基因id

org.Hs.eg.db包简介(转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID，symbol等之间的转换)

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))…

基因id转换

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 bioDBnet 1 输入文件ID类型 2 输出ID类型,这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID 3 输入ID列表,点击…

每个物种都有一个对应的Taxonomy ID: 9606 :人类 10090 :小鼠…

有基因ID或者基因名，如何拿到对应的KEGG通路图？

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.…

10、差异基因topGO富集

参考:http://www.biotrainee.com/thread-558-1-1.html http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html https://www.jianshu.com/p/9e21f2196178 https://rpubs.com/aemoore62/TopGo_colMap_Func_Trouble…

下载STRING数据库检索互作关系结果为空，但是在STRING网站却能检索出互作关系，为什么呢？？？关键词用的是蛋白ID（ENSP开头）

首先介绍下两种方法: 一.本地分析 1.在STRING数据库下载人的互作文件,如下图,第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2.在本地电脑上(linux),用grep 检索该蛋白的互作关系:ENSP00000359708 ,发现结果是空二.直接到STRING数据库进行互作关系分析 1.检索网址 (1)这个支持多个基因ID或者蛋白ID https:/…

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

目录流程使用问题记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越…

关于基因GO分析的DAVID简单使用

利用DAVID简单的进行GO富集度分析(这里只做简单的分析,即看基因是否存在在GO的三个过程里面) 比如我们有一组要分析的基因:TRPV6 CXADR PROM1 GRAMD2 SOX10 GPRIN2 VANGL2 GRHL1 BCL11A MROH8(这里用的是关于人的基因名) 首先打开DAVID网页,选择Functional Annotation: 在左边的框里面按提示输入,步骤1,输入你的ID号,这里可以是基因ID,也可以是基因名,或…

KEGG数据库的使用方法与介绍

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个…

KEGG and Gene Ontology Mapping in Bioinformatic Method

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:…

GO富集分析

GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析.例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示). 富集分析工具用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析.此服务连接到PANTHER分类系统的分析工具,该分类系统使用GO注释进行最新维护.PANTHER分类系统在Mi H等人,PMID:23868073中有详细说明.支持基因ID的列表可以从PANTHER网站获得. 使用GO富集分析工具 1.粘贴或键入要分析的基因的名称,每行一个或用逗号…

OS Tools-GO富集分析工具的使用与解读详细教程

我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~ 一.GO富集介绍: Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlled vocabulary)来全面描述生物体中基因和基因产物的属性.GO总共有三个ontology(本体),分别描述基因的分子功能(molecular function).细胞组分(cellular compon…

使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据--转载

转载生信技能树 https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA TCGA数据源 - R包RTCGA的简单介绍 - 首先安装及加载包 - 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据 - 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot - 更多boxplot参数 - 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据 - 用全部的rnaseq的表达数据来做主成分分析 - 用5个基因在3个癌症的表达量做主成分分析 - 用突变数据做生存分析 - 多个基因在多…

NCBI之gene系列

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte…

使用Tophat+cufflinks分析差异表达

使用Tophat+cufflinks分析差异表达 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程图序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN…

使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo…

mysql分库分表那些事

为什么使用分库分表? 如下内容,引用自 Sharding Sphere 的文档,写的很大气. <ShardingSphere > 概念 & 功能 > 数据分片> 传统的将数据集中存储至单一数据节点的解决方案,在性能.可用性和运维成本这三方面已经难于满足互联网的海量数据场景. 1)性能从性能方面来说,由于关系型数据库大多采用 B+ 树类型的索引,在数据量超过阈值的情况下,索引深度的增加也将使得磁盘访问的 IO 次数增加,进而导致查询性能的下降. 同时,高并发访问请求也使得集…

gtftools软件简单介绍(我自己不建议用，因为我发现不好用)

1)背景生物信息学研究经常涉及计算或提取基因的各种特征,如基因ID作图,GC含量计算和不同类型的基因长度,通过操纵基因模型,这些模型通常以GTF格式注释,可从ENSEMBL或GENCODE数据库获得.这种计算对于后续分析是必不可少. 然而,专门用于直接从GTF文件分析各种模式的基因模型的软件包尚未公开.虽然 BioMart在一定程度上可以来执行某些功能,但是它依赖于数据库查询并且有时会很慢. 此外,用户需要熟悉字段名称BioMart后端数据库中的表格可能也不方便. 因此,GTFtools(用P…

Eutils用法总结

好久没更新了,这里都长草了... 总结下Eutils的用法,参考<E-utilities Quick Start>,没时间看英文的可以参考下. 简介 Eutils全称是The Entrez Programming Utilities (E-utilities),是由八个服务器端程序组成的一套编程工具,它提供用于访问NCBI Entrez查询和数据库系统的稳定接口. 这八个工具包括Einfo.ESearch.EPost.ESummary.EFetch.ELink.EGQuery.ESpell(详…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

用TCGA数据库分析癌症和癌旁组织的表达差异

上周收到一条求助信息:“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异?” 所以以这个题目为记录分析过程如下: 一.下载数据 a)进入网站https://cancergenome.nih.gov/ 网页截图如下: b)进入数据下载 Launch Data Portal ,截图如下: 进入数据下载接口后,有Projects Exploration Analysis Repository 四个栏目,我们数据下载可进入Repository菜单栏,截图如下: 网页分成左…

4、linux-grep awk sed and cuf sort uniq join

1.grep 1.1 grep [-invc] [--color=auto] '搜寻字符串' filename选项与参数:-i :忽略大小写的不同-n :顺便输出行号-v :显示没有 '搜寻字符串' 的行--color=auto :将找到的部分加上颜 -c :统计比配的行数 -w : 仅完全匹配字词 -o : 只输出匹配的内容 -A2:匹配的行以及其下面的2行 -B2:匹配的行以及其上面的2行 -C2:匹配的行以及其上下面的2行例1:less file1 |cut -f 1 |xargs -i…

GGPLOT2-plotly |让你的火山图“活”过来

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大;纵坐标为P值(P值),值越大差异越显着.原因得名也许的英文因为查询查询结果图像火山吧一载入R函数包及数据集 library(ggplot2)data <- read.csv("火山图.csv",header=TRUE,row.names = 1) head(data) #查看数据类型,主要有P值,Fold change和基因ID即可. 二ggplot…

SAINT学习笔记

SAINT的介绍 SAINT(Significance Analysis of INTeractome)是一种概率方法,用于在亲和纯化-质谱(AP-MS)实验中对阴性对照的诱饵-猎物相互作用进行打分,从而获取与靶向蛋白具有可能互作关系的蛋白. SAINTexpress是SAINT的改进版,具有更简单的统计模型和更快的评分算法,显著提高了计算速度和评分的敏感性,下面简单介绍一下这个软件的使用. SAINTexpress的使用下载与安装 wget https://sourceforge.net/p…

perl oneline

可参考博客:http://blog.csdn.net/carzyer/article/details/5117429 Perl常用命令行参数概览 -e 指定字符串以作为脚本(多个字符串迭加)执行 -M/-m 和 use 模块名一样. 如果不想引入模块的缺省值, 你可以使用 -m. -m模块名和 use 模块名() 一样. -I (这是一个大写i)指定目录以搜索标准位置前的模块 -w 打开警告 -c 进行语法检查但并不执行程序. -0 (这是个零)跟一个16 进制或8进制数值,指定输入记录分隔…

Cytoscape基础教程笔记

昨天开始学用Cytoscape,其tutorial分为两个部分,基础的和高级的.基础教程又分成了四课:Getting Started.Filters & Editor.Fetching External Data和Expression Analysis.为防忘记,做个摘记. 第一课新手上路地址:http://wiki.cytoscape.org/Presentations/01_Get_Started Cytoscape可以本地安装,也可以web start.软件得用java,所以要装JR…

BioGRID 互作数据库

01 — BioGRID BioGRID 是 Biological General Repository for Interactionh Datasets 的缩写(网址为 https://thebiogrid.org),是一个公开的数据库,主要记录.整理包括蛋白.遗传和化学互作的数据,涵盖人类和所有主要的模式生物.BioGRID 网站的主页如下,使用起来也比较简单,只需要输入一个基因ID.关键词或基因名,选择物种,点击搜索即可获得基因互作的结果. 02 — 示例:PHYB 比如以拟南芥中最流行…

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