终于到了mdp系列的第四篇,最终MD模拟的mdp文件 先上代码,md.mdp 1 title = OPLS Lysozyme MD simulation 2 ; Run parameters 3 integrator = md ; leap-frog integrator 4 nsteps = 500000 ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns) 5 dt = 0.002 ; 2 fs 6 ; Output control 7 nstxout = 5000 ; save co…

这是mdp文件系列的第二篇,介绍nvt平衡中要使用的mdp文件. 先上代码,nvt.mdp 1 title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 2 define = -DPOSRES 3 ; Run parameters 4 integrator = md 5 nsteps = 50000 6 dt = 0.002 7 ; Output control 8 nstxout = 500 9 nstvout = 500 10 nstenergy = 500 11 ns…

mdp文件是能量最小化,NVT模拟,NPT模拟与MD模拟的必须文件. mdp文件的详细解释可以参考官方文档http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html 接下来我将使用四个文件为例子来解释mdp文件. 能量最小化minim.mdp 1 ; minim.mdp - used as input grompp to generate *.tpr 2 integrator = steep ; steep = steepest descent minimizat…

输入参数:一个典型的mdp文件 1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS 4.5/4.6 6 ; 7 8 title = Martini 9 10 ; TIMESTEP IN MARTINI 11 ; Most simulations are numerically stable 12 ; with dt=40 fs,…

mdp系列的第三篇,对NPT模拟中的mdp文件做一简单介绍. 先上代码 1 title = OPLS Lysozyme NPT equilibration 2 define = -DPOSRES ; position restrain the protein 3 ; Run parameters 4 integrator = md ; leap-frog integrator 5 nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps 6 dt = 0.002 ; 2 fs 7…

1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS 4.5/4.6 6 ; 7 8 title = Martini 9 10 11 ; TIMESTEP IN MARTINI 12 ; Most simulations are numerically stable 13 ; with dt=40 fs, some (especia…

Gromacs的文件非常的多,这是官方文档地址:http://manual.gromacs.org/online/files.html. 本文章部分内容来自以下网址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508 下面我仅做一简述,涉及到PDB,GRO,MDP的文件内部结构不在此介绍,而是单独开篇. 参数文件: mdp:其他篇单独讲解 m2p:暂时没用到 结构文件: gro:GROmacs format g96:gromacs-96 format pdb:Protein…

Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…

Gromacs的命令非常多,下面我将我最近用到的先总结一下.标题上也写了这只是Chapter1,以后有新的会继续写Chapter2...等等. 下面这个网址http://manual.gromacs.org/programs/byname.html将所有的Gromacs命令按字母表顺序排列了出来,是官方文档.我的文章中部分可能取自这里,或者来自翻译文档的内容. pdb2gmx pdb2gmx是一个常用命令.遗憾的是我在网上没有找到专门介绍这个命令的文章,不过我还是觉得为Gromacs命令专门写一…

[1] .APS:存放二进制资源的资源辅助中间文件(可加快资源装载速度). [2] .BMP:位图资源文件. [3] .BSC:浏览信息文件.由浏览信息维护工具(BSCMAKE)从原始浏览信息文件(.SBR)中生成.BSC文件能够用来在源码编辑窗体中进行高速定位.可在project options里去掉Generate Browse Info File,这样可加快编译进度. [4] .C:用C语言编写的源码文件. [5] .CLW:ClassWizard生成的存放类信息的文件. [6] .CNT…