RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints messages summarizing what happened. These messages are printed to the "standard error" ("stder…

参考来源:Java 中静态方法 实例方法 具体方法区别与联系 JAVA Method Summary网页 * Static Method :"静态方法",直接引用,无需创建对象: * Instance Method :"实例方法",必须先创建对象才能引用: * Concret Method : "具体方法",一般来说,标准库的方法都是具体方法:…

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_…

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his…

这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 2017 Molecular Cell - Single-Cell Alternative Splicing Analysis with Expedition Reveals Splicing Dyn…

由于项目需要制作一个可通用的报表多行标题,且可实现各种类型的内容显示,包括文本.输入框.下拉框.多选框等(自定的显示内容可自行扩展),并支持参数绑定转换,效果如下: 源码结构 ColumnItem类:对列的宽度,对象方式,显示类型,绑定名称,converter资源进行设置 /// <summary> /// 描述 <see cref="ColumnItem"/> 动态列项目,用于在后台构建多列标题绑定项 /// </summary> [Seriali…

Vulkan(1)用apispec生成Vulkan库 我的Vulkan.net库已在(https://github.com/bitzhuwei/Vulkan.net)开源,欢迎交流. apispec.html 在Vulkan SDK的安装文件夹里,有一个Documentation\apispec.html文件.这是一个由代码生成的对Vulkan API的说明.它包含了Vulkan API的枚举类型.结构体.函数声明以及这一切的详细注释. 由于它是自动生成的,所以其格式非常规则.只需将少数几处<b…

前提 入行已经7,8年了,一直想做一套漂亮点的自定义控件,于是就有了本系列文章. GitHub:https://github.com/kwwwvagaa/NetWinformControl 码云:https://gitee.com/kwwwvagaa/net_winform_custom_control.git 如果觉得写的还行,请点个 star 支持一下吧 欢迎前来交流探讨: 企鹅群568015492  麻烦博客下方点个[推荐],谢谢 NuGet Install-Package HZH_Con…

原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2.官网:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml HISAT2安装 下载HISAT2-2.0.1,并解压: unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x86_64…

hisat2+stringtie+ballgown Posted on 2016年11月25日 早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-trainee.com/1022.html ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用.我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软…