现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or assembly contigs against a…

1.supplementary alignment supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功,另一部分和参考区域2比对成功,参考区域1和参考区域2没有交集(或很少),那么一条read就会产生两条sam文件, 将其中的一条sam文件作为represent alignment,而另一条作为supplementary alignment (flag为2048). 将上面的fastq文件去跑bwa,read有两条sam文件,第二条的flag值为2048:…

BWA算法简介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装: # installing BWA .tar.bz2 -C /opt/biosoft/ cd /opt/biosoft/bwa-/ make echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack…

名称    bwa –   Burrows-Wheeler  Alignment Tool 内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项  比对精确性  估计插入大小分布  内存需求  速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史 摘要 b w a   i n d e x   r e f . f ab w a   m e m   r e f . f a   r e a d s . f q   >   a l n - s e . s a mb w a   m e m   r e…

一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am…

Michael Schatz - Cold Spring Harbor Laboratory 最近在研究 BWA mem 序列比对算法,直接去看论文,看不懂,论文就3页,太精简了,好多背景知识都不了解. 通过Google,发现了一系列序列比对的课程,讲得真是太好了,真是捡到宝了!!! 如果你想搞透生物信息的基石 - 序列比对算法,那你一定得看完这些教程. 国内的课程.教材和文章都是抄来抄去,讲得很浅,因为抄的人自己都没搞懂,怎么可能给你讲懂! QB:Lecture 1 - Exact Match…

纳米孔测序技术(又称第四代测序技术)是最近几年兴起的新一代测序技术.目前测序长度可以达到150kb.这项技术开始于90年代,经历了三个主要的技术革新:一.单分子DNA从纳米孔通过:二.纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制:三.单核苷酸的测序精度控制.目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司的MinION纳米孔测序仪.它的特点是单分子测序,测序读长长(超过150kb),测序速度快,测序数据实时监控,机器方便携带等.这篇综述重…

软件地址: http://www.htslib.org/ 功能三大版块 : Samtools Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format BCFtools Reading/writing BCF2/VCF/gVCF files and calling/filtering/summarising SNP and short indel sequence variants HTSlib A C library for re…

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的…

1.bowtie 短序列比对工具,blast也是短序列比对工具,速度快,结果易理解. 输入可以是fastq或者fasta文件. 生成比对结果文件sam格式的吧. 2.bwa 转自:https://www.jianshu.com/p/1552cc6ac3be 将DNA序列比对到参考基因组上的软件,包含三种算法: BWA-backtrack:适合比对长度不超过100bp的序列: BWA-SW:合于长度为70-1M bp的序列: BWA-MEM:合于长度为70-1M bp的序列,高质量的测序数据,其比…