http://trinityrnaseq.github.io/ 安装包下载地址: https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases 解压 make 最后是这个样子就是装好了! apple 安装地址: /usr/local/share/trinityrnaseq_r20140717/ peach安装地址: ~/trinityrnaseq-2.0.6/…

缘起因由 在一个无所事事的周末下午,突然想起魔兽世界,官方的账号很久没有上了,里面的大小号现在连满级都不是.以前曾经搭过传奇和星际争霸战网的私服自娱自乐,也听说过魔兽世界有开源的服务端模拟,既然兴致来了就小小的研究一下. 目前魔兽世界的私服比较流行的是MaNGOS和Trinity,二者都是模拟魔兽世界服务端.MaNGOS“号称”是一个研究型项目,目的是为了学习大规模的C++项目开发,有道理,不过我不信.Trinity是基于MaNGOS的代码开发的,以前主要是为了合并用户提交的补丁代码而设立的一个…

使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子  2017-06-12 09:42:47     293     0     0 Trinity 将测序数据分为许多独立的de Brujin graph,理论上每一个图对应一个表达的基因. 整个流程分为三个步骤:Inchworm, Chrysalis, and Butterfly Inchworm: 从reads中提取所有的重叠k-mers,根据丰度递减的顺序检查每个k-mers,然后将重叠的k-mers延长到不能再延长,称为一个contig C…

Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie在比对比较短的reads(less than 1024 base) 与 较大的参考(基因组) 时效果更好,也更快. 许多其他的软件经常会调用Bowtie ,如常见的 TopHat , Cufflinks 等 Read:      GACTGGGCGATCTCGAC…

neo4j图数据安装以及基本操作命令 neo4j安装配置使用, 安装环境:Ubuntu系统 jdk1.8 (neo4j 只支持jdk1.8以上版本) 下载 neo4j neo4j的下载window可以下载 exe 安装包. Linux 环境 可以下载NEO4J-SERVER,分为免费的社区版(Community), 收费的企业版(Enterprise) https://neo4j.com/download/other-releases/#releases https://neo4j.com/ar…

1.Avocado 安装 1.1 通过包安装 像Fedora可以通过rpm包进行安装,其他通过RPM管理的发行版需要自己制作相关包.Avocado同样支持DEP包的安装可以在contrib/packages/debian找到. Fedora 首先通过下面的命令获取仓库配置文件. sudo curl https://repos-avocadoproject.rhcloud.com/static/avocado-fedora.repo -o /etc/yum.repos.d/avocado.repo…

系统:Ubuntu 14.04.4 LTS (GNU/Linux 3.13.0-32-generic x86_64) 1核2G Notice:内存不可过小,否则会编译失败 #安装一堆东西 4 apt-get update 5 apt-get install git cmake make gcc g++ libmysqlclient-dev libssl-dev libbz2-dev libreadline-dev libncurses-dev 6 apt-get install libboost…

写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 2.apache-tomcat-8.0.36.tar.gz 下载centos镜像:(下载centos这个过程极其漫长) # 启动docker服务 service docker start # 检索centos镜像 docker search centos #…

如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更网络环境的前提下安装 gulp-sass / node-sass . 问题描述 执行 npm install 安装软件包 gulp-sass $ npm install gulp-sass 这个过程中会先安装 node-sass ,因为 gulp-sass 依赖于 node-sass .中间出现的错…

介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Sublime的包管理器安装SublimeLinter. 安装成功后如下: Package Control Messages ======================== SublimeLinter ------------- ____ _ _ _ _ _ _ / ___| _ _| |__ | (…