illumina SBS测序详解

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illumina SBS测序详解

illumina SBS测序详解 2018年01月02日 09:33:56 sixu_9days 阅读数:9789 标签: 生物信息学二代测序更多个人分类: 测序原理最近回头重新看了illlumina paired end sequence的测序原理视频,发现了以前没有注意的一些问题,而这些问题也是大家平时容易搞错的,因此花了几天时间将illumina 的paired end sequence 从构建文库到上机测序的整个过程以及原理较为详细的写了出来. 基础知识:illumina测序的…

Illumina Sequence Identifiers 序列标识符 index详解

大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了,但这是不够的. 我们还需要了解世界上最大的测序公司自己定制的 FastQ 格式,因为你可能会经常用到,有时还会亲自去处理它们. 本文主题:Illumina 测序数据中的 Index Fastq格式详解 @FCHCGKFBCXY:1:1101:1110:2162#AACAGCACCTAGCA_GTAGTGCG/1 ATGTATACTATTGTATGTGAAATGGATCACCAGTCCAGGTTCAACGCCCGAGACAGGGTGCTCA…

samtools常用命令详解（转）

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到…

16S 基础知识、分析工具和分析流程详解

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由…

Burpsuite模块—-Intruder模块详解

一.简介 Burp Intruder是一个强大的工具,用于自动对Web应用程序自定义的攻击,Burp Intruder 是高度可配置的,并被用来在广范围内进行自动化攻击.你可以使用 Burp Intruder 方便地执行许多任务,包括枚举标识符,获取有用数据,漏洞模糊测试.合适的攻击类型取决于应用程序的情况,可能包括:缺陷测试:SQL 注入,跨站点脚本,缓冲区溢出,路径遍历:暴力攻击认证系统:枚举:操纵参数:拖出隐藏的内容和功能:会话令牌测序和会话劫持:数据挖掘:并发攻击:应用层的拒绝服务式攻击…

【机器学习】【条件随机场CRF-2】CRF的预测算法之维特比算法(viterbi alg) 详解 + 示例讲解 + Python实现

1.CRF的预测算法条件随机场的预测算法是给定条件随机场P(Y|X)和输入序列(观测序列)x,求条件概率最大的输出序列(标记序列)y*,即对观测序列进行标注.条件随机场的预测算法是著名的维特比算法(Vitebi Algorthim). 维特比算法在隐马尔科夫模型的预测算法中已经详细介绍和Python实现过,详见以前的博客: [机器学习][隐马尔可夫模型-4]维特比算法:算法详解+示例讲解+Python实现 2.CRF的预测算法之维特比算法2.1维特比算法简介维特比算法实际使用动态规划解CRF条件…