细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的.不同的分化.疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要. CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释.此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释.下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白.蛋白质复合物.受配体关系,以及它们来源于什么数据库. 1.…

在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理.实际操作,以及一些值得注意的地方.这一篇继续细胞通讯分析的可视化. 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据,以及主要的可视化代码. 所有的数据和结果文件均已打包,下载后直接就能跑下面的代码画图. 下面的代码可以绘制对称热图 (如果你不清楚为啥热图要沿着对角线对称,可以看一下之前的推文) library(tidyverse) library(RColorBrewer) library(scales) pvalues=read.ta…

基于ZeroMQ的实时通讯平台 上篇:C++分布式实时应用框架 (Cpp Distributed Real-time Application Framework)----(一):整体介绍 通讯平台作为C++分布式实时应用框架(Cpp Distributed Real-time Application Framework)的最核心模块,承担了分布式实时框架的基础通讯功能.通讯平台框架具备了基于Reactor模式的网络通讯能力,并且依赖于ZeroMQ库,因此支持非持久化的message queue的…

之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化 其中,第三篇帖子里面有两个注释代码,可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释 这次对tree_anno.R代码做了更新,简单来说就是对原始CNV region的长度做了限制,最后的结果会输出更少更明显的CNV 之前在我这里拿过代码的读者如果需…

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re…

1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的.然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行. 2. 尝试 2.1 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda和一些python包 然而想了想在Windows上安装python包可能对大家不是很友好,有些包很难装,我之前也弄了很久.考虑到这次更新是针…

高性能Linux服务器 第10章    基于Linux服务器的性能分析与优化 作为一名Linux系统管理员,最主要的工作是优化系统配置,使应用在系统上以最优的状态运行.但硬件问题.软件问题.网络环境等的复杂性和多变性,使得对系统的优化变得异常复杂,如何定位性能问题出在哪个方面,是性能优化的一大难题.本章从系统人手,重点讲述由于系统软.硬件配置不当造成的性能问题,并且给出了检测系统故障和优化性能的一般方法和流程. 10.1  系统性能分析的目的 10.1.1  找到系统性能的瓶颈系统的性能是指操作…

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个…

基于Keil C的覆盖分析,总结出编程中可能出现的几种不可预知的BUG,供各位网友参考 1.编译时出现递归警告,我看到很多网友都采用再入属性解决,对于再入函数,Keil C不对它进行覆盖分析,采用模拟栈来分配局部变量,对于data型的模拟栈,假设函数中如果用了x个变量,递归级数为y,那每调用一次递归函数就要使用(x+2)*y个堆栈空间,极易造成堆栈空间溢出,产生不可预知的错误.连汉诺塔问题都可以采用非递归算法实现,因此使用Keil C编程建议不要使用递归算法. 2.使用函数指针变量间接调用函数,…

基于Petri网的工作流分析和移植 一.前言 在实际应用场景,包括PEC的订单流程从下订单到订单派送一直到订单完成都是按照一系列预先规定好的工作流策略进行的. 通常情况下如果是采用面向过程的编程方法,我们采用的方式无非就是判断当前的工作流状态以及操作步骤来选择工作流分支继续下一步,如果整个工作流从起始到结束所执行的步骤不多的话,采用此方式相当简便,但如果步骤一多起来,或者分支太多以及需要判断的或者切换的状态太多的时候,很容易出错,或者说在原有的工作流分支上新增一个操作步骤,则改起代码来会非常繁琐…