fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的.现在几乎是高通量测序的标准格式.NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已. 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟FASTA格式是一样的: 第二行是序列: 第三行由'+'开始,后面也可以跟着序列的描述信息: 第四行是第二行序列的质量评价(quality values,注:应该是测序的质量评价),字符数跟…

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer(Illumina基因组分析仪)等高通量测序仪的标准输出格式. FASTQ文件格式 第1行,以“@” 字符开头,后面跟着一个序列标识符和一个可选的描述…

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas…

Gff文件格式 gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的.方便的对于DNA.RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多软件都支持输入或者输出gff格式.前格式定义的最新版本是版本3.原始定义见SONG websitegff是存文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明: Column 1: “seqid”序列的编号,编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]Column 2: “source”注释信…

输入文件: fastq格式 输出结果: kmer的频数和对应的kmer类型 系统环境Ubuntu单机版17.01 spark版本2.7 此次测试主要用到了RDD的函数foreach和zipWithIndex,zipWithIndex这个函数是可以直接对gz文件进行操作的 python的主要通过lambda函数来进行操作 测试代码如下 fastq='/home/yueyao/Spark/00.data/reads.left.fq.gz' fq_rdd = sc.textFile(fastq) fq…

fasta格式 在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式.在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码,且允许在序列前添加序列名及注释. 格式 序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明(习惯常用">"作为起始),用于序列标记.从第二行开始为序列本身,只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号(参见下表).通常核苷酸符号大小写均可,而氨基酸常用大写字母…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了,而是换成了hdf5 格式,在做三代数据的分析之前,有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下:https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式,它相对其他的文件格式,肯定是有很多的优点,这里就不一一列举了,最值得我们关注的是,在这种格式中,数据是如何储存的. 对于hdf5 文件中的数据存储,有两个核心概念: 1)group 和 dataset dataset 代表数据集,一个文件当中…

转载:庐州月光 http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6907733.html 三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了,而是换成了hdf5 格式,在做三代数据的分析之前,有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下:https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式,它相对其他的文件格式,肯定是有很多的优点,这里就不一一列举了,最值得我们关注的是,在这种格式中,数据是如何储存的. 对于hdf…

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f…