之前只接触过双序列比对,现在需要开始用多序列比对了. 基本概念:多序列比对 - 百科 常用的 multiple alignment 软件: Muscle ClustalW T-coffee 软件之间的比较见文章:Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较…

什么是双重分派 什么是分派(dispatch) 首先我们需要理解「分派」的含义.分派就是将方法调用与对应的具体方法绑定起来.而判断的依据有两点,这两者可称为「宗量」: 方法的接收者,也就是哪个对象调用了这个方法 方法的参数,调用方法时传递过来的参数 而不同的判断方法也就产生了不同的分派类型: 静态分派 V.S. 动态分派 单重分派 V.S. 多重分派 下面以我的理解简单地总结一下这几个名词的含义 静态分派 静态分派在编译期进行,只根据宗量的静态类型进行判断,在编译完成后不会发生改变.也可称为「编…

Multiple sequence alignment Benchmark Data set 1. 汇总: 序列比对标准数据集: http://www.drive5.com/bench/ This is a collection of multiple alignment benchmarks in a uniform format that is convenient for further analysis. All files are in FASTA format, with upper…

线性回归是最贴近生活的数据模型之一 简单的线性回归 简单的线性回归公式如下: 从公式中我们可以看出,简单线性回归只有一个自变量x1,b1是自变量的系数,y是因变量.x1可能是连续型或者离散型的数据,所以我们需要通过x1找出最合适的系数b1从而得到关于因变量y的曲线. 我们下面用一个例子来说明,这是一个关于工作经验与薪水之间关系的表格.分布如下图所示 我们很容易看出这是符合一个线性回归的模型,下面我们就要做出回归的函数并且对未来数据进行预测. # Importing the libraries i…

基础铺垫 多重线性回归(Multiple Linear Regression) 研究一个因变量与多个自变量间线性关系的方法 在实际工作中,因变量的变化往往受几个重要因素的影响,此时就需要用2个或2个以上的影响因素作为自变量来解释因变量的变化,这就是多重线性回归; 多重线性回归模型 1.模型 y=α+β1x1+β2x2+...+βnxn+e 数据分析部落公众号:shujudata 方程式中: y−因变量 xn−第n个自变量 α−常数项(回归直线在y轴上的截距) βn−第n个偏回归系数 e−随机误差…

SublimeText是一款非常精巧的文本编辑器,适合编写代码.做笔记.写文章.它用户界面十分整洁,功能非同凡响,性能快得出奇.这些非常棒的特性 包括任意跳转(Goto Anything).多重选择(multiple selections).指令面板(command palette).免打扰模式(distraction free mode).分区编辑(split editing).快速项目切换(instant project switch),你还可以随意地自定义更多功能.还有,这款编辑器支持Ma…

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作为一个开发者你不可能没听说过 Sublime Text.不过你没听说过也没关系,下面让你明白. Sublime Text是一款非常精巧的文本编辑器,适合编写代码.做笔记.写文章.它用户界面十分整洁,功能非同凡响,性能快得出奇.这些非常棒的特性包括任意跳转(Goto Anything).多重选择(multiple selections).指令面板(command palette).免打扰模式(distraction free mode).分区编辑(split editing).快速项目切换(in…

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CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. 通过序列加权.特定位置的间隙惩罚和权重矩阵的选择来提高渐进多序列比对的灵敏度. Abstract Firstly, individual weights are ass…

一.CSS代码出现的几个位置 多重样式(Multiple Styles):如果外部样式.内部样式和内联样式同时应用于同一个元素,就是使多重样式的情况. 一般情况下,优先级如下:(外部样式)External style sheet <(内部样式)Internal style sheet <(内联样式)Inline style 还有一种不常用的CSS导入方式:@import url(mycss/haha.css),这种方式是页面显示出来之后在加载css,所以页面一开始没有css定义显示比较混乱,过…

Multiple Alignment: MUSCLE ProbCons T-Coffee ClustalW Alignment curation: Gblocks Remove positions with gaps Construction of phylogenetic tree: Maximum Likelihood PhyML Parsimony TNT Distances ProtDist/FastDist + BioNJ ProtDist/FastDist + Neighbor Ba…

在<如何设计一门语言>里面,我讲了一些语言方面的东西,还有痛快的喷了一些XX粉什么的.不过单纯讲这个也是很无聊的,所以我开了这个<跟vczh看实例学编译原理>系列,意在科普一些编译原理的知识,尽量让大家可以在创造语言之后,自己写一个原型.在这里我拿我创造的一门很有趣的语言 https://github.com/vczh/tinymoe/ 作为实例. 商业编译器对功能和质量的要求都是很高的,里面大量的东西其实都跟编译原理没关系.一个典型的编译原理的原型有什么特征呢? 性能低 错误信息…

原文:http://homepages.ulb.ac.be/~dgonze/TEACHING/bioinfo_glossary.html Affine gap costs: A scoring system for gaps within alignments that charges a penalty for the existence of a gap and an additional per-residue penalty proportional to the gaps length…

这阵子真是太忙了, 连续做了四个课设. 当然这并不能作为好久没写博客的借口, 没写博客的主要原因只有一个: 懒. 最近又开始回顾C++的语法与特性(据说C++就是一门需要反复回顾的语言),以及学习C++的编程规范. 敲了C++Primer 5th 上的一道典型的练习题,纪念一下这即将过去的2016. 题目描述: 定义你自己版本的 StrBlobPtr, 更新 StrBlob类, 加入恰当的 friend 声明及begin 和 end 成员. 这道题目主要是练习 智能指针 share_ptr 和…

绑定( Bindings)   之前的文章中我们已经创建过bindings,代码如下:         channel.QueueBind(queue: queueName, exchange: EXCHANGE_NAME, routingKey: ROUTING_KEY, arguments: null);   绑定(bindings)是指交换机(exchange)与队列(queue)之间的关系.可以简单的理解为:队列(queue)对所绑定的交换机(exchange)上的消息感兴趣,交换机(e…

这个是在学习EF CodeFirst时发现的,对于初学者还是不错的.果断转发,方便自己以后查阅和学习. 对于学习Code First 这个教程讲解的还是很详细. 第一章:欢迎来到Code First (译者注:为方便起见,不再直译Code First) 微软的ADO.NET实体框架(Entity Framework),泛称EF,把外部(out-of-the-box,译成“外部”不一定对,我是这样理解的:the-box可能意指.NET框架,合起来的意思就可能是“外部”了 — 译者ro1cn注)的对…

RabbitMq 技术文档 目录 1 AMQP简介 2 AMQP的实现 3 RabbitMQ简介 3.1 概念说明 3.2 消息队列的使用过程 3.3 RabbitMQ的特性 4 RabbitMQ使用向导 5 官网提供的几种工作方式(教程) 5.1 Hello World 5.2 工作队列 5.3 发布/订阅 5.4 路由选择 (Routing) 5.5 主题(Topic) 5.6 RPC 6 消息的可靠传递 6.1 连接失败的处理 6.2 服务器的可靠性 6.3 生产者的可靠性 6.4 消费者…

让日志接收者能够订阅部分消息.例如,我们可以仅仅将致命的错误写入日志文件,然而仍然在控制面板上打印出所有的其他类型的日志消息. 1.绑定(Bindings) 在前面中我们已经使用过绑定.类似下面的代码: channel.queueBind(queueName, EXCHANGE_NAME, ""); 绑定表示转发器与队列之间的关系.我们也可以简单的认为:队列对该转发器上的消息感兴趣. 绑定可以附带一个额外的参数routingKey.为了与避免basicPublish方法(发布消息的方法…

摘要:目前经典的统计学分析方法主要有回归分析,Logistic回归,决策树,支持向量机,聚类分析,关联分析,主成分分析,对应分析,因子分析等,那么对于这些经典的分析方法在R中的使用主要有那些程序包及函数呢? 1.线性模型~回归分析:[包]:stats  [函数]:lm(formula, data,  ...)逐步回归:step(lm(formula, data,  ...))回归诊断:influence.measure(lm(formula, data,  ...))多重共线性:kappa(XX…

多重样式(Multiple Styles):如果外部样式.内部样式和内联样式同时应用于同一个元素,就是使多重样式的情况. 一般情况下,优先级如下: (外部样式)External style sheet <(内部样式)Internal style sheet <(内联样式)Inline style 有个例外的情况,就是如果外部样式放在内部样式的后面,则外部样式将覆盖内部样式. 选择器的优先权--->权值 内联样式---1000: ID选择器----100:class选择器---10: 标签…

内存对齐常量折叠 堆栈解退(stack unwinding) 模板特化模板偏特化 模板实例化 函数对象 单一定义规则(One-Definition Rule,ODR) 自引用   对象切片(object slicing)/切割:当把一个派生类对象赋给一个基类对象时,会发生对象切割.(另外用基类对象强制转换派生类对象也会),多态的实现是通过指针和引用:而对象的转换只会造成对象切割,不能实现多态. 所有权语义(owership semantics) 破坏性复制语义(distructive copy…

目录 RabbitMQ学习总结 第一篇:理论篇 RabbitMQ学习总结 第二篇:快速入门HelloWorld RabbitMQ学习总结 第三篇:工作队列Work Queue RabbitMQ学习总结 第四篇:发布/订阅 Publish/Subscribe RabbitMQ学习总结 第五篇:路由Routing RabbitMQ学习总结 第六篇:Topic类型的exchange RabbitMQ学习总结 第七篇:RCP(远程过程调用协议) 上一篇中我们构建了一个简单的日志系统,我们可以把日志消息广…

转载请注明源地址:http://www.cnblogs.com/lighten/p/5931207.html 对于BPMN我也不是十分清楚,目前也只是因为对于Modeler中不熟悉的组件查询,来对这部分的内容进行学习,不求一次理解,边学边理解吧.所以这一章的介绍会比较简单,但也足够了. Modeler中的组件列表划分和BPMN的略微有些不同,而且有些内容好像也没有,最后移植到自己的demo中,还遇到了一些问题,如果可能的话,之后会详细介绍一下Modeler的构成,大致是官方文档的第七节Overv…

什么是BPMN扩展元素?我们为什么要从BPMN元素中界定出一个扩展元素的子集?BPMN扩展元素是我们平时使用频率不高的BPMN元素,这些元素更多的面向开发人员而不是业务人员,它们强调流程执行的细节,例如对事件子流程和事务性子流程的定义和对更多具有具体执行语义事件类型的定义.BPMN扩展元素使BPMN变得复杂,它关注流程的执行层面.对于BPMN扩展元素,我们的观点是大概知道它们所表达的语义即可,需要时再查规范. BPMN扩展元素包括了这些元素,如下图红色部分所示: 两种子流程:事件子流程(Even…

Sequence是Python的一种内置类型(built-in type),内置类型就是构建在Python Interpreter里面的类型,三种基本的Sequence Type是list(表),tuple(定值表,或翻译为元组),range(范围).可以看作是Python Interpreter定义了这样三个class. 字符串也是一种序列 1,list,表 Python有一系列的复合数据类型,其中最多才多艺的就是list class list([iterable]) list用方括号括起来,…

本篇博客我们准备给日志系统添加新的特性,让日志接收者能够订阅部分消息.例如,我们可以仅仅将致命的错误写入日志文件,然而仍然在控制面板上打印出所有的其他类型的日志消息. 1.绑定(Bindings) 在上一篇博客中我们已经使用过绑定.类似下面的代码: channel.queueBind(queueName, EXCHANGE_NAME, ""); 绑定表示转发器与队列之间的关系.我们也可以简单的认为:队列对该转发器上的消息感兴趣. 绑定可以附带一个额外的参数routingKey.为了与避…

在知道了CSS选择符最基础的知识后,就要综合利用它们了.这里就记录几种常见的用法. 1.针对性的使用类选择符或者ID选择符 类选择符在一个页面中可能会在不同的地方应用,那么就需要有针对性地使用类选择符.如下例: <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>css-test</title> <st…