mothur reverse.seqs 将序列反向互补

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mothur reverse.seqs 将序列反向互补

reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列用法: mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")" input.fasta 的内容如下: >1 AGCAGCATCGACGACGACGACTC 运行成功后,会输出一个 input.rc.fasta 文件,该文件中就是input.fasta 的反向互补序列 input.rc.fasta 的内容如下: >1 GAGTCGTCGTCGTCGATGCTG…

C语言序列反向互补函数

1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+1)); 5 for(int i=len-1; i>=0; i--) 6 { 7 switch (s[i]) 8 { 9 case 'A': 10 s2[len-1-i] = 'T'; break; 11 case 'T': 12 s2[len-1-i] = 'A'; break; 13 case…

mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中,出了上述4种碱基之外,还包括其他的碱基,可以代表不同类型的碱基代码英文含义中文含义 G Guanine 鸟嘌啉 A Adenine 腺嘌啉 T (U) Thymine (Uracil) 胸腺嘧啶 (尿嘧啶) C Cytosine 胞嘧啶 R (A or G) PuRine 嘌啉 Y…

mothur trim.seqs 去除PCR引物

trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个的选项:其选项有很多,下面一一介绍: 1)oligos: 从字面意义看是寡聚核苷酸, 这里是指barcode 和 PCR 引物的序列,这个选项对应的是一个文件,文件内容如下: forward CATGCTGCCTCCCGTAGGAGT #reverse TCAGAGTTTGATCCTGGCTCAG…

[LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II

Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1->2->3->4->5->NULL, m = 2 and n = 4, return 1->4->3->2->5->NULL. Note:Given m, n satisfy the following condition:1 ≤ m ≤ n ≤ lengt…

HDOJ 1266 Reverse Number（数字反向输出题）

Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my best regards to all freshmen! You are the future of HDU ACM! And now, I must tell you that ACM problems are always not so easy, but, except this one- Ha-…

EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器

https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator 先SQLSERVER 逆向 Code first 资料:https://www.cnblogs.com/scottxy/p/5845665.html 生成具体的Fluent API database.tt 配置效果…

Reverse complement DNA

用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的序列保持不变,带有 '-' 的序列反向互补: 若 header 没有 '+' 或 '-' 号标记, 则默认按反义链处理. cat input.fa >seq1 + AGATAGATGAATT >seq2 - GATAGAGAATAAA AGATATAGATAGA >seq3 GAATATAT…

文件格式——Sam&bam文件

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似…

bam/sam格式说明

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 4 没有找到位点 8 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16 在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32 这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64 序列是 mate 1 128 序列是 m…

linux 的一些脑洞操作

把当前文件夹的文件名用","连接成一行,或者将多行转变为一行 ls | paste -s -d "," # -s 选项将输入进行一次性粘贴 ls | xargs | sed 's/ /,/g' #xargs 将输入作为参数(空格分隔)传入 ls | awk '{printf "%s,",$0}' 将行逆序输出 sed '1!G;h;$!d''file # 1!G 第一行不执行G命令,从第二行开始执行:$!d 最后一行不删除:第一行自动存入模式空间…

生物信息学工具--bowtie&bowtie2

Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowtie2使用碱基序列种子前导链错配基因组末端标题: Bowtie和Bowtie2使用摘要: [Bowtie和Bowtie2使用]bowtie 比对http: bowtie-bio sourceforge net index shtmlhttp: www ncrna net bowti…

SAM文件格式

帮朋友处理sam各式文件,又记不住sam各式每列代表的什么内容,干脆转个帖子留着以后查询. 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1? 序列是一对序列中的一个 2? 比对结果是一个pair-end比对的末端 4? 没有找到位点 8? 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16? 在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32? 这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64…

bam/sam格式说明--转载

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 4 没有找到位点 8 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16 在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32 这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64 序列是 mate 1 128 序列是 m…

bam文件格式说明

bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的,只是bam是二进制的压缩文件,需要通过特定的软件来进行查看,bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section(头部分,注释信息,以@开头,可有可无)和alignment section(比对结果)两个部分. alignment section由11个字段组成 1 序列的名字,也就是reads的名称 2 是一个标记的数字,是有需要转换成二进制才能知道代表的意思,各个数字分别代表 `1. 序列是一对序列中的一个…

[LeetCode] 206. Reverse Linked List 反向链表

Reverse a singly linked list. Hint: A linked list can be reversed either iteratively or recursively. Could you implement both? 反向链表,分别用递归和迭代方式实现. 递归Iteration: 新建一个node(value=任意值, next = None), 用一个变量 next 记录head.next,head.next指向新node.next,新 node.next…

使用mothur进行OTU聚类

微生物16S的OTU聚类工具有很多,最常用的就是 usearch.cdhit-OTU.mothur. 这些工具大多都是针对二代测序平台的,usearch的64bit版本是收费的. 如果要跑PacBio的OTU聚类,目前就只能用 mothur 了. mothur有着非常详细的说明文档! General operations Sequence processing OTU-based approaches Hypothesis testing approaches Frequently asked…

从细菌GFF文件提取CDS序列并转换为氨基酸序列

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要…

反向输出及sort排序

建立条件:#include "algorithm"引用这个头文件 1.reverse 的用法,反向排序,由自己输入5个数: 1 2 3 4 5 for (int i = 0; i < 5; i++) { cin >> v[i]; } cout << endl; reverse(v.begin(), v.end()); 运行结果: 假如输入 12 00 33 44 11 依旧是倒序输出但大小未排序运行结果: 2. sort 排序 #incl…

Django REST framework反向生成url

Django REST framework是一个基于Django的框架,REST framework又是怎么反向生成url的呢?? 在前面的例子中,知道在REST framework中有6种版本控制的方式,进入任意一种版本控制的源码中, class QueryParameterVersioning(BaseVersioning): """ GET /something/?version=0.1 HTTP/1.1 Host: example.com Accept: applic…

Python中的序列操作

官方手册:https://docs.python.org/3.7/library/stdtypes.html#sequence-types-list-tuple-range 序列简介序列是指按照位置顺序来存储数据的数据结构,也就是说能通过数值索引进行操作.实际上,python对序列的解释是:只要类型对象中重载了__len__()和__getitem__(),且它们的整数参数从0开始,就表示这个类型满足序列协议,是一个序列类型. python有三种基本的序列类型:列表.元组和range对象.当然…

Python序列之列表 (list)

作者博文地址:http://www.cnblogs.com/spiritman/ 列表是Python中最基本的数据结构,是Python最常用的数据类型.Python列表是任意对象的有序集合,通过索引访问指定元素,第一个索引是0,第二个索引是1,依此类推.列表可变对象,支持异构.任意嵌套. 创建一个列表 list1 = [] #创建空列表 list2 = ['a','b','c','d','e'] list3 = ['a','b','c',1,2,3] 列表支持的操作方法及实例展示可以使用dir…

Python之L.reverse()和L.sort()

# -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #Python之L.reverse()和L.sort() #http://python.jobbole.com/82655/ L=[1,2,5,8,3,4,7] #L.reverse()#对L序列进行逆序 L.reverse()#逆序 print L#[7, 4, 3, 8, 5, 2, 1] #L.sort(),对L的元素排序 L.sort() print L#[1, 2, 3, 4, 5, 7, 8]…

正向代理 & 反向代理 & 透明代理

正向代理(Forward Proxy) 概述一般情况下,如果没有特别说明,代理技术默认说的是正向代理技术.关于正向代理的概念如下: 正向代理(forward)是一个位于客户端[用户A]和原始服务器(origin server)[服务器B]之间的服务器[代理服务器Z],为了从原始服务器取得内容,用户A向代理服务器Z发送一个请求并指定目标(服务器B),然后代理服务器Z向服务器B转交请求并将获得的内容返回给客户端.客户端必须要进行一些特别的设置才能使用正向代理.如下图1.1 从上面的概念中,我们…

Python - Django - 命名 URL 和反向解析 URL

命名 URL: test.html: <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>测试页面</title> </head> <body> <p>测试页面</p> <form action="/test/" method=&quo…

[Django框架之路由层匹配、有名无名分组、反向解析、路由分发、名称空间、伪静态、本地虚拟环境、django版本区别]

[Django框架之路由层匹配.有名无名分组.反向解析.路由分发.名称空间.伪静态.本地虚拟环境.django版本区别] 路由层路由即请求地址与视图函数的映射关系,如果把网站比喻成一本书,那路由就是这本书的目录,在django中默认把路由配置在urls.py中路由配置 # urls.py from django.conf.urls import url from django.contrib import admin from app01 import views urlpatterns…

Django学习——路由层之路由匹配、无名分组、有名分组、反向解析

路由层之路由匹配 """路由你可以看成就是出去ip和port之后的地址""" url()方法 1.第一个参数其实是一个正则表达式 2.一旦第一个参数匹配到了内容直接结束匹配执行对应的视图函数 url(r'^test/$',views.test), 无名分组 url(r'^test/\d+/$',views.test), # 正则表达式分组:给正则表达式前后加一个小括号 url(r'^test/(\d+)/$',views.test), &quo…

为什么Erlang比C慢那么多倍？

Erlang 一直以慢“著称”,本文就来看看 Erlang 慢在什么地方,为什么比实现同样功能的 C 语言程序慢那么多倍.Erlang 作为一种虚拟机解释的语言,慢是当然的.不过本文从细节上分析为什么 Erlang 这种虚拟机语言会慢. 本文从 shootout benchmark[注1]中选择了一个 Erlang 和 C 语言单核性能差距最大的例子——reverse complement[注2].根据 shootout 网站上给出的使用某款 64 位处理器单个核心的 benchmark 数据,…

biopython

转载Part 2 Biopython的重头戏-生物学中序列的处理 Biopyhton的Seq和Python中标准字符串有两大重要的不同之处:首先,他们的处理方法不同.Seq适用于很多不同字符串的用的方法,如translate(),但是又有所不同.而且Biopython中加入了不同字符处理中没有的方法,如reverse_complement(); 第二,Seq模块中加入了重要的特性alphabet,这个对象可以解释序列代表的意思,即这个序列是一个DNA序列还是蛋白质序等. 是alphabet对象…

QIIME1 聚OTU

qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo: pick_de_novo_otus.py closed-reference: pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU: pick_open_reference_otus.py 不同算法的优缺点: de novo: pick_de_novo_otus.py 优…