#!/usr/bin/perl#perl search.pl --infile Targets.Lung.Carcinoma.genelist.txt --homogene Homo_sapiens.gene_info --outfile Targets.Lung.Carcinoma.geneID.txtuse warnings;use strict;use Getopt::Long; my ($infile,$homogene,$outfile);GetOptions('infile=s'=>…

我们在linux常常用到一个程序需要加入参数,现在了解一下 perl 中的有关控制参数的模块 Getopt::Long ,比直接使用 @ARGV 的数组强大多了.我想大家知道在 Linux 中有的参数有二种形式. 长参数  –help 短参数   -h 也就是-和–的分别.–表示完整参数.-表示简化参数.在 Perl 的这个模块中也支持这二种方法.这要介绍的二 Getopt 其实有二个模块,一个叫 Getopt::Long 一个叫 Getopt::Std.下面就只介绍 Getopt::Long…

我们在linux常常用到一个程序需要加入参数,现在了解一下perl中的有关控制参数的函数.getopt.在linux有的参数有二种形式.一种是–help,另一种是-h.也就是-和–的分别.–表示完整参数.-表示简化参数 我们在linux常常用到一个程序需要加入参数,现在了解一下 perl 中的有关控制参数的模块 Getopt::Long ,比直接使用 @ARGV 的数组强大多了.我想大家知道在 Linux 中有的参数有二种形式. •长参数  –help •短参数   -h 也就是-和–的分别.–…

我们在linux常常用到一个程序需要加入参数,现在了解一下perl中的有关控制参数的函数.getopt.在linux有的参数有二种形式.一种是–help,另一种是-h.也就是-和–的分别.–表示完整参数.-表示简化参数. 在perl中也分这二种. Getopt::Std模块的功能: 初始化perl命令行中所接受的参数,简化了命令行参数的解析. 简化参数例子: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 #!/usr/bin/perl -w use strict; use Getopt::Std; …

索引 1.统计fasta.fa和fastq文件的长度,统计fastq的reads个数,单个reads长度,reads总长度:统计fasta文件中contig的个数,列出名称,单条的长度,以及总长度. 2.1局部组装:创建目录,将比对好的reads按100k为单位,用samtools切,并用awk工具提起reads,分别存放在对应文件夹内 2.2局部组装:用得到的reads_name,去原始的下机reads里提取reads序列 2.3局部组装:使用canu/soapdenovo按窗口组装 基本套路…

最早就是写Perl的,后来来到公司转Python,现在又要负责流程了,开始重拾Perl,当然是借鉴别人现有的语法,我再重新组合. 基本语法就不介绍了,参照我之前文章 Perl   模块 use strict;   use File::Path; [Perl]Path::File 目录的创建和删除 内置模块,导入之后就可以随时创建和删除目录了,mkpath("LZX"):rmtree("LZX"):   use Getopt::Long; perl 中的有关控制参数的…

本文主要为了方便阅读.编写perl脚本而记录的常用的命令.语法. 一.条件判断语法 注意,数字 0, 字符串 '0' . "" , 空 list () , 和 undef 为 false ,其他值均为 true. true 前面使用 ! 或 not则返回 false 语句 描述 if 语句 一个 if 语句 由一个布尔表达式后跟一个或多个语句组成. if...else 语句 一个 if 语句 后可跟一个可选的 else 语句,else 语句在布尔表达式为假时执行. if...elsif…

Perl按行分割文件 将一个文件按照行数,均等的分割成多个小文件,例如,一个550行的文件,分割为每个文件有100行,则将分割为6个小文件 运行结果 参考代码(split_file.pl) #!/usr/bin/perl #usage way: split_file.pl test open(FILE,$ARGV[0]) or die ("Error: cannot open file $ARGV[0].\n"); @lst_line = <FILE>; my $dir_n…

getopt() #include <unistd.h> int getopt(int argc, char * const argv[], const char *optstring); extern char *optarg; extern int optind, opterr, optopt; getopt()函数的作用:解析命令行参数. 当命令行中的元素以"-"开头,那么该元素(argv[i])就是参数选项,其后的字符串就是参数.参数选项列表通过optstring指…

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