,看看有没有什么意外收获 呦西!发现对方用的是swagger框架和druid管理工具 先来访问下swagger界面,发现并没有预期的暴…

实战--利用Lloyd算法进行酵母基因表达数据的聚类分析

背景:酵母会在一定的时期发生diauxic shift,有一些基因的表达上升,有一些基因表达被抑制,通过聚类算法,将基因表达的变化模式聚成6类. ORF Name R1.Ratio R2.Ratio R3.Ratio R4.Ratio R5.Ratio R6.Ratio R7.Ratio 1 YDR025W RPS18A 0.136061549576028 -0.111031312388744 -0.189033824390017 -0.782408564927373 -0.7570232465…

机器学习实战------利用logistics回归预测病马死亡率

大家好久不见,实战部分一直托更,很不好意思.本文实验数据与代码来自机器学习实战这本书,倾删. 一:前期代码准备 1.1数据预处理 还是一样,设置两个数组,前两个作为特征值,后一个作为标签.当然这是简单的处理,实际开发中特征值都是让我们自己选的,所以有时候对业务逻辑的理解还是很重要的. 1.2 sigmoid函数设置 1.3固定步长梯度上升算法 这段代码见一面1.4节. Alpha表示步长,maxcycles表示最大的迭代次数,其中weights=ones((n,1))是初始化一个全部为一的n*1…

利用GSEA对基因表达数据做富集分析

  image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). 用GSEA做富集分析是非常简单的,结…

项目实战利用Python来看美国大选

一.项目介绍 首先分析美国总统竞选这个项目是一个烂大街的项目,但是他的确是一个适合Python新手入门的数据处理项目. 本人在大二刚刚学习了Python数据处理,学习时间不超过5个小时,但是已经可以完成基本的数据处理了. 首先来看项目: 得到的数据就是又分csv文件(就是用逗号隔开的纯文本文件),如下: 而我们需要的是图形,可视化的数据,能够将数据直观的展现出来,结果如下: 好,废话不多说,来看看怎么处理数据. 二.项目操作 2.1数据的导入——将csv文件数据导入MySQL 由于我们的数据是放…

JSON Hijacking实战利用

0×01漏洞的挖掘 一般挖掘的过程中,burpsuite代理的History做寻找,过滤多余不可能存在漏洞的一些链接,如下图所示: 我们在返回包中json格式发现了如下的敏感信息(用户Id,用户名,用户手机号码). 0×02漏洞的证明之poc 提交漏洞,poc在众测时要争分夺秒,所以这边用了最精简的一个POC. 假如返回的数据为: txf({"data":{"name":"唐晓峰"}}); <html> <head> &l…

利用RNAseq数据做聚类分析

library(ConsensusClusterPlus)library(factoextra)library(cluster)library(NbClust)# 读入数据data = read.table("T_405_ex.txt",header = T, row.names = 1)b = matrix(data, nrow = 1, ncol = 1)new<-as.matrix(t(data))is.matrix(new) #标准化 my_data <- na.o…