MicroRNA in Control of Gene Expression:An Overview of Nuclear Functions微RNA控制基因表达:核功能概述 抽象:小的非编码RNA(ncRNA)能够以序列特异性方式控制基因表达的发现对生物学产生了巨大影响.最近的改进很高吞吐量排序和计算预测方法已经允许发现和几种类型的ncRNA的分类.基于它们的前体结构,生物发生途径和作用模式,ncRNA被分类为小干扰RNA(siRNAs),microRNAs(miRNA),PIWI相互作用的R…

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集…

GEO  Gene Expression Omnibus 基因表达数据库 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.GPL GEO Series Study  GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能会涉及不同平台. GEO DataSet  GDS号(GDSxxx)对应的是一个同一平台的数据集,这些包括包括从微整列和高通量序列技术生成的数据. GEO Sample …

Photon——Feature Overview 功能概述   Feature Overview 功能概述        Photon is a real-time socket server and development framework that is fast, simple to use and flexible. Client SDKs are available for all major platforms:      Photon是一个快速.简单.灵活.实时的Socket服务…

原文:零元学Expression Blend 4 - Chapter 23 Deep Zoom Composer与Deep Zoom功能 最近有机会在工作上用到Deep Zoom这个功能,我就顺便介绍一下这个一直很夯的功能吧! 虽然有很多前辈已经写过Deep Zoom的相关介绍文章了,但我想用自己的方式再把Deep Zoom这个功能整理的更完整一点. ? 最近有机会在工作上用到Deep Zoom这个功能,我就顺便介绍一下这个一直很夯的功能吧! ? 虽然有很多前辈已经写过Deep Zoom的相关介…

通过动态构建Expression Select表达式并创建动态类型来控制Property可见性 项目中经常遇到的一个场景,根据当前登录用户权限,仅返回权限内可见的内容.参考了很多开源框架,更多的是在ViewModel层面硬编码实现.这种方式太过繁琐,每个需要相应逻辑的地方都要写一遍.经过研究,笔者提供另外一种实现,目前已经应用到项目中.这里记录一下,也希望能给需要的人提供一个参考. 1.定义用于Property可见性的属性PermissionAttribute PermissionAttribu…

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output…

群体感应的定义: 细菌能自发产生.释放一些特定的信号分子,并能感知其浓度变化,调节微生物的群体行为, 这一调控系统称为群体感应.细菌群体感应参与包括人类.动植物病原菌致病力在内的多种生物学功能的调节.      近年来的研究证明细菌之间存在信息交流,许多细菌都能合成并释放一种被称为自诱导物质(autoinducer,AI)的信号分子,胞外的AI浓度能随细菌密度的增加而增加,达到一个临界浓度时,AI能启动菌体中相关基因的表达,调控细菌的生物行为.如产生毒素.形成生物膜.产生抗生素.生成孢子.产生荧…