5.9细胞器基因组是编码细胞器蛋白质的环状DNA分子 细胞器中除真核细胞线粒体DNA(mtDNA)是线性的外,都是环状分子,比如叶绿体DNA(ctDNA,cpDNA).因为单个细胞器有几套不同拷贝的细胞器基因组,同一个细胞内有许多不同细胞器.所以,细胞器基因组可以认为是重复序列. 叶绿体基因组大,线粒体基因组依据不同生物个体差别很大(小的有酵母,大的有植物线粒体(与大容量基因组相对应的是基因组结构的复杂性)如图,线粒体可编码rRNA.tRNA和蛋白质,其中,rRNA量比较稳定和:tRNA随个体不…

http://www.gene-quantification.de/liquid-biopsy.html Liquid Biopsy -- Definitions Liquid Biopsy -- reliable biomarkers Liquid Biopsy -- the role in cancer diagnostics Liquid Biopsy -- the role of Exosomes Biofluids Guidelines Liquid Biopsy Research P…

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的…

导语 肺腺癌(LUAD)和肺鳞癌(LUSC)是最常见的非小细胞肺癌类型.循环肿瘤DNA(ctDNA)是由凋亡或坏死的肿瘤细胞释放并在血液中循环的小片段DNA.与常规肿瘤活检相比,ctDNA检测具有一定优势:无创,并可随时重复,可用于癌症的早期诊断,残留病灶或复发评估,实时疗效监测,以及预后预测.由于肿瘤异质性,ctDNA的分析理论上也可以为多样性的肿瘤提供更全面,更具代表性的信息.基于液体活检ctDNA是一种有潜力的替代和补充肿瘤活检的方法. 患者信息 2014年10月至2015年12月期间在天…

5.10叶绿体基因组编码多种蛋白质和RNA 叶绿体和线粒体的共同点:叶绿体和线粒体的大小,功能(编码区)大体一致,但叶绿体拥有更多基因,所以在编码tRNA时,也有内含子作为被剪切片段. 因为在原核生物仅拥有非断裂基因的时候,那时候没有叶绿体,此时发生共生事件(endosymbiosis),即一个有叶绿体功能的细菌进入了原核细胞,该细菌的原始intron是一个整体,一部分去做tRNA的反密码子环区了,一部分做编码蛋白质基因中的内含子,后来进化过程中基因断裂,逐步分化了. 叶绿体与线粒体的区别:因为…

参考资料: [cfDNA专题]cell-free DNA在非肿瘤疾病中的临床价值(好) ctDNA, cfDNA和CTCs有什么区别吗? cfDNA你懂多少? 新发现 | 基因是否表达,做个cfDNA全基因组测序就可揭晓 游离DNA Cell-Free DNA (cfDNA) Isolation 游离DNA (circulating cell free DNA,cfDNA),是一种在细胞外呈现游离状态且无细胞状态的的DNA,广泛存在于动植物及人类的血清.血浆.脑脊液.尿液.痰液或粪便当中.过去,…

癌症超早期筛查:"在干草堆中寻找缝衣针"癌症是人类的噩梦,尤其是中晚期癌症,但很多时候,当患者感觉到身体不适而去医院检查时,病情都已经到了中晚期,很难治愈.而有研究表明,早期癌症患者的存活率是中晚期患者的5倍.及早发现,是治愈癌症几率最大.性价比最高的途径.但早期筛查并不是那么简单,因为癌症的成因及其复杂,目前临床使用的方法包括X光.内窥镜.超声波.血液生化.细胞学诊断等,但是它们一般是针对已经出现明显症状的人群.还有一大部分非常早期的患者,这些方法并不能诊断出异常. Grail使用的…

相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果.一般情况下,在各种组学中,做完差异表达之后,会看这些差异表达基因参与的功能,一般我们会做一个GO注释和富集.这里我们先来了解一下GO.db这个包.因为该包是许多其他包的基础依赖包.对于了解GO有很大的帮…

导读: ALK融合是非小细胞肺癌的关键驱动机制之一,在NSCLC患者中发生的频率约为3-7%.针对ALK融合的抑制剂克唑替尼.色瑞替尼以及Alectinib在治疗ALK融合阳性的NSCLC患者中都取得了巨大成功,而ALK融合检测是靶向ALK治疗的前提. 1．传统ALK检测技术的特点及不足之处 目前对ALK融合的检出方法包括传统的荧光原位杂交(FISH),基于PCR扩增技术(RACE-PCR或RT-PCR联合测序技术.qRT-PCR等)和免疫组织化学法(IHC),这些传统方法各有其优缺点(表1).…

文章题目:A Field Guide for Cancer Diagnostics using cell-free DNA: from Principles to Practice and Clinical Applications 时间:2017年11月 摘要:癌症患者的基因分子层面的信息给新药开发和治疗方法带来了一场新的革命.目前组织样本检测是基因分子检测的金标准,但其存在两点不足:1.取样方式为风险性入侵式取样,有许多癌种和患者无法满足该要求.  2.由于异质性的原因,取得的组织样本可能不…