minimap2 github 官网 https://github.com/lh3/minimap2 安装 git clone https://github.com/lh3/minimap2 cd minimap2 && make…

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装.long insert library; preprocessed; Overlap-Layout-Consensus algorithm 混合de novo组装.combination of PacBio and short read d…

自己的另外一篇: http://www.cnblogs.com/fei33423/p/7805186.html 偶有耗时抖动? gc 也有长耗时? fullgc 也是? 有同学反馈 swap 可能导致. 命令 free -g 显示有 swap . 然后对比 gc 耗时的点和 swap 切换的时间点. -W是显示 swap 记录. 见 man sar [ 性能之巅的书] sar -W -f /var/log/sysstat/sa06 -s 17:00:00 -e 19:00:00 是syssta工…

扁平化设计正被用于各个主流的移动操作系统以及许多流行的网站,这是一个不断上升的趋势. 这种趋势有其分支,其中之一是“长阴影 “的效果在元素上的使用. 采用角度为 45 度的投影,给对象添加了一份立体感. 为了营造轻松的这样的效果,有一个免费的 PSD 文件称为 Long Shadow Generator ,可以帮助你在 Photoshop 中轻松实现长阴影效果. 您可能感兴趣的相关文章 Metronic – 基于 Bootstrap 的响应式后台管理模板 小伙伴们惊呆了!10行 JavaScri…

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS…

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法. 为了提高计算速度,它有一些后台代码是使用C来实现的,为了方便一些简单的前端是用Python编写的. Falcon不是一个傻瓜的组装工具(除了很小的基因组),为了得到最好的结果,你可能需要了解各种分布式计算系统和一些基本的基因组组装理论.FAQ…

文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq…

工具下载地址:https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=45535 下载后双击exe文件解压后里面会有个zip文件,将文件导入系统解决方案,导入后不需要发布关闭页面即可.你会看到如下截图中的解决方案. 双击打开解决方案你会看到如下界面,里面有各个CRM版本对应的工具,如果是CRM2011版本的必须是打了12补丁以后的 如果系统的web resources过多加载的时间会很长,可以看到工具的分析结果,红色标注的代码的就是有问题…

Veil是一款利用Metasploit框架生成相兼容的Payload工具,并且在大多数网络环境中能绕过常见的杀毒软件.本节将介绍Veil工具的安装及使用. 在Kali Linux中,默认没有安装Veil工具.这里首先安装Veil工具,执行如下所示的命令: root@kali:~# apt-get install veil 执行以上命令后,如果安装过程没有提示错误的话,则表示Veil工具安装成功.由于安装该工具依赖的软件较多,所以此过程时间有点长. 启动Veil工具.执行命令如下所示: root@…

Kail Linux渗透测试教程之免杀Payload生成工具Veil 免杀Payload生成工具——Veil Kail Linux渗透测试教程之免杀Payload生成工具Veil,Veil是一款利用Metasploit框架生成相兼容的Payload工具,并且在大多数网络环境中能绕过常见的杀毒软件.本节将介绍Veil工具的安装及使用. 在Kali Linux中,默认没有安装Veil工具.这里首先安装Veil工具,执行如下所示的命令: root@kali:~# apt-get update &&…

NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具,对三代以及二代均可进行polish. gituhp地址:https://github.com/Nextomics/NextPolish 基因组进行de novo组装后,得到contig,必须使用三代(尤其是没有consensus,比如minimap2+miniasm),二代进行纠错.NextPolish是一个非常不错的选择,同时支持三代,二代,hifi进行纠错. 1 安装 本次安装的最新版本为v1.3.1, 下载后 tar -v…

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or assembly contigs against a…

Instruments 用户指南 http://cdn.cocimg.com/bbs/attachment/Fid_6/6_24457_90eabb4ed5b3863.pdf 原著:Apple Inc. 翻译:謝業蘭[老狼] 联系:xyl.layne@gmail.com 鸣谢:有米移动广告平台 CocoaChina 社区 Instruments User Guide 目录 INSTRUMENTS用户指南...............................................…

纳米孔测序技术(又称第四代测序技术)是最近几年兴起的新一代测序技术.目前测序长度可以达到150kb.这项技术开始于90年代,经历了三个主要的技术革新:一.单分子DNA从纳米孔通过:二.纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制:三.单核苷酸的测序精度控制.目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司的MinION纳米孔测序仪.它的特点是单分子测序,测序读长长(超过150kb),测序速度快,测序数据实时监控,机器方便携带等.这篇综述重…

1)Sam (Sequence Alignment/Map) ------------------------------------------------- 1) SAM 文件产生背景 随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步,各种比对工具产生,被用来高效的将reads比对到参考基因组.因为这些比对工具产生不同格式的文件,导致下游分析比较困难,因此一个通用的格式可以提供一个很好的接口用于链接比对与下游分析(组装,变异等,基因分型等)…

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f…

本文来自于腾讯bugly开发者社区,非经作者同意,请勿转载,原文地址:http://dev.qq.com/topic/580d91208d80e49771f0a07c 导语 这里是Android性能优化典范第6季的课程学习笔记,从被@知会到有连载更新,这篇学习笔记就一直被惦记着,现在学习记录分享一下,请多多指教包涵!这次一共才6个小段落,涉及的内容主要有:程序启动时间性能优化的三个方面:优化activity的创建过程,优化application对象的启动过程,正确使用启动显屏达到优化程序启动性能…

一.引言 通常我们认为静态网页html的网站速度是最快的,但是自从有了动态网页之后,很多交互数据都从数据库查询而来,数据也是经常变化的,除了一些新闻资讯类的网站,使用html静态化来提高访问速度是不太现实的方案.我们不得不在代码与数据库之间寻求一种更合适的解决方案. 减少数据库访问次数,文件和数据库分离,大数据分布式存储,服务器的集群负载均衡,页面缓存的使用,nosql内存数据库代替关系型数据库,这些方案措施都是提高系统高并发性能的关键,下面一一分解. 二.分解 (1)       分布式服务器…

简介 AngularJS是目前最为活跃的Javascript框架之一,AngularJS的目标之一是简化开发过程,这使得AngularJS非常善于构建小型app原型,但AngularJS对于全功能的客户端应用程序同样强大,它结合了开发简便,特性广泛和出众的性能,使其被广泛使用.然而,大量使用也会产生诸多误区.以下这份列表摘取了常见的一些AngularJS的错误用法,尤其是在app开发过程中. 1. MVC目录结构 AngularJS,直白地说,就是一个MVC框架.它的模型并没有像backbone…

单分子测序reads(PB)的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法(PacBioToCA),纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法(MinHash).三代的错误分布不是完全随机的,不要以为错误是均匀分布的!!! 摘要: PB技术可以…

Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing 好好读读,算法系列的好文章! Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing - NATURE BIOTECHNOLOGY marbl/MHAP  - Github MinHash Alignme…

本篇博客是Gensim的进阶教程,主要介绍用于词向量建模的word2vec模型和用于长文本向量建模的doc2vec模型在Gensim中的实现. Word2vec Word2vec并不是一个模型--它其实是2013年Mikolov开源的一款用于计算词向量的工具.关于Word2vec更多的原理性的介绍,可以参见我的另一篇博客:word2vec前世今生 在Gensim中实现word2vec模型非常简单.首先,我们需要将原始的训练语料转化成一个sentence的迭代器:每一次迭代返回的sentence是…

rad studio 2007 网络下载点: http://bbs.hnhyxy.com/bcb/CodeGear.RAD.Studio.2007.rar http://andy.jgknet.de/blog/archives/69-Inofficial-RAD-Studio-patch.html 补丁,可以修补右键菜单的问题. http://andy.jgknet.de/radpatch/RADStudio2007Patch.zip 最新的SP3速包下载4.2GB官方版 http://altd…

转自Linux中国 现在我们已经了解了内核,现在我们可以进入主要工作:配置并编译内核代码.配置内核代码并不会花费太长时间.配置工具会询问许多问题并且允许开发者配置内核的每个方面.如果你有不确定的问题或者特性,你最好使用配置工具提供的默认值.本系列教程会使读者逐步了解配置内核的整个过程. 配置代码前需要在源文件的文件夹内打开一个终端.当终端打开后,基于你喜好的配置界面,这里有几种不同的配置方法: make config - 纯文本界面 (最常用的选择). make menuconfig - 基于文…

hanganalyze是ORACLE的一款性能诊断工具,这个款工具是从oracle 8.0.6开始可用,在oracle数据库出现严重的性能问题的时候它可以帮助你定位问题所在. 1.首先说说hanganalyze工具的用法 对于单实例数据库语法如下 alter session set events 'immediate trace name hanganalyze level '; 或则使用oradebug进行hanganalyze conn /as sysdba SQLPLUS>oradebug…

曾几何时,Boost中有一个Socket库,但后来没有了下文,C++社区一直在翘首盼望一个标准网络库的出现,网络上开源的网络库也有不少,例如Apache Portable Runtime就是比较著名的一个,也有像ACE这样重量级的网络框架.去年,Boost将ASIO纳入了自己的体系,由于Boost的影响力,ASIO有机会成为标准网络库.作者Chris Kohlhoff以ASIO为样本向C++标准委员会提交了一个网络库建议书,里面提到:ASIO的覆盖范围: Networking using TC…

4月21日~23日,由infoQ主办的2016 Qcon大会北京站如期举行. HTML5开发已经成为移动开发/前端专题中无可争议的焦点,核心议题已经由前几年的是否该用HTML5转向了如何高性能.高效率的做好HTML5应用开发. WeX5和Weex谁是李鬼? 本次大会出现了一对李逵和李鬼:WeX5和Weex.阿里在大会上高调宣布Weex将于6月份开源,而在大会忙坏了的却是参展的WeX5.在WeX5的展台上,总有参会者上前询问:Weex跟WeX5神马关系? 同样都称为HTML5开发工具,名称又如此相…

我们都知道,不管你是做爬虫也好,采集工具也罢,它们的HTTP/HTTPS模拟访问总是一个基础问题,我估计有很多人和我一样,虽然这样,那样的内置或是第三方类库用了很多,却总是会有一些不如意的问题存在,亦或是BUG,或是其它功能上的缺陷,今天我给大家带来一份礼物,也是我多年工作和软件开发累计的结晶之一SuperWebClient,它是基于C语言的老牌开源协议模拟库CURL,我想做PHP的同学不会陌生,玩LINUX类系统的同学也不会陌生.       我也做了很长时间的采集工具平台软件,所以对所有对此…

说到 Android 系统手机,大部分人的印象是用了一段时间就变得有点卡顿,有些程序在运行期间莫名其妙的出现崩溃,打开系统文件夹一看,发现多了很多文件,然后用手机管家 APP 不断地进行清理优化 ,才感觉运行速度稍微提高了点,就算手机在各种性能跑分软件面前分数遥遥领先,还是感觉无论有多大的内存空间都远远不够用.相信每个使用 Android 系统的用户都有过以上类似经历,确实,Android 系统在流畅性方面不如 IOS 系统,为何呢,明明在看手机硬件配置上时,Android 设备都不会输于 IO…

Deep Learning是机器学习中一个非常接近AI的领域,其动机在于建立.模拟人脑进行分析学习的神经网络,近期研究了机器学习中一些深度学习的相关知识,本文给出一些非常实用的资料和心得. Key Words:有监督学习与无监督学习.分类.回归.密度预计.聚类,深度学习,Sparse DBN, 1. 有监督学习和无监督学习 给定一组数据(input,target)为Z=(X,Y). 有监督学习:最常见的是regression & classification. regression:Y是实数ve…