tophat输出结果junction.bed BED format       BED format provides a flexible way to define the data lines that are displayed in an annotation track. BED lines have three required fields and nine additional optional fields. The number of fields per line mus…

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN…

RNA-seq连特异性 Oct 15, 2015 The strandness of RNA-seq analysis 前段时间一直在研究关于illumina TrueSeq stranded RNA-seq中的strand如何判断的问题.之后我又查了很多资料,终于弄懂了.现在写下来,如果我有错误,欢迎继续指正. 以下文字和图片的引用链接都已经给出,如果图片在邮件中无法显示,可以打开链接的. 先说结论:对于Illumina TrueSeq stranded RNA protocol,主要采用的是…

概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件. tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上. 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点. 用法:tophat [options]* <index_base> <reads1_1[,…,readsN_1]> [reads1_2,…readsN_2] <index_base>:参考基因组的index文件的具体目录,…

What is TopHat? TopHat is a program that aligns RNA-Seq reads to a genome in order to identify exon-exon splice junctions. It is built on the ultrafast short read mapping program Bowtie. TopHat runs on Linux and OS X. How does TopHat find junctions?…

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t…

John's trip Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 65536K Total Submissions: 8641   Accepted: 2893   Special Judge Description Little Johnny has got a new car. He decided to drive around the town to visit his friends. Johnny wanted to visit all his frien…

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…

mapreduce多文件输出的两方法   package duogemap;   import java.io.IOException;   import org.apache.hadoop.conf.Configuration; import org.apache.hadoop.fs.Path; import org.apache.hadoop.io.LongWritable; import org.apache.hadoop.io.NullWritable; import org.apach…

看完这篇你学到什么: 熟悉gradle的构建配置 熟悉代码构建环境的目录结构,你知道的不仅仅是只有src/main 开发.生成环境等等环境可以任意切换打包 多渠道打包 APK输出文件配置 需求 一般我们开发的环境分为:debug 和 release,但是你想再分内测1环境.内测2环境等等怎么办呢? 这就需要依赖强大的gradle 来配置了. 相关的配置也可以参考谷歌官方文档. 配置构建类型 buildTypes 您可以在模块级 build.gradle 文件的 android {} 代码块内部创…