RNA降解是影响芯片质量的一个很重要的因素,因为RNA是从5’开始降解的,所以理论5’的荧光强度要低于3’.RNA降解曲线可以表现这种趋势. 以样品GSM286756.CEL和GSM286757.CEL为例: library(affy) rawData<-ReadAffy("GSM286756.CEL","GSM286757.CEL") deg<-AffyRNAdeg(rawData) plotAffyRNAdeg(deg) 结果: RNA降解图是只用P…

为了简化问题,假设有3张芯片,每组数有9个探针: Data: 2,4,6,7,9,10,4,7,8,3 9,5,3,2,5,7,9,10,3,12 6,4,3,2,7,8,1,2,6,9 一.给3组数取2的对数 Log2Data: 1.0,2.0,2.5849626,2.807355,3.169925,3.321928,2.0,2.807355,3.0 3.169925,2.321928,1.5849625,1.0,2.321928,2.807355,3.169925,3.321928,1.58…

最近开发的一个模块需要根据机房各节点的负载情况(如网卡IO.load average等指标)做任务调度,刚开始对Linux机器load average这项指标不是很清楚,经过调研,终于搞清楚了其计算方法和影响因素,作为笔记,记录于此. 1. load average         当在shell终端键入top命令时,默认情况下,在输出内容的第一行会有load average这项指标值,如下所示: top - 19:10:32 up 626 days, 4:58, 1 user, load av…

分类模型的F1分值.Precision和Recall 计算过程 引入 通常,我们在评价classifier的性能时使用的是accuracy 考虑在多类分类的背景下 accuracy = (分类正确的样本个数) / (分类的所有样本个数) 这样做其实看上去也挺不错的,不过可能会出现一个很严重的问题:例如某一个不透明的袋子里面装了1000台手机,其中有600台iphone6, 300台galaxy s6, 50台华为mate7,50台mx4(当然,这些信息分类器是不知道的...).如果分类器只是简单…

原文连接 https://blog.csdn.net/guolindonggld/article/details/56966200 1. 简介 BLEU(Bilingual Evaluation Understudy),相信大家对这个评价指标的概念已经很熟悉,随便百度谷歌就有相关介绍.原论文为BLEU: a Method for Automatic Evaluation of Machine Translation,IBM出品. 本文通过一个例子详细介绍BLEU是如何计算以及NLTKnltk.a…

import java.util.Scanner; /** * @author Shelwin Wei * 分析过程请参照<闰平年简介及计算过程描述>,网址 http://www.cnblogs.com/shelwin/p/4923480.html */ public class LeapAndCommonYear { /** * @param args * 使用Java语言编写的应用程序必须包含一个main()方法,修饰符public和static的顺序可以互换,但是依照Java惯例把pub…

转载自: http://blog.sina.com.cn/s/blog_5fdfa7e601010rkx.html 今天探讨引起CFD计算过程中发散的一些原因.cfd计算是将描述物理问题的偏微分方程转化为代数方程组求解,从而得到离散空间上指定点上的值,而其他位置的值通过插值来完成.这本质是将非线性方程线性化并求解的过程,我是这样理解的,对于物理问题真解随时间的变化是一条曲线,而求解过程中不断的求解曲线的斜率,并实现时间的上的步进(可以理解为1阶导数).如果在指定的时间步长内斜率变化很小,这种步进…

随机森林有一个重要的优点就是,没有必要对它进行交叉验证或者用一个独立的测试集来获得误差的一个无偏估计.它可以在内部进行评估,也就是说在生成的过程中就可以对误差建立一个无偏估计. 随机森林在生成每颗决策树时,会随机且有放回的抽取样本,每棵决策树会有大概1/3的样本未抽取到,这些样本就是每棵树的oob样本.具体计算过程如下: 根据这种特点,我们可以对其进行oob估计,步骤如下: 1.计算决策树对其对应的oob样本的分类情况(约有1/3棵树参与oob估计) 2.以投票的方式确定该样本的分类 3.计算o…

GIT → 09:TortoiseGit 图形化工具…

一.概述 KMP算法是一种字符串匹配算法,比如现有字符串 T:ABCDABCDABCDCABCDABCDE, P:ABCDABCDE P字符串对应的next值:[0,0,0,0,1,2,3,4,0] 二.匹配过程 判断T字符串是否包含P字符串?下面看一下KMP的比较过程: 三.next数组计算过程 先了解一下字符串的前后缀(具体来说是真前后缀即 前缀不包含最后一个字符:后缀不包含第一个字符) 字符串 真前缀 真后缀 真前.后缀中相 同的字符串 真前.后缀中 最大相同串 真前.后缀中最 大相同串字…