生命组学 研究old gene 和 young gene CAI选择信号:CGmutation信号 Neutrality plot:CG3与GC1.GC2的关系:平:mutation:正相关:selection signal Ks Ka Ka/ Ks代表选择压力,Core gene Ka/ Ks比较小,即纯化选择(负选择). =============== 热力学第二定律 利用二进制表示密码表,core gene的随机性更强(热二就是能量越强熵越大) ============ Gene gain…

1. If dN/dS = 1, amino-acid substitutions may be largely neutral. However, there is also the possibility that positive selection just cancels purifying selection, so that some amino- acid substitutions were driven by natural selection. This situation…

效果图: 在RayMarch渲染算法中计算阴影非常简单,当射线碰撞到物体,从碰撞点逆着光源方向再次执行射线步进算法,如果这一过程中碰撞到了其他物体,则碰撞点被其他物体遮挡,该处具有阴影. shader代码: // Upgrade NOTE: replaced '_Object2World' with 'unity_ObjectToWorld' Shader "RayMarch/Primitives1_phong" { Properties { _MainTex("Textur…

欢迎来到"bio生物信息"的世界 GenTree是一个集合多种数据的在线数据库. 总共涉及的基因有63152个,蛋白质编码基因有20300个. 评估基因年龄用的是UCSC数据库的14个支系. 转录组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx. 蛋白质组调用了HPM. 群体数据调用了GWASdb2,PopHuman. 详细信息见下图. 这个网站的使用方式很简单. 支持的输入方式有: Gene symbol或者基因名字,比如ENSG00000007129, GLUD2, TBC1D3,…

基因: 是指决定生物某一遗传性状的染色体DNA片段 基因型: `基因型`又称`遗传型`,是某一生物个体全部基因组合的总称.它反应生物体的遗传构成,即从双亲获得的全部基因的总和.遗传学中具体使用的基因型,往往是指某一性状的基因型.两个生物只要有一个基因座不同,那么它们的基因型就不相同,因此基因型指的是一个个体所有等位基因的所有基因座上的所有组合. `基因型`是生物性状表型的内在遗传基础,是肉眼看不到的,只能通过杂交试验根据表型来推断 单倍型 是`单倍体基因型`的简称,在遗传学上是指在同一染色体上进…

sequencing:使用二代测序原因:高通量,短序列 不用长序列原因: 1.算法错误率高 2.长序列测序将嵌合体基因错误积累.嵌合体基因:通过重组由来源与功能不同的基因序列剪接而形成的杂合基因 sequencing: 增多的total length>N>gap>missing in genome The reads with a frequency > 1 were called duplicated reads, and we defined the duplication r…

目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因表达 一.来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article nu…

目录 一.来源 二.结果 测序组装 组装评价 编码基因预测 基因功能注释 非编码RNA注释 假基因预测 重复序列注释 进化分析和分歧时间估计 全基因组复制 LTR插入时间估计 正选择基因 一.来源 High-quality genome assembly, annotation and evolutionary analysis of the mungbean (Vigna radiata) genome. November 2020. DOI:10.22541/au.160587196.639…

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因…

柯尔莫哥洛夫-斯米尔诺夫检验(Колмогоров-Смирнов检验)基于累计分布函数,用以检验两个经验分布是否不同或一个经验分布与另一个理想分布是否不同. 在进行cumulative probability统计(如下图)的时候,你怎么知道组之间是否有显著性差异?有人首先想到单因素方差分析或双尾检验(2 tailed TEST).其实这些是不准确的,最好采用Kolmogorov-Smirnov test(柯尔莫诺夫-斯米尔诺夫检验)来分析变量是否符合某种分布或比较两组之间有无显著性差异. Ko…