从这里我们可以举例说明,例如人的S100A8基因与猪的S100A8基因即为orthologs.人的a球蛋白和b球蛋白基因即为paralogs.需要补充的是,人的a球蛋白和鼠的b球蛋白基因也为paralogs.…

原文:http://homepages.ulb.ac.be/~dgonze/TEACHING/bioinfo_glossary.html Affine gap costs: A scoring system for gaps within alignments that charges a penalty for the existence of a gap and an additional per-residue penalty proportional to the gaps length…

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可…

读paper的时候觉得自己就是个24K纯学渣(=.=)一大堆问题等着我去解决...所以在这里写一个Q&A好了,先列问题,逐步填充答案- ××××××××××××××××××我是分割线么么哒××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××× 1. PCoA: Principal coordinates analysis 如何绘制的?原理如何? 2. FDR: false discovery rate 如何计算的? Ans: 在多重检验(multiple test…

OrthoMCL的使用分13步进行,如下: 1. 安装和配置数据库 Orthomcl可以使用Oracle和Mysql数据库,而在这里只介绍使用Mysql数据库.修改配置文件/etc/my.cnf,对Mysql进行如下配置: 1. 设置InnoDB_sort_buffer_size的值为可用内存的一半: 2. 设置InnoDB_max_sort_file_size为orthomclBlastParser程序生成文件similarSequences.txt的5倍大小: 3. 软件的说明文档中设置re…

参考了众多文章并结合实际操作后的感想. 参考:http://www.plob.org/2013/09/18/6174.html 参考:http://www.plob.org/2012/06/12/2207.html Orthomcl需要的linux详细配置,简单叙述. 系统:unix BLAST Database:oracle 或 mysql 内存4G,硬盘100G perl: DBI module 和 DBD-mysql MCL程序 详细操作过程及需要注意的点: 1.数据库安装和配置 我用的m…

后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT…

Olfactory Bulb Ratio, ORs Gene Repertoire, and Olfactory Ability 1.Olfactory Bulb的生物学意义:a.生存 b.嗅觉能力 2.Olfactory Bulb Ratio与嗅觉能力成正比 基于以上table得到线性相关图: a.解释nomoral值: b.解释outlier: 而该统计中的outlier物种则是快速进化的example(因为观察chicken, zebra finch, and budgerigar可知其特…