比对 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from McCarroll laboratory). Reads were aligned to the ENSEMBL release 84Mus musculusgenome. 10x Genomics data was processed using the same pipeline as for…

关于数据预处理的几个概念 归一化 (Normalization): 属性缩放到一个指定的最大和最小值(通常是1-0)之间,这可以通过preprocessing.MinMaxScaler类实现. 常用的最小最大规范化方法(x-min(x))/(max(x)-min(x)) 除了上述介绍的方法之外,另一种常用的方法是将属性缩放到一个指定的最大和最小值(通常是1-0)之间,这可以通过preprocessing.MinMaxScaler类实现. 使用这种方法的目的包括: 1.对于方差非常小的属性可以增强…

操作代码:https://satijalab.org/seurat/ 依赖的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS | R DATA ANALYSIS EXAMPLES MNN The Mutual Nearest Neighbor Method in Functional Nonparametric Regression Comprehensive Integration of Single-Cell Data 实在是没想到,这篇seurat的V3里面的整合…

深度挖坑:从数据角度看人脸识别中Feature Normalization,Weight Normalization以及Triplet的作用 周翼南 北京大学 工学硕士 373 人赞同了该文章 基于深度学习的人脸识别发展,从deepid开始,到今年(或者说去年),已经基本趋于成熟. 凡是基于识别的,总是离不开三个东西:数据,网络,以及loss. 数据方面, 目前的公开数据集中有主打类别数的MS_celeb_1M,有主打各种姿态角与年龄的VggFace2:也有一些主打高质量的数据集,像WebFac…

删除表数据的关键字,大家记得最多的可能就是delete.然而,我们做数据库开发,读取数据库数据.对另外的drop.truncate用得就比较少了. 1 drop 出没场合:drop table  table_name 绝招:删除内容和定义,释放空间.简单来说就是把整个表去掉.以后要新增数据是不可能的,除非新增一个表, 例如:一个班就是一个表,学生就是表中的数据,学生的职务就是定义 drop table class,就是把整个班移除.学生和职务都消失 比如下面testSchool数据库中有两张表[…

其实就是另一种形式的打分. 个人点评这种方法: 这篇文章发表在nature上,有点奇怪,个人感觉创新性和重要性还不够格,工具很多,但是本文基本都是自己开发的算法(毕竟satji就是搞统计出身的). 但是仔细看了代码之后,发现这些方法确实是有点artificial! 而且算法原创性不高,多半是基于现有的一些工具的二次开发. Identifying a maturation trajectory. To assign each cell a maturation score that is prop…

个人的一些碎碎念: 聚类,直觉就能想到kmeans聚类,另外还有一个hierarchical clustering,但是单细胞里面都用得不多,为什么?印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类.(10x就是先做PCA,再用kmeans聚类的) 鉴于单细胞的教程很多,也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了. 降维往往是和聚类在一起的,所以似乎有点难以区分. PCA到底是降维.聚类还是可视化的方法,t-SNE呢? 其实稍微思考一下,PCA.t-SNE还有下面的diffusion…

The normalization method described above aims to reduce the effect of technical factors in scRNA-seq data (primarily, depth) from downstream analyses. However, heterogeneity in cell cycle stage, particularly among mitotic cells transitioning between…

SCTransform Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression ChristophH/sctransform Variance Stabilizing Transformation It is obvious that the variance of counts is generally greater…

环境: QC9 WindowsXP Office2007   1. 准备 1.通过Excel导入QC,需要下载Microsoft Excel Add-in: http://update.external.hp.com/qualitycenter/qc100/msoffice/msexcel/index.html 2.安装Microsoft Excel Add-in,安装前需要关闭Excel应用程序,并且以管理员身份运行. 这里注意:如果以前安装过该插件的早期版本,最好将其卸载后再安装. 3.完成…