Chapter1 WHERE IN THE GENOME DOES DNA REPLICATION BEGIN    一. ·聚合酶启动结构域会结合上游序列的一些位点,这些位点有多个,且特异,并且分布在两条链上.通过计算,找到出现频率最高的k-mer可能为为聚合酶结合位点:dnaA BOX. 但是如何定位Ori的大概位置呢? ·DNA链复制的不对称性,其导致突变速率的不对称,使得有(forward链C->T,脱氨基)的趋势.由此,依据skew增的处于forward链,skew减的处于revers…

Chapter5  HOW DO WE COMPARE DNA SEQUENCES  Bioinformatics Algorithms-An_Active Learning Approach http://bioinformaticsalgorithms.com/   一. 1983年,Russell Doolitte 将血小板源生长因子[platelet derived growth factor(PDGF),一种刺激细胞增殖的物质]和其它已知基因比对,发现它的序列和原癌基因(oncogen…

一.Lloyd算法 算法1 Lloyd Algorithm k_mean clustering * Centers to Clusters: After centers have been selected, assign each data point to the cluster corresponding to its nearest center; ties are broken arbitrarily. * Clusters to Centers: After data points…

Chapter2 WHICH DNA PATTERNS PLAY THE ROLE OF MOLECULAR CLOCKS 寻找模序 一. 转录因子会结合基因上游的特定序列,调控基因的转录表达,但是在不同个体中,这个序列会有一些差别.本章讲述用贪婪.随机算法来寻找这个序列:寻找模序. 二.一些概念: 1. Score.Profile 的含义如图 根据profile matrix 可以计算出某个kmer在某一profile下的概率 三. 提出问题:Motif Finding Problem: Gi…

https://www.quora.com/How-do-I-learn-machine-learning-1?redirected_qid=6578644   How Can I Learn X? Learning Machine Learning Learning About Computer Science Educational Resources Advice Artificial Intelligence How-to Question Learning New Things Lea…

Protocol Informatics[基于网络轨迹的协议逆向工程文献学习]by tsy 声明: 1)本报告由博客园bitpeach撰写,版权所有,免费转载,请注明出处,并请勿作商业用途.恕作者著作权限制,本页面仅上传图片版本的文献学习文稿. 2)若本文档内有侵权文字或图片等内容,请联系作者bitpeach删除相应部分. 3)本文档内容涉及Protocol Informatics论文主题,该论文为协议逆向工程的入门经典之作,非常值得基于网络轨迹的协议逆向工程的学习. 论文标题为<Network…

<Algorithms算法>笔记:元素排序(4)——凸包问题 Algorithms算法笔记元素排序4凸包问题 凸包问题 凸包问题的应用 凸包的几何性质 Graham 扫描算法 代码 凸包问题 凸包问题就是说,找到一个最小的凸多边形能圈住所有的点. 凸包问题的应用 运动规划:找到从s到t的最短路径,最短路径肯定在凸包上 最远的一对:相隔最远的点对肯定在凸包上 凸包的几何性质 可以通过逆时针遍历所有凸包顶点 凸包的顶点是关于p的极角的递增序列,而p有最小的y坐标. Graham 扫描算法 选择y坐…

<Algorithms算法>笔记:元素排序(3)——洗牌算法 Algorithms算法笔记元素排序3洗牌算法 洗牌算法 排序洗牌 Knuth洗牌 Knuth洗牌代码 洗牌算法 洗牌的思想很简单,就是像洗扑克牌一样,对一组数据进行随机打乱,这个算法在很多应用里都非常有用,特别是对于后面需要介绍的快排来说,这个算法直接影响了快排的效率. 洗牌的算法这里提了2种 排序洗牌 思想很简单,先对每个元素生成一个随机数,然后对这些随机数进行排序 排序前 排序后 Knuth洗牌 一个更简单的算法,不用sort…

由于去实习过后,发现真正的后台也要懂前端啊,感觉javascript不懂,但是之前用过jQuery感觉不错,很方便,省去了一些内部函数的实现. 看了这一本<深入PHP与jQuery开发>,感觉深入浅出,值得推荐. Chapter1.jQuery简介 1.jQuery工作方式本质 先创建一个jQuery对象实例,然后对传递给该实例的参数表达式求值,最后根据这个值作出相应的响应或者修改自身. 2.利用CSS语法选择dom元素(基本选择器) 我们知道,jQuery说白了就是对网页上的内容进行选择器的…

3.1.4 无序链表中的顺序查找 符号表中使用的数据结构的一个简单选择是链表,每个结点存储一个键值对,如以下代码所示.get()的实现即为遍历链表,用equals()方法比较需被查找的键和每个节点中的键.如果匹配成功我们就返回null.put()的实现也是遍历链表,用equals()方法比较需被查找的键.如果匹配成功我们就用第二个参数指定的值更新和改键现关联的值,否则我们就用给定的键值对创建一个新的节点并将其插入到链表的开头.这种方法也被称为顺序查找:在查找中我们一个一个地顺序遍历符号表中的所有…

2.4.5 堆排序 我们可以把任意优先队列变成一种排序方法.将所有元素插入一个查找最小元素的有限队列,然后再重复调用删除最小元素的操作来将他们按顺序删去.用无序数组实现的优先队列这么做相当于进行一次插入排序.用基于堆底优先队列这样做等同于哪种排序?一种全新的排序方法!我们就用堆来实现一种经典的排序算法——堆排序(Heap sort). 堆排序可以分为两个阶段.在堆的构造阶段中,我们将原始数组重新组织安排进一个堆中:然后在下沉排序阶段,我们从堆中按递减顺序取出所有元素并得到排序结果.为了和我们已经…

· 学后心得体会与部分习题实现 心得体会: 曾经只是了解了优先队列的基本性质,并会调用C++ STL库中的priority_queue以及 java.util.PriorityQueue<E>中的优先队列封装类,但是没有看过源码,也并不曾知道实现方法用到了堆结构. 优先队列通过堆进行插入元素和删除最小元素的两种高效操作来维护元素集合,每个操作的时间都为对数级(logN).堆结构及其操作符合优先队列的全部特点,另附有高效率,用来描述与实现优先队列再合适不过. 在学习过程中,在对于堆结构众多操作的…

命题Q.对于一个含有N个元素的基于堆叠优先队列,插入元素操作只需要不超过(lgN + 1)次比较,删除最大元素的操作需要不超过2lgN次比较. 证明.由命题P可知,两种操作都需要在根节点和堆底之间移动元素,而路径的长度不超过lgN.对于路径上的每个节点,删除最大元素需要两次比比较(除了堆底元素),一次用来找出较大的子节点,一次用来确定该子节点是否需要上浮. 对于需要大量混杂的插入和删除最大元素操作的典型应用来说,命题Q意味着一个重要的性能突破(详见优先队列增长数量级表).使用有序或是无序数组的优…

<Algorithms Unlocked>是 <算法导论>的合著者之一 Thomas H. Cormen 写的一本算法基础. 书中没有涉及编程语言,直接用文字描述算法,我用 JavaScript 对书中的算法进行描述. 循环和查找 首先是三个简单的查找.目的是从数组中查找一个特定的值. array: 一个数组 x: 要查找的值 // 简单的线性查找 function linearSearch(array, x) { let answer = 'NOT-FOUND'; for (le…

<Algorithms Unlocked>是 <算法导论>的合著者之一 Thomas H. Cormen 写的一本算法基础,算是啃CLRS前的开胃菜和辅助教材.如果CLRS的厚度让人望而生畏,这本200多页的小读本刚好合适带你入门. 书中没有涉及编程语言,直接用文字描述算法,我用 JavaScript 对书中的算法进行描述. 二分查找 在排好序的数组中查找目标值x.在p到r区间中,总是取索引为q的中间值与x进行比较,如果array[q]大于x,则比较p到q-1区间,否则比较q+1到…

<Algorithms Unlocked>是 <算法导论>的合著者之一 Thomas H. Cormen 写的一本算法基础,算是啃CLRS前的开胃菜和辅助教材.如果CLRS的厚度让人望而生畏,这本200多页的小读本刚好合适带你入门. 书中没有涉及编程语言,直接用文字描述算法,我用 JavaScript 对书中的算法进行描述. 超越下界 之前的四个排序算法--选择排序.插入排序.归并排序.快速排序都是依赖于对排序关键字进行的比较.他们的决策依据都是"如果这个元素的排序关键字…

Problem Solving with Algorithms and Data Structures using Python — Problem Solving with Algorithms and Data Structures By Brad Miller and David Ranum, Luther College http://interactivepython.org/runestone/static/pythonds/index.html https://runestone.…

0.开篇 <Algorithms>源自Berkeley和UCSD课程讲义,由   Sanjoy Dasgupta / Christos H. Papadimitriou / Umesh Vazirani 编写. 豆瓣链接:https://book.douban.com/subject/1996256/ 中文版:https://book.douban.com/subject/3155710/ 1.Algorithm 伴随数字系统的发展,算法“Algorithm”作为计算方法逐渐发展壮大,推动了社…

近期在看<Algorithms IN C>这本书.刚開始看,读的是英文版的.感觉作者的叙述有点不太easy理解.就找了一本中文版的来看,发现还是看英文版的比較好.先看了第一章的大部分,后面的总结还没有看,我的感受是.一个小的问题仅仅须要找到一个正确的算法就能够了.根本不许要去考虑算法的效率和性能,仅仅有在解决一些大型的实际问题时,算法的优劣才干体现出来.另外,就是添加机器的性能远不如改善算法的性能贡献大. 第一章举了一个连通性的样例,作者一步一步的引导我们来改进算法,使得这个算法终于能够真正的…

网易公开课,第5课 notes,http://cs229.stanford.edu/notes/cs229-notes2.pdf 学习算法有两种,一种是前面一直看到的,直接对p(y|x; θ)进行建模,比如前面说的线性回归或逻辑回归,这种称为判别学习算法(discriminative learning algorithms) 另外一种思路,就是这里要谈的,称为生成学习算法(generative learning algorithms),区别在于不会直接对p(y|x; θ)进行建模,而是对p(x|…

<Algorithms算法>元素排序(1)——简单排序 Algorithms算法元素排序1简单排序 排序问题 1 回调函数 2Java中回调函数的路线图 3 全序 4 Comparable API 41 实现原则 42 例子 选择排序 1选择排序思想动画 2选择排序的内部循环不变性 3选择排序代码 插入排序 1插入排序思想动画 2插入排序的内部循环不变性 3插入排序代码 4 插入排序分析 1.排序问题 排序问题在日常生活中非常常见,例如最简单的,学生名单,就有多种排序,名字,成绩,号码,宿舍号…

参考资料地址: http://www.icoolxue.com/ 1.数据结构中四种逻辑结构. ① 集合 集合中任何两个数据元素之间都没有逻辑关系,组织形式松散. ② 线性结构 线性结构中的 结点按逻辑关系依次排列形成一个“锁链”. ③ 树形结构 树形结构具有分支.层次特性,其形态有点象自然界中的树. ④ 图状结构 图状结构中的结点按逻辑关系互相缠绕,任何两个结点都可以邻接 2.…

二叉堆 1 二叉堆的定义 堆是一个完全二叉树结构(除了最底下一层,其他层全是完全平衡的),如果每个结点都大于它的两个孩子,那么这个堆是有序的. 二叉堆是一组能够用堆有序的完全二叉树排序的元素,并在数组中按照层级存储(不用数组的第一个位置) 2 二叉堆的性质 最大的元素在a[1] (root结点) 每个k的父亲在k/2 每个k的孩子在k*2和k*2+1 3 二叉堆的操作 3.1 上浮(孩子大于父亲)——对应插入操作 循环,每次比较自己和父亲,如果比父亲大就交换,直到root. 3.2 插入 先把元…

升级到HTML5 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 //EN" "http://www.w3.org/TR/html14/strict.dtd"> <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"/> <ti…

一,java是什么 二,java能干什么 三,java有什么 四,java的特点 五,java的三大特性:虚拟机,垃圾回收和代码安全 六,构建JSE开发环境:下载安装jdk和配置环境变量 七,编写并运行HelloWorld小程序   一,java是什么      1,java是一种计算机编程语言:语言是用来交流的,用于人跟计算机之间的交流      2,java是一种软件开发平台:开发过程有需求分析,详细分析,编码,测试和维护.      3,java是一种软件运行平台:JRE      4,j…

3.1.3 用例举例 在学习它的实现之前我们还是应该先看看如何使用它.相应的我们这里考察两个用例:一个用来跟踪算法在小规模输入下的行为测试用例和一个来寻找更高效的实现的性能测试用例. 3.1.3.1 行为测试用例 为了在小规模的的输入下跟踪算法的行为,我们用一下测试用例测试我们对符号表的所有实现.这段代码会从标准输入接受多个字符串,构造一张符号表来将i 和第i 个字符串相关联,然后打印符号表.我们假设所有的字符串都只有一个字母.一般我们会使用”S E A R C H E X A M P L E”…

3.1.2 有序的符号表 典型的应用程序中,键都是Comparable的对象,因此可以使用a.compare(b)来比较a和b两个键.许多符号表的实现都利用Comparable接口带来的键的有序性来更好地实现put()和get()方法.更重要的事在这些实现中,我们可以认为符号表都会保持键的有序并大大扩展它的API,根据键的相对位置定义更多实用的操作.例如,假设键是时间,你肯呢个会对最早或是最晚或是给定时间段内的所有键等感兴趣.在大多数情况下实现put()和get()方法背后的数据结构都不难实现这…

3.1符号表 符号表最主要的目的就是将一个键和一个值联系起来.用例能够将一个键值对插入符号表并希望在之后能够从符号表的所有键值对中按照键值姐找到对应的值.要实现符号表,我们首先要定义其背后的数据结构,并指明创建并操作这种数据结构以实现插入.查找操作所需要的算法. 查找在大多数应用程序中都至关重要,许多编程环境也因此将符号表实现为高级的抽象数据结构,包括Java——我们会在3.5节中讨论Java的符号表实现.下标给出的例子是在一些典型的应用场景中可能出项的键和值.我们马上会看到一些参考性的用例.3…

2.4.4 堆的算法 我们用长度为 N + 1的私有数组pq[]来表示一个大小为N的堆,我们不会使用pq[0],堆元素放在pq[1]至pq[N]中.在排序算法中,我们只能通过私有辅助函数less()和exch()来访问元素,但因为所有的元素都在数组pq[]中,我们在2.4.4.2节中会使用更加紧凑的实现方式,不再将数组作为参数传递.堆的操作会首先进行一些简单的改动,打破堆的状态,然后再遍历堆并按照要求将堆的状态回复.我们称这个过程叫做堆的有序化(reheapitying). 堆实现的比较和交换方…

2.4.3 堆的定义 数据结构二叉堆能够很好地实现优先队列的基本操作.在二叉堆的数组中,每个元素都要保证大于等于另两个特定位置的元素.相应地,这些位置的元素又至少要大于等于数组中的两个元素,以此类推.如果我们将所有元素画成一棵二叉树,将每个较大元素和两个较小的元素用边连接就可以很容易看出这种结构. 定义.当一棵二叉树的每个节点都大于等于它的两个子节点,他被称为堆有序. 相应地,在堆有序的二叉树中,每个结点都小于它的父亲结点(如果有的话).从任意结点向上,我们都能得到一列非递减的元素:从任意结点向…