鲤鱼基因组:http://www.ntv.cn/a/20140923/52953.shtml   关于鲤鱼基因组的测定,数据质量控制遭到质疑. Why you should QC your reads AND your assembly?   Graham Etherington http://grahametherington.blogspot.co.uk/2014/09/why-you-should-qc-your-reads-and-your.html The genome sequenc…

1.Goal of mapping 1)We want to assign reads to genes they were derived from 2)The result of the mapping will be used to construct a summary of the counts: the count table. 2 .不同情况 in RNA-seq 1)Reference genome sequenceavailable 2)NO reference genome…

samtools flagstat命令简介: 统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示.每一项统计数据都由两部分组成,分别是QC pass和QC failed,表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量.以“PASS + FAILED”格式显示.还可以根据samtools的标志位显示相应的内容,但是这里不做讨论. 命令格式: samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram> 运行flagstat命令…

1)Sam (Sequence Alignment/Map) ------------------------------------------------- 1) SAM 文件产生背景 随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步,各种比对工具产生,被用来高效的将reads比对到参考基因组.因为这些比对工具产生不同格式的文件,导致下游分析比较困难,因此一个通用的格式可以提供一个很好的接口用于链接比对与下游分析(组装,变异等,基因分型等)…

最近接触的数据都是靶向测序,或者全外测序的数据.对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环. 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后,用perl来进行深度及捕获效率的计算.今天无意中看到了bamdst(https://github.com/shiquan/bamdst)这个软件,用起来也很方便,参考GitHub,在此记录使用方法. 下载并安装:下载安装包并解压后, cd ./bamdst-master make 安装好后,需要准备.bed文件及.b…

1.前言 正式开始的第一周的任务--把NOIP2010至NOIP2015的所有D1/2的T2/3写出暴力.共22题. 暴力顾名思义,用简单粗暴的方式解题,不以正常的思路思考.能够较好的保证正确性,但是最大的问题在于效率.搞OI这么久,每次考试也经常纠结于暴力与正解之间,其实这两者概念上本来就没有明显的界限,是一组相对概念. 下面尽可能的不提到正解,但是如果正解容易到我都能够轻松秒的话就还是说一下了. 普通的DFS/BFS搜索是暴力,但暴力不局限于此.根据向总的话,记忆化搜索亦属于暴力,名字逼格这…

海宝建议用这个拼接软件 http://www.broadinstitute.org/software/discovar/blog/?page_id=98 DISCOVAR – variant caller 适合于call variant 和拼接小基因组 DISCOVAR de novo 适合拼接大基因组 下载: ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/crd/DiscovarDeNovo/latest_source_code/LATEST_VERSION.tar.gz…

1.表缓存 相关参数: table_open_cache 指定表缓存的大小.每当MySQL访问一个表时,如果在表缓冲区中还有空间,该表就被打开并放入其中,这样可以更快地访问表内容.通过检查峰值时间的状态值,如果发现open_tables等于table_cache,并且opened_tables在不断增长,那么就需要增加table_open_cache的值了.注意,不能盲目地把这个参数设置得很大,如果设置太大,会引起文件描述符不足,造成性能不稳定或者数据库连接失败.建议为512 table_cac…

MySQL数据库是 IO 密集型的程序,和其他数据库一样,主要功能就是数据的持久化以及数据的管理工作.本文侧重通过优化MySQL 数据库缓存参数如查询缓存,表缓存,日志缓存,索引缓存,innodb缓存,插入缓存,以及连接参数等方式来对MySQL数据库进行优化. 缓存参数 这里先引用一句话,从内存中读取一个数据的时间消耗是微秒级别,而从普通硬盘上读取一个数据是在毫秒级别,二者相差3个数量级.可见,想对MySQL数据库进行优化,合理调配缓存参数显得更为直接 表缓存 相关参数: table_open_…

一.写在前面 关于qq微信登录的原理之流我就不一一赘述了,对应的官网都有,在这里主要是展示我是怎么实现出来的,看了好几个博客,有的是直接复制官网的,有的不知道为什么实现不了.我只能保证我的这个是我实现后才贴出来的,本文有看不懂的地方请结合官网看.(话说我感觉我写博客废话好多) 二.准备工作 通过以下官网获得相应AppID和AppSecret以及对应的回调地址. QQ登录官网:https://connect.qq.com 微信登录官网:https://open.weixin.qq.com 三.登录…