摘要 分型是计算生物学的一个新兴领域,在临床决策和生物医学科学中有着重要的应用. 虽然机器学习技术在许多生物医学应用中显示出巨大的潜力,但它们在分型中的用途尚未完全理解. 在本文中,我们研究了基于聚类的多倍体生物的阶段化技术的发展,其中在所研究的生物的细胞中每个染色体存在两个以上的拷贝. 我们基于相关聚类的概念,开发了一个称为PolyCluster(多集群)的新框架,然后使用一个有效的聚类合并机制来最小化驻留在每个集群中的短读之间的不一致量. 我们首先引入一个图形模型来量化每对DNA读数之间的相…

抽象.虽然单分子测序系统的兴起已经实现组装复杂地区的能力空前提高在基因组中,基因组中的长节段重复仍然是装配中具有挑战性的前沿. 分段重复同时具有丰富的基因并且倾向于大的结构重排,使得它们的序列的分辨率在医学和进化研究中是重要的. 在哺乳动物从头塌陷的重复序列组件很少相同; 序列重复后,它开始获得paralog特异性变体. 在本文中,我们研究了这个问题解决多拷贝长节段重复的变化开发和利用多倍体定相算法. 我们开发了两种算法:第一种是针对最大化使用离散矩阵完成来观察基础单倍型的读数的可能性. 第二种…

In an array A containing only 0s and 1s, a K-bit flip consists of choosing a (contiguous) subarray of length K and simultaneously changing every 0 in the subarray to 1, and every 1 in the subarray to 0. Return the minimum number of K-bit flips requir…

目录: 1.问题描述 2.问题转化 3.划分准则 4.总结 1.问题描述 谱聚类(Spectral Clustering, SC)是一种基于图论的聚类方法——将带权无向图划分为两个或两个以上的最优子图(sub-Graph),使子图内部尽量相似,而子图间距离尽量距离较远,以达到常见的聚类的目的. 对于图的相关定义如下: 对于无向图G = (V,E),V表示顶点集合,即样本集合,即一个顶点为一个样本:E表示边集合. 设样本数为n,即顶点数为n. 权重矩阵:W,为n*n的矩阵,其值wi,j为各边的权值…

1. 聚类简介 0x1:聚类是什么? 聚类是一种运用广泛的探索性数据分析技术,人们对数据产生的第一直觉往往是通过对数据进行有意义的分组.很自然,首先要弄清楚聚类是什么? 直观上讲,聚类是将对象进行分组的一项任务,使相似的对象归为一类,不相似的对象归为不同类 但是,要达到这个目的存在几个很困难的问题 . 上述提及的两个目标在很多情况下是互相冲突的.从数学上讲,虽然聚类共享具有等价关系甚至传递关系,但是相似性(或距离)不具有传递关系.具体而言,假定有一对象序列,X1,....,Xm,所有相邻元素(X…

Mahout – Clustering (聚类篇) Leave a reply 什么是Mahout? " Apache Mahout™ project's goal is to build a scalable machine learning library " 我来拓展一下: (1) Mahout 是Apache旗下的开源项目,集成了大量的机器学习算法. (2) 大部分算法,可以运行在Hadoop上,具有很好的拓展性,使得大数据上的机器学习成为可能. 本篇主要探讨 Mahout 0…

From: 2.3.5 Clustering - Spectral clustering From: 漫谈 Clustering (4): Spectral Clustering From: 漫谈 Clustering (番外篇): Dimensionality Reduction 传统方式的弊端 事实上,Laplacian Eigenmap (拉普拉斯特征映射) 假设数据分布在一个嵌套在高维空间中的低维流形上, Laplacian Matrix  则是流形的 Laplace Beltrami…

谱聚类(spectral clustering)是广泛使用的聚类算法,比起传统的K-Means算法,谱聚类对数据分布的适应性更强,聚类效果也很优秀,同时聚类的计算量也小很多,更加难能可贵的是实现起来也不复杂.在处理实际的聚类问题时,个人认为谱聚类是应该首先考虑的几种算法之一.下面我们就对谱聚类的算法原理做一个总结. 1. 谱聚类概述 谱聚类是从图论中演化出来的算法,后来在聚类中得到了广泛的应用.它的主要思想是把所有的数据看做空间中的点,这些点之间可以用边连接起来.距离较远的两个点之间的边权重值较…

布局文件中添加碎片 1.在onCteate()方法中调用inflater.inflate()加载Fragment布局 2.在xml的<fragment>中需要显示指明碎片名称(android:name="com.exmple.fragment.LeftFragment")需要将类的包名加上. 动态添加碎片 1.创建待添加的碎片实例 2.获取FragmentManager,在活动中可以直接掉用getFragmentManager()方法得到. 3.开启一个事务,通过调用beg…

首先简单的介绍下fragment,fragment是android3.0新增的概念,其中文意思是碎片,它与activity非常相似,用来在一个activity中描述一些行为或一部分用户界面.使用锁个fragment可以再一个单独的activity中建立多个UI面板,也可以在多个activity中重用fragment,一个fragment必须被嵌入到一个activity中,它的生命周期直接受其所宿主的activity的生命周期的影响.     首先创建一个fragment,要创建一个fragmen…